汤晶晶
- 作品数：49 被引量：120H指数：6
- 供职机构：云南省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省社会发展科技计划云南省科技攻关计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 云南省2005年急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的分子分型被引量：3
- 2015年
- 目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（non-polio enterovirus,NPEV）的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型（newer enterovirus 90,EV90）的基因特征。方法 2005年云南省共报告232例AFP病例,共采集到〈15岁AFP病例222例的双份便标本。对222例AFP标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定。用MEGA5.0软件进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法（neighbor joining method）作成,所用模式为Kimura二参数置换法（Kimura 2-parameter substitution model）。用1 000个pseudoreplicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果 222例患者中共检测脊髓灰质炎病毒（poliovirus,PV）10株（10/222,4.5%）,均为疫苗株,未发现脊髓灰质炎病毒野病毒（wild poliovirus,WPV）;检测到NPEV17株（17/222,7.7%）,其中4株为人类肠道病毒A组（4个血清型,其中1株为新型病毒EV90）,云南株EV90与山东3株之间的核苷酸（nt）同源性为95.7%～96.5%（差异率为3.5%～4.3%）,氨基酸（aa）同源性为98.5%～99.5%（差异率为0.5%～1.5%）,说明云南株更接近山东株03446-SD-CHN-2003（GQ253428）,两地毒株差异不大。12株为人类肠道病毒B组（9个血清型）,1株为人类肠道病毒C组（1个血清型,为新型病毒EV96）,未分离到人类肠道病毒D组病毒。结论 2005年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平。新型病毒EV90基因进化分析结果表明EV90病毒存在基因多样性特点。
- 赵智娴丁峥嵘田炳均张杰汤晶晶
- 关键词：急性弛缓性麻痹非脊髓灰质炎肠道病毒基因特征分析
- 上呼吸道感染患儿中柯萨奇病毒A10病例临床特征与分子流行病学分析
- 2024年
- 为了解上呼吸道感染患儿中柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CVA10)感染状况及其基因组特征,于2019年10月⁃2022年9月期间收集昆明市儿童医院门诊病例标本,分析CVA10相关病例流行病学特征与临床表现;对45株CVA10分离株进行完整VP1区和3D区逆转录⁃聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,将测序结果进行同源性分析和系统发生学研究;对25株CVA10分离株进行全基因组序列测定。结果显示,研究期间共在281例(13.32%)上呼吸道感染患儿中检出EV,其中68例鉴定为CVA10,男女比例为1∶1.06;1~5岁年龄组占比较高(67.65%);95.59%患儿伴发热症状;临床诊断以疱疹性咽峡炎(48.53%)为主。CVA10云南株与原型株及云南株之间的核苷酸同源性分别为76.0%~77.1%和90.8%~99.6%。VP1区系统发生学分析显示本地毒株均属于C2亚型,其中有41株属于Cluster 1,4株属于Cluster 3;本地毒株在3D区域各分支间的分布趋势与VP1区大体一致。全基因组序列分析显示,与原型株相比,本研究序列在5'NTR端和VP4区出现了碱基的插入和缺失现象;P1、P2和P3编码区系统发育分析提示部分本地毒株相互间发生了多个型内重组事件。本研究结果丰富了我国上呼吸道感染患者中的CVA10的分子流行病学数据,开展基于呼吸道疾病的肠道病毒监测对于了解其致病谱具有重要的价值。
- 汤晶晶蒋芳蒋芳王钰丁峥嵘赵智娴
- 关键词：上呼吸道感染基因特征
- 人类埃可病毒7型的基因特征分析被引量：2
- 2012年
- 目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,共得到60株ECHO 7病毒VP1区序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树。结果 60株病毒可分为4个基因型(基因型A～D),A基因型单独由ECHO 7原型株Wallace组成,B、C基因型各由1个亚型组成,D基因型由3个亚型组成,每个亚型又分为不同的组。不同毒株的核苷酸差异率为5.9%～23.2%(氨基酸差异率为1.0%～13.0%),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.4%～22.5%(氨基酸差异率为1.7%～7.3%)。结论 ECHO 7病毒存在不同的基因型/亚型,不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。
