赵新元
- 作品数：7 被引量：18H指数：3
- 供职机构：北京工业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生理学更多>>
- 基于二氧化钛新材料的唾液酸糖蛋白富集与鉴定方法的建立与应用
- 糖基化是一类重要的蛋白质翻译后修饰，其在细胞功能及分泌途径中发挥着重要作用。唾液酸是一类九碳糖结构单元，广泛存在于糖蛋白的糖链修饰末端，这些糖蛋白参与调节大量生理及病理过程。因此，针对唾液酸化糖蛋白质组学的研究将有助于更...
- 赵新元
- 关键词：唾液酸血浆标志物肝癌
- 一种蛋白质O-GalNAc修饰快速搜库和深度覆盖新方法
- 本发明公开了一种蛋白质O‑GalNAc修饰快速搜库和深度覆盖新方法。本发明一方面，通过对O‑GalNAc糖肽谱图中氧鎓离子和唾液酸碎片的谱图提取和分类的策略，针对不同类型的谱图进行相应匹配的O‑糖糖型数据库检索，大幅减少...
- 秦伟捷张万军赵新元李圆圆焦丰龙
- 文献传递
- 等电聚焦预分离用于肝癌细胞分泌蛋白质组的分级与鉴定被引量：4
- 2013年
- 分泌蛋白质组(secretome)是指在特定的时空条件下,细胞、组织等分泌的全部蛋白质。分泌蛋白质组可能包含了大量的疾病诊断生物标志物,因此其相关研究越来越受到重视。分泌蛋白质组的组成高度复杂且浓度范围宽,这对分析方法提出了挑战。建立有效的蛋白质或肽段预分离策略,将有利于分泌蛋白质的高覆盖率鉴定。本研究以肝癌细胞系MHCC97L的无血清培养分泌蛋白质为研究对象,采用一种新型等电聚焦预分离(OFFGEL)系统,考察了肽段水平的分级对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明,分离后各馏分中肽段的等电点分布与理论预测基本一致,每个馏分中单独鉴定的肽段比例接近80%,显示了该系统对肽段的高分辨分离能力。结合生物质谱技术,在肝癌细胞分泌系统中鉴定了2 995个蛋白质,显示了该系统在复杂体系蛋白质组研究中的应用潜力。
- 李贤煜赵新元应万涛钱小红
- 关键词：等电聚焦肝癌细胞
- 深度学习方法在生物质谱及蛋白质组学中的应用被引量：5
- 2018年
- 深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向,尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展.生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具,尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用.近年来,基于深度学习方法的发展,以生物质谱为核心的蛋白质组学大数据分析将迎来发展新契机.本文综述了深度学习方法在生物质谱数据解析及蛋白质组学研究方面的最新应用.
- 赵新元秦伟捷钱小红
- 关键词：生物质谱蛋白质组学大数据
- 基于生物质谱的蛋白质O-GalNAc糖基化修饰研究进展被引量：3
- 2018年
- 糖基化是生物体内蛋白质最常见、最重要的翻译后修饰之一,普遍存在于细胞膜蛋白及分泌蛋白,执行重要的生物学功能.常见的蛋白糖基化修饰有N-糖基化及O-糖基化两种类型,而O-GalNAc是O-糖基化中重要的存在形式,在特定生物学进程、癌症发生发展中起着重要作用,近年来受到广泛重视.得益于代谢标记、化学衍生化、高分辨和多种碎裂模式质谱技术以及基因编辑技术的高速发展,O-GalNAc的糖基化位点、糖型鉴定和生理功能研究取得一系列重大进展.本文综述了基于生物质谱技术的蛋白质O-GalNAc糖基化修饰研究进展.
- 赵新元沈丙权秦伟捷钱小红
- 关键词：蛋白质糖基化质谱
- 翻译后修饰尿蛋白质组研究新方法
- 随着当前质谱技术的飞速发展，蛋白质组学研究进入了大规模数据收集与发现时代，在肿瘤分子分型、潜在生物标志物挖掘、重要通路生物大分子分析及药物靶点发现等方面发挥着重要作用。尿液是一种重要的生物体液，在液体活检、潜在疾病生物标...
- 赵新元
- 关键词：尿液检验尿蛋白质组学翻译后修饰固相萃取同位素标记
- 酶切过程中肽段过烷基化对蛋白质定性和定量分析的影响被引量：5
- 2013年
- 蛋白质的还原-烷基化是蛋白质酶切中的重要步骤,常用的烷基化试剂是碘乙酰胺(IAA),但是IAA除了和半胱氨酸发生反应,也可能和其他多种氨基酸发生副反应。我们模拟常规的酶切条件,系统地研究了蛋白质真实酶切时所有酶切肽段发生烷基化的情况。结果表明,多种氨基酸可以发生烷基化,其趋势为:半胱氨酸>肽段N端氨基酸>天冬氨酸>谷氨酸>组氨酸>天冬酰胺>赖氨酸>酪氨酸,同时也发现同一肽段上的氨基酸烷基化具有排他性和聚集性。根据定性结果,采用质谱多反应监测(MRM)技术对多个肽段进行了定量分析,评估了过烷基化对蛋白质定量分析的影响。该研究结果表明,过量的烷基化修饰对蛋白质的定性与定量分析都可能产生较大影响。在蛋白质组学研究的样本处理流程中,应避免样本的过烷基化。
- 王继峰赵新元赵焱马成钟儒刚钱小红应万涛
- 关键词：液相色谱多反应监测蛋白质组学烷基化
