宁夏大学生命科学学院宁夏饲料工程技术研究中心 作品数:14 被引量:39 H指数:4 发文基金: 国家自然科学基金 宁夏回族自治区自然科学基金 宁夏高等学校科研基金 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积相关LNC_003828-gga-miR-107-3p-MINPP1的关联分析 2021年 【目的】探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程中关键调控因子的调节作用,利用lncRNA-miRNA-mRNA关联分析鉴定与肌苷酸特异性沉积相关的LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1,其作为肉质研究的候选基因,为分子辅助育种提高肌肉品质提供理论基础。【方法】测定15只静原鸡胸肌和腿肌的肌苷酸含量,筛选高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌各3个样本提取总RNA,质量检测合格后构建cDNA文库、PCR扩增,利用Agilent 2100对文库质量进行评价,库检合格后送Illumina-Hiseq平台进行转录组测序。利用生物信息学方法筛选出静原鸡肌肉组织不同部位差异表达的MINPP1、gga-miR-107-3p和LNC_003828,进行GO注释和蛋白互作网络分析MINPP1的功能。采用qRT-PCR方法检测LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1在静原鸡胸肌和腿肌组织中的表达情况,并分析其与肌苷酸含量的相关性。【结果】测序样品间基因表达水平相关性R2>0.9,即试验样本之间基因表达可用于后续的差异基因分析。参与肌苷酸合成和代谢的糖酵解/糖异生途径中检测出3个差异表达基因MINPP1、PKM和ALDH9A1。互作分析发现lncRNA-miRNA-mRNA网络图中共有17个miRNA(9个上调,8个下调)、44个mRNA(16个上调,28个下调)和155个lncRNA(68个上调、87个下调),核心节点gga-miR-107-3p互作的靶基因有MINPP1、靶lncRNA有LNC_003828。GO富集分析发现MINPP1基因具有磷酸酶活性、双磷酸甘油酸酯磷酸酶活性等功能;蛋白互作网络中MINPP1基因与参与糖酵解/糖异生和氨基酸生物合成通路中的PGAM1、ENO1、BPGM基因均有互作关系。qRT-PCR结果表明,静原鸡胸肌LNC_003828和gga-miR-107-3p的相对表达量低于腿肌,但差异不显著;胸肌MINPP1的相对表达量显著低于腿肌(P<0.05)。静原鸡胸肌和腿肌组织中gga-miR-107-3p的表达量与LNC_003828表达量均呈正相关,与MINPP1的表达量均呈负相关。胸肌和腿肌组织中LNC_003828、gga 禹保军 邓占钊 辛国省 蔡正云 顾亚玲 张娟关键词:肌苷酸 转录组数据揭示AMPD1调控静原鸡肌肉组织中肌苷酸的特异性沉积 被引量:2 2022年 本文旨在探究AMPD1基因对静原鸡胸肌和腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究静原鸡AMPD1基因的生物学功能奠定基础。本研究选择静原鸡高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌进行转录组测序分析,筛选出胸肌和腿肌组织差异表达的关键基因AMPD1,并进行GO注释和蛋白互作网络分析。利用RT-qPCR检测静原鸡肌肉组织中AMPD1基因的mRNA表达水平。从测序结果中筛选参与嘌呤代谢通路的关键基因AMPD1,注释结果显示AMPD1参与6个生物学过程,包括AMP脱氨酶活性、IMP的生物合成过程等。蛋白互作发现AMPD1与嘌呤核苷酸合成和代谢过程中的重要调控酶共享功能。实时荧光定量结果表明,静原鸡肌肉组织中AMPD1基因的表达量腿肌显著低于胸肌。综上所述,AMPD1基因可能是影响鸡肉IMP沉积的主效基因。研究结果可为进一步研究静原鸡IMP特异性沉积的AMPD1基因调控机制提供分子理论基础,同时为后续静原鸡AMPD1功能验证提供重要的科学依据和参考。 