蔡福营
- 作品数：9 被引量：16H指数：2
- 供职机构：华侨大学化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省自然科学基金福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究被引量：2
- 2008年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。
- 林毅张同武陈智山蔡福营
- 关键词：抗癌晶体蛋白同源建模分子动力学模拟
- 杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型被引量：1
- 2008年
- 采用定点突变技术改造杀虫晶体蛋白,是提高其杀虫活性的有效途径,但目前在突变位点和氨基酸种类的选取上还存在很大的盲目性。以杀小菜蛾活性明确的23个杀虫晶体蛋白上的4个关键结构域为研究对象,用主成分分析法处理20种氨基酸1369种性质参数后的第一个主成分的得分向量来表征氨基酸差异,实现序列数据化。通过逐步回归找到了6个关键氨基酸位点:X3、X9、X12、X13、X14和X19,并进一步通过偏最小二乘二次多项式回归寻根最优氨基酸残基L/X3、S/X9、S/X12、T/X13、A/X14和G/X19,从而建立了杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型。这有助于快速地预测出有利于提高杀小菜蛾活性的氨基酸位点和种类,从而提高定点突变改造杀虫晶体蛋白的效率。
- 林毅蔡福营张光亚
- 关键词：杀虫晶体蛋白小菜蛾
- 基于均匀设计的主成分分析-支持向量机模型及其在几丁质酶最适pH建模中的应用被引量：5
- 2007年
- 采用主成分分析法对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入支持向量机,籍均匀设计,构建了几丁质酶氨基酸组成和最适pH的数学模型。当惩罚系数C为10,epsilon值为0.7,Gamma值为0.5,模型对pH值拟合的平均绝对百分比误差为3.76%,同时具有良好的预测效果,预测的平均绝对误差为0.42个pH单位。该方法比用BP神经网络方法效果更佳。
- 林毅蔡福营袁宇熹张光亚
- 关键词：主成分分析支持向量机几丁质酶最适PH均匀设计
- 红树林和茶内生细菌的分离归类及促生抗菌作用研究
- 内生菌能产生丰富多样的次生代谢产物,具有多种生物活性,在农业和医药业中具有巨大的应用潜力。因此,进行植物内生菌的分离、筛选及生物防治前景研究,探索有效的生防途径,有着重大的理论意义和实用价值。采用LB平板从红树林的根、茎...
- 林毅郑陈娟蔡福营袁宇熹
- 文献传递
- 苏云金杆菌杀虫晶体蛋白活性预测的支持向量机模型被引量：9
- 2007年
- 藉均匀设计(UD)方法,构建了苏云金杆菌(Bt)杀虫晶体蛋白氨基酸组成特征与其杀虫活性之间关系的支持向量机(SVM)模型。当惩罚系数为0·01、epsilon值为0·2、gamma值为0·05、域值为0·5时,该模型对Bt杀虫晶体蛋白杀虫活性的预测平均准确率达73%。
- 林毅蔡福营张光亚
- 关键词：苏云金杆菌均匀设计支持向量机杀虫晶体蛋白
- 杀虫晶体蛋白对小菜蛾杀虫活性的识别预测
- 2009年
- 考察对小菜蛾具有杀虫活性和无杀虫活性的晶体蛋白二肽组成的差异.结果发现,对小菜蛾具有杀虫活性的晶体蛋白中,SG,LS,SN,NI,GS,SV,SL,TV,EF,NQ二肽分数较高;而对小菜蛾无杀虫活性的晶体蛋白中,AN,LQ,DA,AQ,TF,SY,EI,LE,PT,RA二肽分数较高,总体分数上存在差异最大的是S*型二肽.在此基础上,发展一种识别杀虫晶体蛋白(ICP)对小菜蛾杀虫活性的统计学方法,通过对两组共27条杀虫晶体蛋白进行有无杀虫活性的初步识别,该方法识别平均正确率分别是71.4%和100%.
- 蔡福营樊云张光亚林毅陈国华(英文审校)
- 关键词：苏云金芽胞杆菌杀虫晶体蛋白
- PCA-SVM模型在几丁质酶最适温度建模中的应用被引量：1
- 2008年
- 采用主成分分析法(PCA)对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入支持向量机(SVM),籍助均匀设计(UD),构建几丁质酶氨基酸组成和最适温度的数学模型.当径向基核函数的3个参数,惩罚系数C为10,ε为0.5,γ为5时,模型对温度拟合的平均绝对百分比误差为5.06%,预测的平均绝对误差为1.83℃,说明具有良好的预测效果且优于神经网络的预测结果.
- 林毅蔡福营袁宇熹张光亚
- 关键词：几丁质酶数学模型主成分分析支持向量机最适温度
- 基于几丁质酶特征序列预测其最适pH的研究
- 2008年
- 基于Z标度法对C/18家族几丁质酶的特征序列PS01095和PS00232进行数字转换,将得到的数据集采用逐步回归方法回归预测,构建了几丁质酶特征序列与其最适pH间关系的数学模型。当模型的相关系数为R=0.964,显著水平P<0.001,得到了最佳的预测效果。模型对pH值拟合的平均绝对百分比误差为0.05%,同时具有良好的预测效果,预测的平均绝对误差为0.26个pH单位,比基于几丁质酶氨基酸组成的支持向量机模型更好。
- 林毅蔡福营张光亚
- 关键词：几丁质酶最适PH
- 基于晶体蛋白氨基酸组成的主成分分析识别其杀小菜蛾活性
- 2008年
- 基于晶体蛋白氨基酸组成的主成分分析(principal component analysis,PCA),构建杀虫晶体蛋白对小菜蛾杀虫活性的预测模型,用于晶体蛋白对小菜蛾有杀虫活性预测的正确率为76%,用于晶体蛋白对小菜蛾无杀虫活性预测的正确率为80%。该模型可作为一种实验开始前的预测方法,为筛选对小菜蛾有效的杀虫晶体蛋白提供参考,以提高筛选效率。
- 林毅李静然蔡福营
- 关键词：杀虫晶体蛋白小菜蛾主成分分析
