孙之荣
- 作品数：73 被引量：288H指数：9
- 供职机构：清华大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术理学更多>>
- 蛋白质中原子与基团的可及性的一种新计算方法及其应用被引量：7
- 1996年
- 实现了一种新的蛋白质中原子层次可及面积的计算方法－Ｍｏｎｔｅ－Ｃａｒｌｏ模拟方法。计算了溶菌酶各个原子与功能基团的可及性，并应用于蛋白质结构和功能的研究中。使得对蛋白质性能的预测更准确，提供了一种对蛋白质结构和功能研究的新思路。
- 孙之荣郭青
- 关键词：蛋白可及性原子
- 维甲酸结合蛋白的分子可及性与该蛋白和配体相互作用的关系的研究被引量：1
- 1996年
- 从蛋白质可及性分析的角度研究了ＥＲＡＢＰ与ＲＡ的相互作用模式，在原子水平和残基水平上计算了四个与维甲酸结合蛋白（ＥＲＡＢＰ）有关的分子的可及性，这四个分子是ＥＰＡ（无配体结晶生成的ＥＲＡＢＰ），ＥＰＢ—ＲＡ（ＥＲＡＢ和配体雏甲酸ＲＡ，并对其进行分析比较。分析结果表明，ＲＡ在结合蛋白中采取β－芷香酮环向里，羧基端向外的构象形式；围绕结合部位有２４个残基；在结合配体ＲＡ时，在结合配体ＲＡ时，结合蛋白将发生构象变化，变化的结果是结合部位空穴的暴露程度增大。
- 彭立伟孙之荣
- 关键词：维甲酸
- 蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究被引量：46
- 2007年
- 细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究.
- 张松黄波夏学峰孙之荣
- 关键词：亚细胞定位生物信息学数据库蛋白质
- 基于第二代测序数据识别肿瘤基因突变的工具比较
- 2014年
- 使用第二代测序数据来发现癌细胞中的基因组突变,一直是很重要的科学应用问题。此研究使用一个癌症病人的大量数据,评估了甄别基因组突变的几个现有工具。经过比较各工具的方法和正确率,本文发现各自都有自己的优点和缺点。针对这些优缺点,本文提供一些建议,让工具使用者能更好地选择合适的工具。
- 李文杰孙之荣
- 关键词：癌症基因组测序
- 适合人类健康与重大疾病预警的生物信息学新的技术方法探索--探讨生物信息学、系统生物学与医学在重大疾病研究中的合作
- 孙之荣
- 使用基因表达谱进行肿瘤分子分型和特征基因提取
- ＜正＞ 将肿瘤分类,并且确定各个肿瘤类别的有代表性的基因,然后按照相应的类别进行机理研究和对应治疗是非常重要的,而且肿瘤的亚型分得越细,理论意义和实用意义就越大。但是这种分类必须是和肿瘤的发生机理在某种程度上是相关的,尽...
- 李泽孙之荣
- 关键词：特征基因基因选择聚类
- 文献传递
- SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系被引量：8
- 2003年
- 一种新的冠状病毒SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)的病原体,对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算,以及跨膜区和亚细胞定位预测,辅以保守序列家族数据库搜索,预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能,同时,通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算,分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系。结果表明,尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒,但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV。为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助。
- 柳树群过涛季星来孙之荣
- 关键词：生物信息学进化严重急性呼吸综合征冠状病毒
- 基因组复杂度进化的仿真研究被引量：7
- 2001年
- 生物进化的主要趋势是由简单到复杂 ,由低级到高级。在整体进化的同时 ,生物界也广泛存在着局部的退化和简单化现象。为了研究生物的进化和退化并行、简单和复杂并存的现象 ,以及各种内、外部因素的影响 ,建立了一个考虑基因扩增/删除机制的进化模型 ,并对这个模型在各种影响因素下的进化过程进行了仿真研究。实验结果和理论分析表明 ,生物进化过程中的复杂化倾向主要是为了适应复杂多变的外部环境 ,但复杂的基因组或结构功能往往需要比较大的生存和繁殖成本 ,这又限制了复杂化的无限发展。当外部环境变化比较频繁 ,幅度比较大 ,而繁殖成本不高时 ,进化倾向于复杂化 ;当繁殖成本过高时 ,复杂化倾向被限制 ;而当外部环境变化很缓慢或基本稳定时 ,退化和简单化则成为主要趋势。
- 卢欣孙之荣李衍达
- 关键词：基因扩增基因删除模拟进化
- TRAIL细胞凋亡信号通路模型研究
- ＜正＞TRAIL,即肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体,能够选择性地诱导肿瘤细胞凋亡, 其信号转导的机理对于癌症研究有重要的意义。目前的实验研究已经深入到 TRAIL 介导的细胞凋亡信号通路中的大部分组成分子,然而对于这些组...
- 孙之荣吴明
- 关键词：诱骗受体
- 文献传递
- 基于序列保守性和蛋白质相互作用的真核蛋白质亚细胞定位预测被引量：9
- 2008年
- 蛋白质的亚细胞定位是进行蛋白质功能研究的重要信息.蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能.尝试了将保守序列及蛋白质相互作用数据的编码信息结合传统的氨基酸组成编码,采用支持向量机进行蛋白质亚细胞定位预测,在真核生物中5轮交叉验证精度达到91.8%,得到了显著的提高.
- 张松夏学峰沈金城孙之荣
- 关键词：亚细胞定位氨基酸组成序列保守性蛋白质相互作用支持向量机