马丽霞 曹国伟 禹保军 王卫振 顾亚玲 蔡正云 辛国省 张娟关键词:肌苷酸 AMPD1基因 MRNA 基于RNA-seq技术对静原鸡ADSSL1基因的筛选及其表达量的分析 2021年 利用RNA-seq技术筛选影响肉质鲜味的相关差异基因,运用实时荧光定量PCR(realtime quantita tive PCR,RT-qPCR)技术对宁夏地方品种静原鸡胸肌和腿肌组织中已筛选的与肉质鲜味相关基因的m RNA表达量进行测定,结果表明:静原鸡胸肌和腿肌之间的显著差异表达基因为666个,其中显著上调的基因有256个(P<0.05),显著下调的基因有410个(P<0.05);GO功能注释和KEGG通路分析显示,在嘌呤代谢、丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢通路中筛选出与肌苷酸相关的差异表达基因腺苷琥珀酸合成酶同工酶1基因(adenylosuccinate synthetase isozyme 1,ADSSL1),且ADSSL1在胸肌中mRNA表达量极显著高于腿肌(P<0.01)。本试验结果为研究肌苷酸相关候选基因的筛选提供了科学依据,同时为后续深入了解ADSSL1基因提供了理论参考。 郭菊 邓占钊 周子航 王卫振 王影 禹保军 虎红红 顾亚玲 辛国省 张娟关键词:RT-QPCR 饲喂黄花菜茎叶青贮对滩羊生产、屠宰性能及肉品质的影响 被引量:3 2021年 采用单因子饲养对比试验,选择性别、年龄、体重、生理状态、饲养管理水平一致的6月龄育肥滩羊200只,分为4个组,每组50只,分群集中饲养。其中,对照组为100%玉米青贮,试验1组为25%黄花菜+75%玉米混合青贮,试验2组为50%黄花菜+50%玉米混合青贮,试验3组为100%黄花菜茎叶青贮,以期研究黄花菜茎叶青贮饲料对育肥滩羊生产性能、屠宰性能及肉品质的影响,为合理利用黄花菜茎叶提供依据。试验结果表明,25%、50%、100%黄花菜茎叶的添加量均可制作青贮,添加50%与玉米混合青贮效果较好。 梅宁安 李军国 辛国省 刘自新 云华 丁有仁 丁建宁 闫玉萍 达海刚 阮建明关键词:育肥滩羊 屠宰性能 肉品质 静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析 被引量:5 2021年 旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P<0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novelcirc0013580、novelcirc0012931、novelcirc0011886、novelcirc0013588、novelcirc0007737和novelcirc0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novelcirc0013580和novelcirc0013588,两者能够同时结合novel409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。 王卫振 邓占钊 辛国省 虎红红 禹宝军 蔡正云 顾亚玲 张娟关键词:肌苷酸 调控网络 静原鸡AK1基因序列分析及真核表达载体的构建 被引量:1 2021年 【目的】探究宁夏地方品种静原鸡前期转录组测序筛选出的AK1基因编码蛋白的结构与功能,构建其真核表达载体。【方法】根据GenBank上已公布的原鸡AK1基因序列,针对其CDS区设计特异性引物,通过克隆测序对AK1基因CDS区SNPs进行快速筛查,构建AK1基因的真核表达载体,并进行编码区生物信息学功能分析。【结果】AK1基因编码区全长585 bp,编码194个氨基酸;AK1蛋白无跨膜结构域,存在2个CpG岛,18个磷酸化位点,10个抗原表位,为稳定的水溶性蛋白,空间结构以α–螺旋和无规则卷曲为主。亚细胞定位结果显示,AK1蛋白主要位于细胞质内;GO富集分析发现,AK1基因同样富集在细胞质中,与亚细胞定位结果一致。基因共表达分析发现,在与AK1互作的基因中,AK1与AMPD1、PKM2基因存在共表达,共表达系数分别为0.116和0.063。成功构建出AK1-pEGFP-N1载体。【结论】该研究结果为后续AK1蛋白功能以及AK1作为肌苷酸相关基因的深入研究提供了科学依据。 张娟 虎红红 邓占钊 母童 顾亚玲 辛国省关键词:基因共表达 亚细胞定位 饲喂果蔬副产物预混合饲料对滩羊生产屠宰性能及肉品质的影响 2021年 笔者利用黄花菜茎叶、西红柿渣、葡萄渣、枸杞渣等果蔬副产物制作预混合饲料饲喂滩羊,分析该种饲料对羊生产、屠宰性能及肉品质的影响,为果蔬加工副产物资源饲料化合理利用并用于反刍动物提供技术依据。