朱小蓬
- 作品数：5 被引量：14H指数：2
- 供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家自然科学基金北京市科委基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用被引量：4
- 2002年
- 利用全基因组信息构建系统发育树 .基于COGs类 ,对每一个基因组的每一个基因 ,都用一个 17维的向量来描述其编码蛋白隶属于 17个COGs类的程度 ;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合 .接着 ,利用Fisher线性判别函数 ,寻找一组最优化的权重因子 ;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换 .使得经Fisher线性变换后 17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映 .最后 ,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离 .使用这种方法 ,分别用 38个和 4 3个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论 .该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题 。
- 刘蓉王月兰朱小蓬凌伦奖韩汝珊
- 水稻基因组中的小RNA被引量：1
- 2002年
- 水稻是一种很重要的模式植物,其基因组框架图的完成将对植物生物学和遗传进化学等学科的研究做出巨大贡献.目前,水稻科研工作者们在绘制水稻完成图谱的同时,也正在对水稻中基因和非编码区序列进行着深入的研究.非编码RNA在生物系统中有着很重要的作用.小RNA是非编码RNA的一种,我们在水稻基因组中寻找已知小RNA序列,并且在拟南芥、玉米、酵母、线虫、老鼠和猪这6个物种中一一进行比对,结果在552个小RNA的数据库中找到160个小RNA,它们存在于水稻的108个Scaffold中,其中绝大部分(99.41％)都位于基因预测的内含子区.19个小RNA只存在于水稻基因组中.发现了两段U14小RNA保守片段,一段是位于同系列的5个小RNAZMU14SNR9(s)中,它们只出现在3个植物物种上,其中86％序列都是和水稻、拟南芥、玉米重复的序列;另一段保守的小RNA是XLHS7CU14,它出现在除猪以外的其他6个物种中.所有这些结果显示小RNA在植物和动物之间并没有明显的界限.
- 王凯钟兰陈润生朱小蓬
- 关键词：水稻基因组非编码RNA小RNA保守序列基因测序
- 真核生物DNA非编码区的组分分析被引量：8
- 2002年
- 在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目多少 ,用 4种方法得到的外显子部分其组分复杂度都比较接近 ,而非编码区部分的组分复杂度却很大 .这一点定量地说明了物种之间的复杂程度 ,主要不体现在编码区部分 ,而体现在非编码区部分 .b 同一基因组中 ,内含子的核苷酸短序列组分复杂度都是相似的 ,外显子和intergenicDNA部分的组分复杂度也是相似的 .c 内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构等方面有很大的不同 ,但它们在核苷酸短序列组分上的差异却很小 ,说明内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构上的不同并不通过核苷酸短序列组分来进行限制 .
- 刘蓉齐震朱小蓬凌伦奖韩汝珊
- 关键词：真核生物
- 蛋白复合物与相互作用谱和表达谱的相关性分析被引量：1
- 2003年
- 蛋白相互作用是指细胞内蛋白-蛋白间的物理相互作用,通过酵母双杂交系统和基于质谱的蛋白吸附沉淀技术,在酵母细胞中获得了大规模的蛋白相互作用数据.收集了文献报道的共2617个酵母蛋白的11855条相互作用.通过分析酵母细胞的大规模基因表达谱数据,获得不同基因间表达的相关性.蛋白复合物数据也可以获得,并能转换成蛋白两两关系数据.综合分析蛋白复合物、蛋白相互作用数据和基因表达数据可以发现三者之间的相关性.结果显示,有相互作用或表达谱相似的蛋白都比随机抽取的蛋白同属一蛋白复合物的几率高;并且,有相互作用且表达谱相似的蛋白同属一蛋白复合物的几率更高.这一研究表明,对现有的大规模蛋白复合物数据、蛋白相互作用数据和基因表达谱数据进行整合、分析,可以揭示它们之间的关联性,并且有助于获得这些数据蕴含的公共信息.这种研究方法对于其他的大规模数据,如蛋白组数据、表达谱数据、蛋白的细胞定位数据和表型数据的综合分析有很好的借鉴意义.
- 蔡伦薛宏卢宏超赵屹朱小蓬卜东波凌伦奖陈润生
- 关键词：蛋白复合物细胞表达谱基因
- C elegans RNomics的生物信息学分析
- 这篇论文介绍了生物信息学在C elegans的Rnomics分析的应用。从C elegans中通过实验的方法大量提取noncoding RNA并做成cDNA文库测序，最后得到了2160个cDNA clone。去除冗余和污...
- 朱小蓬
