西南科技大学植物细胞工程实验室
- 作品数：28 被引量：94H指数：4
- 相关作者：曹颍刘阳周子俊更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省应用基础研究计划项目国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学理学化学工程更多>>
- 慈竹BeSUS1基因克隆与表达分析被引量：3
- 2016年
- 从慈竹转录组数据库中克隆得到了一个SUS基因,命名为Be SUS1,进行了生物信息学分析和组织表达分析。本研究表明,该基因该序列长为2 536 bp,ORF框长度为2 451 bp,编码816个氨基酸,具有N端的蔗糖合成功能域和C端的糖基转移功能域,Be SUS1属于单子叶SUS一簇,与绿竹、水稻、玉米等氨基酸序列,理化性质以及蛋白结构具有高度的同源相似性。组织表达分析显示Be SUS1在慈竹各个部位均有表达,但在各组织中表达具有一定差异,其在未展开叶中表达较低,而在成熟叶与茎段组织中表达较高。
- 黄艳廖倩胡尚连曹颖徐刚龙志坚卢学琴
- 关键词：慈竹生物信息学
- 不同发育时期的慈竹笋转录组分析
- 慈竹(Bambusa emeiensis)是我国的优势竹种之一，主要分布在我国西南地区，其茎秆壁薄、竹节长、纤维长度高，是优良的纸浆原料。本研究以四个不同发育时期的慈竹笋为材料，分别提取总RNA 后进行转录组测序，对得到...
- 曹颖李想刘红梅周振华胡尚连
- 关键词：慈竹转录组木质素生物合成
- 慈竹笋内源激素积累与KEGG代谢途径相关基因差异表达被引量：2
- 2017年
- 本研究以不同高度的慈竹笋和当年生慈竹为材料,采用酶联免疫法和转录组测序技术,对慈竹笋生长过程中内源激素含量动态积累和脱落酸(ABA)、赤霉素(GA)与生长素(IAA)KEGG代谢途径相关基因差异表达进行分析。结果表明,慈竹在竹笋整个生长过程中,ABA、GA和IAA总含量随着株高的增高呈现不同的变化趋势,GA总含量变化呈"S"型曲线,IAA总含量变化呈双峰曲线,而ABA含量变化不明显;KEGG代谢途径中相关基因存在差异表达,其中ABA代谢途径中PSY和BCH在笋50 cm时呈现上调表达,ZE在150 cm时呈现下调表达。GA代谢途径中KAO与CPS在早期呈现上调表达,后呈现下调表达。IAA代谢途径中CATB在笋生长到50 cm呈现上调表达,而后呈现下调表达的趋势,而ALDH和OGDC随着笋的伸长呈现表达上调。
- 周子俊刘阳胡尚连曹颖
- 关键词：慈竹激素基因差异表达
- 青杨4CL基因的克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2016年
- 4CL是木质素合成途径中的关键酶，对其进行生物信息学分析，为深入研究4CL的作用奠定基础并为进一步改良青杨提供理论支撑。以青杨嫩茎为试材，采用RT—PCR方法克隆膏杨4CL基因，使用NCBI、DNAMAN及ExPASy等一系列在线软件及工具，对青杨4CL基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析。克隆了青杨4CL基因，命名为Pe4CL（GenBank注册号：KJ490636）。该基因全长1623bp，开放阅读框为1—1611bp，编码536个氨基酸，含有4CL的保守域SSGTTGLPKGV和GEICIRG及催化活性残基His-234。Pe4CL与PtCACL同源性最高达97．95％。
- 姜勇胡尚连曹颖卢学琴徐刚龙治坚黄艳
- 关键词：青杨克隆生物信息学分析
- 梁山慈竹体细胞突变体No.30的SLAF-seq特异分子标记分析被引量：3
- 2017年
