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2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析被引量：4: 2015年; 为了解H9N2亚型禽流感病毒（AⅣ）的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AⅣ的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AⅣ分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明：21份H9N2亚型AⅣ分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0 ％～99.4％,均属于欧亚分支的类A/Chicken/BeiJing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支.其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支.氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AⅣ的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变（氨基酸替换）,这种变异具有一定的进化（亚）分支特异性.此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异.; 胡媛媛张文东宋建领刘庆亮曾伟王锐郑锦玲彭洁保志鹏张应国范泉水赵焕云张富强; 关键词：禽流感监测 H9N2亚型血凝素

云南边境地区禽流感H5N1亚型病毒NS基因进化分析被引量：1: 2013年; 目的阐明云南边境地区禽流感H5N1亚型病毒NS1、NS2基因变异特征及遗传进化关系。方法在云南边境地区采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品，经H5N1亚型特异性多重RT-PCR检测，阳性样品对病毒NS基因进行扩增，克隆至pMD18-T载体测序，获得NS1、NS2基因序列，并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析。结果自1240份样品中检出H5N1亚型阳性样品71份，阳性率为5．72％；30份代表性阳性样品病毒NS基因测序获得17种序列，存在3个不同进化（亚）分支（Ⅰ-1、Ⅰ-2、Ⅱ）；NS1／NS2基因与病毒血凝素（HA）基因呈现不同进化关系；NS1蛋白涉及核定位信号区、RNA结合区、效应区及其他致病性相关的关键性氨基酸位点存在替代或突变。结论云南边境地区H5N1亚型病毒NS1／NS2基因具有遗传差异，2010年以来NS基因进化分支Ⅰ-2、Ⅱ已成为当地流行的优势毒株。; 肖雪张文东段博芳赵焕云刘庆亮胡挺松邱薇冯子良郑颖范泉水张应国张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型

2009年-2014年云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶基因进化分析被引量：2: 2015年; 为了解云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶(NA)基因变异及进化特征,2009年-2014年期间在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1 500份,经禽流感H5/N1亚型病毒特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品进行病毒NA基因扩增、纯化、克隆和测序,并与已知毒株和参考毒株进行序列比对及系统进化分析。结果从1 500份样品中检出禽流感病毒H5N1亚型阳性样品60份;60阳性样品病毒HA基因测序获得21种NA序列,可划分为4个不同进化分支。NA基因与HA基因呈现不同进化关系;云南边境毒株NA aa275位点未发生变异,因此变异毒株对神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir(达菲)类抗病毒药物可能无抗性或耐药性;2009年-2014年期间云南边境H5N1亚型病毒NA间具有遗传差异,NA基因进化分支4已成为当地流行的优势毒株。; 曾伟刘庆亮孔强张文东胡媛媛胡挺松赵焕云段博芳邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型神经氨酸酶基因

2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素基因分析被引量：2: 2014年; 为了解2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素（HA）基因变异及进化特征，在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1500份，经禽流感病毒 H5N1亚型特异性多重 RT-PCR 检测，选择代表性阳性样品，进行病毒 HA 基因扩增、纯化、克隆和测序，并与已知毒株和参考毒株序列进行序列比对及系统遗传进化分析。结果自1500份样品中检出 H5N1亚型阳性样品60份，60份阳性样品病毒 HA基因测序获得23种 HA 序列，可划分为2个不同进化分支（2．3．2，2．3．4），2．3．2进一步可划分为3个进化小分支（Ⅱ-1～Ⅱ-3），在23份代表性阳性样品中，17份样品属于进化小分支2．3．2Ⅱ-1，3份属于2．3．2Ⅱ-2，其余3份属于2．3．4；阳性样品中病毒 HA 裂解位点序列均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征，HA受体结合位点、糖基化位点、表位关键性氨基酸位点及其他氨基酸位点存在变异，部分位点的变异具有分支或亚（小）分支特异性。2012年-2013年期间云南边境禽流感病毒 H5N1亚型间具有遗传差异，进化分支2．3．2Ⅱ-1成为当地流行的优势毒株。; 刘庆亮张文东赵焕云胡挺松段博芳曾伟胡媛媛邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型血凝素分子特征

云南2株基因Ⅱ型新城疫病毒F基因变异特性分析被引量：5: 2014年; 对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离，通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测，证明分离毒株为新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因，纯化后克隆至pMD18-T载体，并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明，分离获得的云南省2株NDV毒株F基因核苷酸与La Sota株的核苷酸同源性为99．4％～99．6％，与国内外分离的流行毒株SP13和NDV027344核苷酸同源性均为99．7％～99．8％，与F48E9株的核苷酸同源性为89．0％～89．1％；F蛋白氨基酸与La Sota株的氨基酸同源性为99．3％～99．5％，与流行毒株SP13和NDV027344的氨基酸同源性均为99．5％～99．6％，与F48E9株的氨基酸同源性为91．8％～92．0％。系统发育分析结果表明，2株病毒均属于基因Ⅱ型，裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R L，属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征。; 张文东宋建领赵焕云刘庆亮胡媛媛曾伟张富强; 关键词：新城疫病毒 F基因

云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒基质蛋白2基因进化分析被引量：3: 2013年; 目的了解2008--2012年云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒基质蛋白2（M2）和离子通道蛋白基因变异特征及遗传进化关系。方法于2008--2012年采集云南省边境地区（越南、老挝、缅甸与云南省交界处）家禽和野生鸟类棉拭子样品1240份，经H5N1亚型特异性多重RT—PCR检测，对阳性样品病毒M基因进行扩增，克隆至pMD18-T载体测序，获得M2基因序列，并与已知参考毒株序列进行序列比对及系统发育分析。结果自1240份样品中检出H5N1亚型阳性样品71份，阳性率为5．72％；选择其中的30份阳性样品进行病毒M2基因测序，共获得14种不同序列，存在3个不同进化分支：1．2．1、1．2．2、2，各有5、7、2份。通过基因系统发育分析发现，M2基因与HA基因呈现不同进化关系；M2蛋白涉及表位、金刚烷胺抗性和禽源、人源毒株的关键性氨基酸位点存在替代或突变。结论2008--2012年期间云南边境H5N1亚型病毒M2基因具有遗传差异，M2基因进化分支1．2．2毒株已成为当地流行的优势毒株。; 肖雪张文东段博芳赵焕云刘庆亮胡挺松邱薇冯子良郑颖范泉水张应国张富强; 关键词：正粘病毒科流感病毒A型

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刘庆亮

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