- 黄国斐田炳均丁峥嵘汤晶晶张杰赵智娴
- 关键词：基因特征分析进化树
- 云南省1例疫苗衍生株脊髓灰质炎病毒病例的调查分析被引量：8
- 2011年
- 本调查旨在了解2010年云南省昭通市1株脊髓灰质炎Ⅱ型疫苗衍生毒株(Vaccine-derived poliovirus,VDPV)引起的病例的流行病学特征、该病例的排毒情况及其周围健康儿童的肠道病毒(EV)携带情况和病毒型别特征。在该病例的发生地进行现场流行病学调查,连续采集病例粪便标本,采集密切接触者及病例居住地健康儿童粪便标本进行病毒分离和型别鉴定。经省级专家组最终分类诊断为VDPV病例;实验室结果显示病例标本中未再检出VDPV;密切接触者及周围健康儿童标本中均未检测到脊灰疫苗株病毒及VDPV,AFP病例入户主动搜索未发现类似病例,表明该病毒未在当地造成循环;在健康儿童中检测到NPEV 21株,病毒携带率为20.0%;经VP1区核苷酸序列测定,21株NPEV分别属于HEV-A组(11株,3个血清型,占52.4%)和HEV-B组(10株,4个血清型,47.6%)。
- 汤晶晶田炳均罗梅张杰康文玉余文丁峥嵘
- 关键词：流行病学调查肠道病毒健康儿童
- 云南省2011-2014年急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学特征被引量：4
- 2017年
- 目的了解非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)的型别分布及分子进化特征。方法对2011-2014年从云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的148株NPEV进行VP1完整编码区核苷酸的扩增与序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与Gen Bank中选取的代表株构建系统进化树。结果在148株NPEV分离株中,肠道病毒(Enterovirus,EV)A组(EV-A)、EV-B、EV-C分别占31.1%(46株,8个血清型)、64.9%(96株,27个血清型)、4.1%(6株,3个血清型);基因进化树显示,各种血清型病毒株与对应原型株及代表株聚集;除埃可病毒10型(E-10)和EV-C96型外,云南地方株与原型株位于不同分支。在4年的流行过程中,同一个型别的分离株之间的遗传变异程度最高的是EV-C96、E-18和E-5,分别达到21.5%、21.3%和20.4%。结论云南省存在EV多个型别的循环,需持续性监测和探索EV分子流行病学和进化规律。
- 汤晶晶张杰李凯樊帆李琼芬丁峥嵘
- 关键词：急性弛缓性麻痹非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学
- 云南省应对缅甸输入疫苗衍生脊髓灰质炎病毒病例实验室监测作用分析被引量：1
- 2013年
- 目的分析云南省临沧市1例缅甸输入疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(vaccine-derived poliovirus,VDPV)病例调查中实验室的监测情况,为云南省应对缅甸输入VDPV提供实验室依据。方法对与缅甸接壤地区入境就诊的急性弛缓性麻痹(AFP)病例标本进行脊灰病毒(PV)特异性引物逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)快速检测,现场采集病例密切接触者及边境地区健康儿童粪便标本开展脊灰病毒监测和肠道病毒型别特征分析;在病例所到过的临翔区和与缅甸接壤的镇康县连续6个月采集环境污水标本开展PV检测分析;采集境内外健康儿童血标本开展脊灰中和抗体水平分析,对输入风险进行评估。结果经实验室分析证实在中国消灭和维持无脊灰工作进程中监测到首例缅甸输入VDPV病例,病毒型别为Ⅰ型VDPV,有21个核苷酸变异,变异率2.3%。在病例密切接触者、健康儿童及外环境中未检测到同类病毒。在健康儿童中检测到NPEV 13株,在环境标本中检测到NPEV 5株,PVⅢ1株,境内儿童脊灰中和抗体Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型阳性率分别是100.00%、100.00%、98.00%;境外儿童三型阳性率分别是94.34%、100.00%、84.91%。结论云南省脊灰监测系统敏感性高,具备及时发现输入疫情的能力,病例输入后开展人际监测和环境监测,证实边境地区有较好的免疫屏障,未在云南省境内引起二代病例,但云南省面临再次输入的风险较大,应充分发挥实验室监测作用,严防病例或病毒输入后引起本地传播流行。
- 赵智娴汤晶晶杨朝明张杰袁书益田炳均胡筱莛穆秀海丁峥嵘
- 关键词：疫苗衍生脊髓灰质炎病毒
- 云南省2012年边境地区健康儿童肠道病毒监测及基因特征分析被引量：1
- 2013年
