齐立省
- 作品数：5 被引量：1H指数：1
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于相对熵和复杂网络方法的蛋白质折叠与设计理论研究
- 蛋白质是由氨基酸组成的链状生物大分子，直接参与生物结构的形成，在控制和调节生物功能的过程中起着重要的作用。蛋白质折叠问题是分子生物学中心法则中联系生物遗传信息与功能的关键环节，这一问题的解决，将会极大的推动人们对生物大分...
- 齐立省
- 关键词：蛋白质折叠设计理论相对熵
- 基于残基涨落的加权氨基酸网络的构建及应用
- 2010年
- 提出了一种以残基间距离涨落为权重的氨基酸网络的加权方式.对180个蛋白质的加权与非加权氨基酸网络的拓扑特征量进行了分析.统计结果表明,氨基酸网络具有明显的小世界特征,加权网的平均集聚系数比非加权网的小.节点度分布具有幂律形式,显示了网络的层次模块性,进一步发现疏水残基对这一性质起了主要作用.另外,加权网的介数对折叠核的区分能力强于非加权网,表明加权网较非加权网包含了更多的蛋白质结构信息.
- 齐立省陈慰祖王存新
- 关键词：小世界特性幂律分布
- 基于相对熵的蛋白质折叠研究方法的改进
- 2009年
- 在本课题组以前的工作中,通过优化相对熵函数来预测蛋白质主链的三维结构取得了较好的结果.但是在该方法中接触势的系综平均值采用了一个估计值,为了使基于相对熵的蛋白质结构预测方法在理论上更加完善,该文基于统计热力学微扰理论,提出了一种新的接触势系综平均值的计算方法.选取12个蛋白质对该方法进行了测试,预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0.40～0.60nm之间.与接触势的系综平均值采用估计值的方法相比,平均预测精度提高了0.04nm.
- 齐立省苏计国陈慰祖王存新
- 关键词：蛋白质折叠相对熵
- 基于相对熵的蛋白质折叠的研究
- 采用非格点模型，用相对熵作为优化函数，预测蛋白质主链走向的方法是可行有效的。在以前工作的基础上，提出了一种新的求接触势系综平均的方法。选取14个真实单链蛋白质作为测试蛋白，用三态HNP模型对该方法进行了测试，模拟结果表明...
- 齐立省王存新王宝翰焦雄陈慰祖
- 关键词：生物物理蛋白质折叠相对熵
- 文献传递
- 基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用被引量：1
- 2008年
- 详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.
- 齐立省苏计国陈慰祖王存新
- 关键词：蛋白质设计相对熵结构类型
