林张翔
- 作品数：4 被引量：12H指数：2
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- 相关领域：农业科学生物学文化科学更多>>
- 东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析(英文)被引量：4
- 2014年
- 为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryza rufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并同时利用生物信息学手段和聚合酶链反应扩增进行补洞.最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列,大小为134 537bp,大、小单拷贝区和反向互补重复区大小分别为80 585bp,12 346bp,20 803bp,共注释叶绿体基因152个.基于获取的东乡野生稻及其他稻属物种叶绿体基因组序列进行系统进化分析,研究结果支持已有的关于栽培籼粳稻起源的结论,即栽培籼粳稻分别与野生稻聚类到2个亚群中,其中粳稻与中国普通野生稻聚在1个亚群中,表明粳稻驯化起源于中国,而籼稻起源于另外一次独立驯化过程.
- 林张翔王营营付菲叶楚玉樊龙江
- 关键词：野生稻叶绿体基因组高通量测序
- 茶树“龙井43"叶绿体基因组测序及其系统进化(英文)被引量：7
- 2014年
- 利用高通量测序技术对中国茶树品种龙井43"叶绿体基因组的全序列进行测定,拼接补洞后再利用Sanger测序法对序列进行验证,最终得到龙井43"叶绿体基因组全序列(GenBank登录号:KF562708.1).该基因组大小为157 085bp,其中大单拷贝区的长度为86 642bp,小单拷贝区的长度为18 283bp,反向重复区的长度为26 080bp,共注释叶绿体基因134个.与韩国茶树品种叶绿体基因组序列比对,在编码区发现15个基因发生了非同义突变,在非编码区有100多个多态性位点,这些突变可作为茶树品种鉴定的DNA标记.同时,选取12个中国茶树品种,对其叶绿体基因组上的特异性片段(ycf1,psbA-trnH,psbK-psbI-psbI)进行测序比对并构建系统进化树.结果表明:12个茶树品种在进化树上分为2个亚群,其中凌云白毛茶"单独形成一支,其他11个品种形成一支;而11个品种中,龙井瓜子"龙井长叶"龙井圆叶"中茶102"形成一支,自展支持率为100%.表明利用叶绿体基因片段可有效区分茶树品种间的亲缘关系.
- 叶晓倩赵忠辉朱全武王营营林张翔叶楚玉樊龙江须海荣
- 关键词：龙井43叶绿体基因组系统发育树
- 稗草叶绿体基因组测序及其分子标记开发与利用
- 禾本科稗属（Echinochloa）包含大量能够导致作物产量减少的杂草，在全世界范围内广泛分布，形态复杂多样，分类鉴定较为困难。随着高通量测序技术的发展，DNA序列信息成为了物种研究和进化分析的基础，然而至今为止，稗属的...
- 林张翔
- 关键词：稗草叶绿体基因组细胞分化分子标记
- 文献传递
