张同武
- 作品数：5 被引量：3H指数：1
- 供职机构：华侨大学生物工程与技术系工业生物技术福建省高等学校重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划教育部重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 苏云金芽孢杆菌Ⅳ型抗癌晶体蛋白的分子模建
- 2009年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示得到的Parasporin-4结构是具有三个结构域,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.547 742,在合理范围之内,表明Parasporin-4蛋白模型良好。研究结果为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供了结构信息。
- 何伟张同武林毅
- 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟
- 苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建
- 2009年
- 通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的均方根差值为0.537 592,在合理范围之内.此外,通过分析Paras-porin-1结构域Ⅰ中的-βloop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间.
- 袁宇熹张同武陈智山林毅
- 关键词：同源建模分子动力学模拟蛋白酶
- 苏云金杆菌Ⅲ型抗癌晶体蛋白的分子模建被引量：1
- 2009年
- 通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白结构相似,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.486751,在合理范围之内,表明Parasporin-3蛋白模型良好。并对Ⅲ型抗癌晶体蛋白的两种蛋白的预测结构进行了比较。为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供信息。
- 何伟张同武林毅
- 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟
- 抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究被引量：2
- 2008年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。
- 林毅张同武陈智山蔡福营
- 关键词：抗癌晶体蛋白同源建模分子动力学模拟
- 杀虫晶体蛋白Cry1Ac与其配体N-已酰半乳糖胺的对接研究
- 2008年
- 利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472可能对维持Cry1Ac的DomainⅢ稳定构象起着重要作用。N482和Q506两个残基均含有酰氨基,在对接中易于形成多个氢键,这对稳定对接具有重要作用。研究结果可提供一些有用的信息,用于指导杀虫晶体蛋白的理性设计。
- 林毅张同武陈智山
- 关键词：杀虫晶体蛋白分子对接同源建模关键氨基酸
