王国力 作品数:17 被引量:63 H指数:4 供职机构: 军事医学科学院生物工程研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 中国博士后科学基金 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
鼠源单克隆抗体HAb25可变区的CDR-移植法人源化计算机辅助设计 被引量:1 1997年 目前鼠源抗体人源化是克服其免疫原性的主要手段。在结构模建基础上的计算机分析为抗体人源化设计提供了必不可少的辅助。本设计首先对肝细胞癌特异性抗体HAb25可变区进行了同源模建,然后分析决定CDR初始构象的可能残基,包括正则结构关键残基、CDR可接触残基、界面残基、包埋残基,以及与免疫识别密切相关的表面残基,综合考虑并结合多重序列比较,参照人源化模板,提出了人源化替代的方案。 袁清安 王国力 俞炜源 黄翠芬关键词:人源化 同源模建 肝细胞癌 嗜热与嗜常温微生物的蛋白质氨基酸组成比较 被引量:42 1998年 嗜热微生物的嗜热特性与其蛋白质的高度热稳定性紧密相关。为了探索嗜热蛋白质的热稳定机制,比较嗜热和嗜常温微生物的蛋白质在氨基酸组成上的差别,收集110对分别来自嗜热和嗜常温微生物的同源蛋白质序列,比较两组蛋白质各种氨基酸含量以及疏水性氨基酸组成、疏水性指数和荷电氨基酸组成的差别,结果两者在多种氨基酸含量上存在微小但统计学上显著的差别,嗜热蛋白质比嗜常温蛋白质具有较高的平均疏水性和荷电氨基酸组成。对两组蛋白质的“脂肪族氨基酸指数”进行分析,证明嗜热蛋白质之所以具有较高的脂肪族氨基酸指数是由于其亮氨酸含量较高,与影响该指数的其它几种氨基酸无关;从而认为该指数的意义值得怀疑。通过对大量同源嗜热蛋白质和嗜常温蛋白质氨基酸组成的比较,能够揭示一些有关蛋白质热稳定性的普遍规律。 卢柏松 王国力 黄培堂关键词:嗜热微生物 蛋白质 氨基酸组成 微生物 t-PA K1区的同源模建及Kringle区与赖氨酸相互作用的研究 1996年 利用同源模建方法预测了t-PAK1区的三维结构。通过结构叠合确定了t-PAK1、K2区,纤溶酶原K1、K4区及UKK区的赖氨酸结合口袋。静电势计算及疏水性分析表明,在t-PAK2区以及纤溶酶原K1、K4区与纤维蛋白裸露的赖氨酸之间存在明显的静电势互补和疏水面契合。确定了影响Kringle区结合口袋与赖氨酸亲和的重要氨基酸,分析了t-PAK1区、UKK区不能结合赖氨酸的原因,由此设计了具有赖氨酸亲和力的新型t-PAK1区及UKK区突变体。利用模拟残基突变技术预测了突变体的结构变化,分析了突变后t-PAK1区及UKK区与赖氨酸亲和力的变化,初步在理论上肯定了设计方案的合理性。 王国力 刘士辉 黄君健 俞炜源 黄培堂 黄翠芬关键词:同源模建 分子设计 蛋白质空间结构预测 被引量:3 1996年 早在70年代,Anfinsen就提出蛋白质分子的一级序列决定其空间结构的论断,这一论断得到多次实验证实并被人们广泛接受,成为蛋白质结构预测的理论基础。由于蛋白质分子的结晶非常困难,因此蛋白质三维结构预测成为目前了解蛋白质结构信息的重要手段,这一研究领域也成为蛋白质工程研究的一个非常活跃的方向。 王国力 刘士辉 黄培堂 黄翠芬关键词:同源模建 蛋白质分子 蛋白质结构预测 蛋白质三维结构 模式识别 二级结构预测 t-PAS165W突变体的分子设计及其生物活性的初步分析 1999年 蛋白质工程是继基因工程之后的生物学前沿研究领域。借助于分子设计,在氨基酸水平进行点突变的方法深入研究蛋白质的结构—功能关系,是当前国际上分子生物学的活跃领域和新的发展趋势。 组织型纤溶酶原激活剂(Tissue type plasminogenactivator,t-PA)是由血管内皮细胞合成并分泌的糖蛋白,对心血管系统栓塞性疾病的治疗具有较好的疗效。但由于野生型t-PA在血液中的半衰期太短(~5min),因此需反复多次给药。 