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凌伦奖: 作品数：27 被引量：145H指数：5; 供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金中国科学院知识创新工程更多>>; 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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HIV-1 Tat蛋白定点突变的分子动力学模拟被引量：1: 1999年; HIV 1Tat的Cys富集区、核心区和碱性氨基酸富集区是高度保守的 ,并且对于Tat反式激活作用至关重要 .用分子动力学模拟的方法构建了HIV 1Tat蛋白在上述 3个区域进行定点突变的 6种突变体的三维结构 ,分析了突变体的结构变化。; 崔岩凌伦奖陈润生白龙川袁建刚强伯勤; 关键词：分子动力学定点突变 TAT蛋白 HIV-1

Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用被引量：4: 2002年; 利用全基因组信息构建系统发育树 .基于COGs类 ,对每一个基因组的每一个基因 ,都用一个 17维的向量来描述其编码蛋白隶属于 17个COGs类的程度 ;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合 .接着 ,利用Fisher线性判别函数 ,寻找一组最优化的权重因子 ;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换 .使得经Fisher线性变换后 17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映 .最后 ,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离 .使用这种方法 ,分别用 38个和 4 3个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论 .该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题。; 刘蓉王月兰朱小蓬凌伦奖韩汝珊

生物大分子相似性计算及软件CarboSimi简介: 2010年; 生物大分子中的蛋白质和很多非编码RNA的功能主要取决于它们的空间结构。到目前为止,已经有超过六万个生物大分子的空间结构被测定,如何有效地比较它们之间的相似性成了生命科学中的一个重要课题。本文对目前常用的两类分子空间结构相似性比较方法,一类是基于欧几里得几何距离的,另一类是基于特征相关性的。并系统地介绍了生物大分子空间结构比较软件CarboSimi的算法实现及使用方法。文中对上述的方法及CarboSimi软件的优缺点进行了讨论。; 凌伦奖; 关键词：生物大分子 SIMILARITY INDEX

水对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响被引量：1: 1989年; 本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α-门冬酰胺的禁带宽度约0.5电子伏.这一结果与水对多聚α-甘氨酸和多聚α-丙氨酸的影响是有差别的.; 陈润生倪向善石秀凡凌伦奖

用比较聚类法寻找转录因子的结合位点被引量：4: 1996年; 将动态序列比较和自动聚类算法相结合，对９２个ｍＲＮＡ的转录调控区域的所有８元碱基片段进行了分析，得到了５２个聚类中心，并与已知的转录因子结合位点相比较，结果表明，用本方法寻找蛋白质基因调控区的转录因子结合位点是简单可行的。; 刘军孙健凌伦奖陈润生; 关键词：转录因子结合位点聚类分析

细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型被引量：3: 1989年; 本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子.; 凌伦奖倪向善陈润生石秀凡; 关键词：视紫红质构象

基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析被引量：4: 2003年; SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体,它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成。然而它的起源仍是一个谜为了探寻SARS冠状病毒的来源,基于FDOD(function of degree of disagreement)方法,对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较,构造出种系进化无根树。结果表明,这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属,但它们位于两个不同的进化分支上。冠状病毒属中的3个组被准确地重构。根据得到的结果,推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒。根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系,推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支,这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。; 齐震狐昱李蔚陈燕俊张治华张治华孙世伟卢宏超张京芬卜东波凌伦奖; 关键词：SARS冠状病毒传染途径

用神经网络法预测mRNA的剪接位点被引量：12: 1993年; 用神经网络预测了mRNA的剪接位点,比较了在各种不同的情况下,神经网络的学习与预测的情况,讨论了能反映真实剪接位点预测情况的有效预测成功率,指出它可达64%,而且总的预测成功率可达98%.预测的相关系数为0.66.; 孙键徐军凌伦奖沈如群陈润生; 关键词：神经网络剪接位点 MRNA

计算生物大分子溶剂可及表面积的快速算法: 1998年; 提出了一种新的计算生物大分子溶剂可及表面的算法。这种算法由“立方体算法（ｃｕｂｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ）”发展而来，运用二级网格方法建立了水合原子的立方体剖分数据库，大大提高了计算速度，而且可以通过调节格子的大小来选择合适的计算精度，适用于需要进行大量可及表面计算的蛋白质分子结构预测和模拟。; 崔岩凌伦奖陈润生; 关键词：生物大分子

预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法被引量：4: 1989年; 本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高.; 王化军陈润生倪向善石秀凡凌伦奖; 关键词：蛋白质结构