笔者以添加不同比例果蔬副产物的预混合饲料为分组依据,其中对照组为常规预混合饲料,试验-组添加5%果蔬副产物混合粉预混合饲料:试验二组添加10%果蔬副产物混合粉预混合饲料,试验三组添加15%果蔬副产物混合粉预混合饲料,试验四组添加20%果蔬副产物混合粉预混合饲料。结果表明:①只均增重方面,试验四组、试验三组、试验二组、试验一组之间没有差异,分别高于对照组10.03%(P<0.05)、7.67%(P<0.05)、7.90%(P<0.05)和8.26%(P<0.05).②日只均毛利润方面,各组间差异不显著。③屠宰性能方面,各项目数据差异均不显著。④肉常规品质指标方面,宰杀后45min,24 h的pH值均在鲜肉正常范围之内,熟肉率57.33%~58.91%(P>0.05),失水率34.65%~35.37%(P>0.05),大理石纹2.45~2.50(P>0.05),但随着果蔬副产物添加量的增加,有增加的趋势。肉色3.00~3.15(P>0.05),剪切力评分250~2.65(P>0.05),但随着果蔬副产物加量的增加,有增加羊肉嫩度的趋势。 梅宁安 李军国 辛国省 刘自新 云华 丁有仁 丁建宁 闫玉萍 达海刚 阮建明关键词:预混合饲料 滩羊 屠宰性能 肉品质 兰州鲇对4种饲料原料的离体消化率和酶解能力 被引量:13 2008年 采用离体消化法,测定了离体状态下兰州鲇(Silurus lanzhouensis)(278.6±26.7)g的胃、肠道及肝胰脏对鱼粉、豆粕、菜粕和棉粕等4种饲料原料的消化率和酶解速度。结果显示:离体状态下兰州鲇消化道各部位的消化能力和酶解能力依次为前肠、中肠、肝胰脏、后肠和胃。离体状态下,胃、肠道及肝胰脏对鱼粉的干物质和粗蛋白的消化率最高,其次为豆粕、菜粕和棉粕(P<0.05);对鱼粉的酶解速度最高,其次为豆粕、菜粕和棉粕。结果表明,兰州鲇前肠和中肠消化能力较强,饲料的消化主要集中在这两个部位;在离体状态下,鱼粉的蛋白易于被各部位酶解产生氨基酸,比其他3种饲料更易被兰州鲇吸收。 邱小琮 赵红雪 王远吉 白文贤关键词:饲料原料 离体消化率 静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析 2020年 为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径(microRNAs in cancer)、人乳头瘤病毒感染(human papillomavirus infection)、癌症中途径(pathways in cancer)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)中(P<0.05)。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤(melanoma)中的表达水平最高,在扁桃体(tonsil)和肌肉(muscle)等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。 禹保军 何金童 姚婷婷 吴昊 樊希雅 虎红红 王卫振 郭菊 顾亚玲 蔡正云 辛国省 张娟关键词:靶基因 生物信息学 饲料油菜对发酵全混合日粮品质的影响 被引量:5 2022年 为研究饲料油菜对发酵全混合日粮(FTMR)品质的影响,试验以高含水量的油菜作为全混合日粮中的水分调节因子,调制水分含量为40%、45%、50%、55%和60%的5种全混合日粮,将其装入发酵瓶压实密封制备FTMR,在发酵第3、7、15、23、30、45、60天取样测定pH,并在第60天进行感官评定、测定主要营养物质和发酵参数。结果表明:发酵60 d后,除40%水分组FTMR出现轻微发霉外,其他组均未出现发霉,50%、55%、60%水分组评分均达到优良等级;pH以7 d前下降速度最快,组间差异显著;试验结束时,50%、55%、60%水分组的pH降至4.25以下;FTMR的粗蛋白质含量组间差异不显著,40%水分组的粗灰分、中性洗涤纤维和酸性洗涤纤维均高于其他组(P<0.05);60%水分组的氨态氮占总氮的比例最低,乳酸含量最高,组间差异显著;乙酸、丙酸均存在显著的组间差异性,以45%水分组含量最高,各组均未检测出丁酸。可见,油菜型FTMR的水分含量为50%~60%时发酵品质较好。 杨洁 冯帆 高巧仙 王京 辛国省关键词:饲料油菜 水分 发酵品质 营养