周红 王国力 黄培堂 黄翠芬关键词:分子设计 突变体 生物活性 心血管系统 蛋白质工程 具有受体选择性的新型肿瘤坏死因子突变体的蛋白质工程研究 肿瘤坏死因子(TNF)能够特异性地杀伤肿瘤细胞,现已被用来作为治疗肿瘤的有效药物。但野生型TNF毒副作用很大,研究表明TNF的有效剂量是其致毒剂量的5~25倍,因此TNF的新型突变体研究十分必要。TNF有两个受体,R55... 王国力 周晓巍 黄培堂关键词:抗肿瘤药物 受体选择性 肿瘤坏死因子 突变体 蛋白质工程 肿瘤坏死因子与其受体相互作用的计算机模拟研究 1997年 利用同源模建方法,以肿瘤坏死因子(TNF)R55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18-Phe147片段的三维结构。根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外区的复合物的三维结构,模拟了TNF与受体之间的相互作用。由于TNF与受体的作用形式是三聚体对三聚体,因此在模拟TNF与受体相互作用时选择了包括一个非对称的TNF三聚体和一个受体(R55或R75)单体的模拟系统。结合已有的突变体实验结果,利用计算机分析手段,发现了一些TNF突变体之所以具有受体选择性的三维结构基础和发挥了关键作用的氨基酸残基以及这些残基之间的主要作用形式。研究深化了对已有的突变体实验结果的认识,建立了不同的实验结果之间的内在关联,为以后有目的的新型突变体设计和实验研究打下了基础。 王国力 黄培堂 黄翠芬关键词:同源模建 肿瘤坏死因子与其受体相互作用的计算机模拟研究 被引量:4 1998年 利用同源模建方法,以TNFR55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18~Phe147片段的三维结构.根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外区的复合物的三维结构,模拟了TNF与受体之间的相互作用.由于TNF与受体的作用形式是三聚体对三聚体,因此在模拟TNF与受体相互作用时选择了包括一个非对称的TNF三聚体和一个受体(R55或R75)单体的模拟系统.结合已有的突变体实验结果,利用计算机模拟分析手段,发现了一些TNF突变体之所以具有受体选择性的三维结构基础和发挥了关键作用的氨基酸残基以及这些残基之间的主要作用形式.研究深化了对已有的突变体实验结果的认识,建立了不同的实验结果之间的内在关联,为以后有目的的新型突变体设计和实验研究打下了基础. 王国力 周晓巍 黄培堂 黄翠芬关键词:受体 同源模建 肿瘤坏死因子 鼠抗人纤维蛋白抗体单链Fv片断的三维结构模建 被引量:3 1996年 用Biosym公司开发的计算机辅助分子设计系统模建了鼠抗人纤维蛋白抗体Fv片断的三维结构。Fv是由重链可变区(Vh)和轻链可变区(Vl)两个结构域组成的具有抗原结合能力的最小抗体片断。先分别模建了Vh和Vl两个结构域,然后搭建出Fv片断的整体三维结构,并对模建的结构进行了分子力学和动力学优化。对结构的合理性验证显示模建结构是合理的。本研究为鼠抗人纤维蛋白抗体Fv片断的人源化的分子设计打下了基础。 王国力 刘士辉 黄君健 俞炜源 黄培堂 黄翠芬关键词:同源模建 鼠抗人纤维蛋白抗体单链Fv片段的人源化分子设计 1996年 产生免疫原性的残基都是位于蛋白表面的暴露残基,为了消除鼠抗体对人的免疫原性,利用表面再塑方法对本室克隆的鼠抗人纤维蛋白抗体单链Fv片断进行了人源化分子设计。首先确定了鼠及人Fv表面残基,在此基础上分析了鼠与人Fv间表面残基的差异,将有差异的鼠表面残基换成人的。提出了残基最高频率人源化及最相似链人源化两种人源化方案。人源化后鼠抗人纤维蛋白抗体单链Fv的结构经Profile-3D验证是合理的,置换的表面残基溶液可及性未变,且未影响CDRs的结构,应不会影响与纤维蛋白的亲和力,为鼠抗体人源化实验研究奠定了基础。 王国力 刘士辉 黄君健 俞炜源 黄培堂 黄翠芬关键词:单克隆抗体 人源化 分子设计