- 目的了解2012年缅甸入境健康儿童和口岸中国籍健康儿童肠道病毒携带情况,并对所携带的病毒(ECHO19、CB1、EV71)基因特征进行分析。方法采集边境地区15岁以下健康儿童的粪便标本(单份便),对采集的粪便标本进行病毒分离和基因测序定型。结果 170份粪便标本中监测到非脊灰病毒(nonpolio virus,NPV)18株,NPV分离率为10.6%,18株NPV分别属于A组(5株)、B组(12株)、C组(1株),未分离到D组肠道病毒、脊灰病毒和新型肠道病毒。5株A组肠道病毒中包括1株CA4,2株CA8和2株EV71;12株B组肠道病毒中包括4株CB1,1株ECHO13,2株ECHO14,1株ECHO17,4株ECHO19;1株C组病毒为CA24。结论云南省2012年边境地区健康儿童中肠道病毒以B组病毒为主,CB1、ECHO19病毒在不同时期存在不同的传播链,EV71型的基因亚型与我国流行株同为C4a基因亚型。
- 陈姝蒙丁峥嵘赵智娴罗梅田炳均汤晶晶张杰陆林
- 关键词：肠道病毒基因型健康儿童
- 人类埃柯病毒6的基因特征分析被引量：3
- 2012年
- 目的对来自10个国家和中国4个省不同时间分离的69株ECHO6病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank,EMBL和DDBJ 3个基因库中进行BLASTN搜索,共得到69株ECHO6病毒基因可用,用Mega软件计算病毒基因同源性并构建基因进化树。结果 69株ECHO6病毒可分为4个基因型(基因型A～D),C基因型又可分为7个亚型,D基因型可分为8个亚型。不同毒株的核苷酸差异率为10.6%～24.5%(氨基酸差异率为0.8%～7.3%),不同基因型之间的核苷酸差异率为17.6%～22.4%(氨基酸差异率3.5%～6.6%)。结论 ECHO6不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。
- 田炳均丁峥嵘陆林汤晶晶张杰罗梅
- 关键词：基因特征
- 2015年云南省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的鉴定分析被引量：6
- 2016年
- 目的：了解2015年云南省急性弛缓性麻痹（ acute flaccid paralysis, AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（ non-polio enterovirus, NPEV）的携带情况,并对分离的肠道病毒71型（ enterovirus 71, EV71）作基因特征分析。方法2015年云南省疾病预防控制中心共报告213例15岁以下AFP病例,对213例AFP标本进行病毒分离,分离到的NPEV进行VP1区基因分型。用SPSS22.0软件对云南省近5年AFP病例的NPEV分离率进行比较,并应用MEGA6.06软件对分离到的EV71与其基因库代表株进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法（ neighbor joining method）做成,所用模式为Kimura二参数置换法（ Kimura 2-parameter substitution model）。用1000个pseudo replicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果213例AFP病例中共检测到23株NPEV,其中7株为人肠道病毒A组（2个血清型,其中6株为EV71,均属于C4亚型）,14株为人肠道病毒B组（8个血清型）,2株为人肠道病毒C组,未分离到人肠道病毒D组病毒。云南省近5年AFP病例中NPEV分离率比较的统计检验结果为P=0.101,差异无统计学意义。结论2015年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平,EV71基因特征分析表明云南省流行的EV71仍然是C4亚型。
- 陈苏田炳均汤晶晶丁峥嵘李凯张杰陆林
- 关键词：急性弛缓性麻痹肠道病毒71型病毒分型
- 2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒的测序定型和ECHO7病毒的基因特征分析被引量：2
- 2013年
- 目的分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征。方法按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV进行基因测序定型并对埃柯7病毒的基因特征进行分析。结果 2003年共采集到<15岁AFP病例粪便标本215份,在34株阳性标本(带毒率为15.8%)中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)16株(阳性率4.7%),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒;非脊灰病毒(NPV)18株(阳性率8.4%),其中1株为人类肠道病毒A组(human enterovirus A,HEV-A,1个血清型),14株为人类肠道病毒B组(HEV-B,9个血清型,其中3株为埃柯病毒7型,echovirus7,E7),3株为人类肠道病毒C组(HEV-C,2个血清型),未分离到HEV-D组病毒。结论 2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒携带率(8.4%)与往年持平,3株E7病毒存在基因多样性特点(即存在不同的基因型)。
- 黄国斐田炳均丁峥嵘汤晶晶张杰赵智娴
- 关键词：急性弛缓性麻痹基因特征分析