- 梁山慈竹体细胞突变体No.30具有纤维素含量高、木质素含量高、纤维细胞长度长、纤维细胞长宽比大等特点,但由于梁山慈竹主要进行无性繁殖,不易获得纯合植株,突变体No.30的分子水平鉴定一直无法进行,严重阻碍了该突变体的推广利用。对梁山慈竹体细胞突变体No.30进行特异分子标记分析,并初步确定其性状变异来源。本研究利用SLAF-seq技术分别对突变体No.30以及同地区野生型梁山慈竹群体(CK)的基因组进行了简化基因组测序。经过了测序、建库、多态位点开发、特异多态性位点筛选等过程,最后对特异多态性位点筛选结果进行注释分析。结果发现突变体No.30的GC含量、纯合InDel数低于野生型梁山慈竹,而检测到的InDel总数以及杂合InDel数却高于野生群体。对SLAF-seq得到的InDel、SNP位点进行特异性筛选,获得了突变体No.30中稳定存在的特异InDel/SNP标签,包括特异C-T转换9381个、特异A-G转换9472个、特异InDel 329个。通过对这些特异SLAF标签进行注释,发现有6个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维素合成相关,3个特异SNP标签与木质素合成相关,以及4个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维细胞形态建成有关。这些结果表明突变体No.30在体细胞培养的过程中在基因组水平上发生了突变,并初步确定了其性状变异来源。但这些特异SLAF标签与突变体No.30在纤维素含量和木质素含量,以及纤维细胞发育等性状方面的相关性仍需进一步验证。
- 王懋林胡尚连曹颍卢学琴徐刚黄艳龙志坚
- 关键词：克隆植物梁山慈竹体细胞无性系
- 毛竹NAC转录因子家族生物信息学分析被引量：43
- 2015年
- NAC转录因子是植物特有的一类转录因子,在植物对非生物胁迫、激素信号应答以及器官形成中发挥重要作用。到目前为止,毛竹NAC转录因子很少被研究,为进一步研究毛竹NAC转录因子家族,本研究利用生物信息学方法,对125条毛竹NAC蛋白序列的系统发生、氨基酸组成、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析。系统进化树分析结果表明,125条毛竹NAC蛋白被划分为17个亚族,毛竹NAC结构域中包含8个保守的NAM基序,主要分布在N端的。不同亚族的毛竹NAC蛋白在氨基酸数目以及氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异,二级结构主要由随机卷曲构成,α-螺旋和β-转角在所有毛竹NAC蛋白中均有分布,且在各亚族中没有明显的差异。125条毛竹NAC蛋白的三级结构绝大部分相似。本研究结果为毛竹NAC基因家族功能的进一步研究提供了理论依据。
- 黎帮勇胡尚连曹颖徐刚
- 关键词：毛竹生物信息学
- 不同维生素浸种对玉米幼苗受钠盐胁迫后根冠比和多胺代谢的影响被引量：2
- 2022年
- 【目的】探究不同维生素浸种后,盐胁迫对2种耐盐程度不同的玉米幼苗根冠比和多胺代谢途径相关酶活的影响。【方法】以杂交玉米品种金玉819(耐盐)和金单999(盐敏感)为材料,分别以100 mmol/L的V_(B1)和V_(B6)浸种24 h,然后将玉米种子在1/2霍格兰营养液中进行萌发,7 d后将幼苗移植到含100 mmol/L Na_(2)SO_(4)/NaCl的1/2霍格兰营养液中胁迫处理10 d。通过测定玉米幼苗的根冠比和多胺代谢系统相关指标,探究不同VB浸种、不同类型钠盐胁迫对玉米幼苗根冠比和多胺代谢的影响。【结果】对金玉819而言,V_(B1)和V_(B6)浸种后不同钠盐处理间玉米幼苗根冠比的差异不明显,但NaCl比Na_(2)SO_(4)对根系伤害大;在Na_(2)SO_(4)胁迫下,V_(B6)浸种后的玉米叶片乙烯含量显著低于V_(B1)浸种的处理;同一VB处理条件下,NaCl和Na_(2)SO_(4)处理间的玉米叶片乙烯含量无明显差异,但Na_(2)SO_(4)处理H_(2)O_(2)的含量比NaCl处理的高。对金单999而言,在Na_(2)SO_(4)胁迫下,V_(B1)处理的根冠比明显高于V_(B6)处理,而在NaCl胁迫下,V_(B6)处理的根冠比明显高于V_(B1)处理;不同VB浸种,不同钠盐处理间玉米叶片乙烯含量无明显差异;V_(B1)处理下,NaCl处理的玉米的H_(2)O_(2)含量显著高于Na_(2)SO_(4)处理。V_(B1)较V_(B6)更能提高钠盐胁迫下2种玉米的精氨酸脱羧酶(ADC)活性。V_(B1)和V_(B6)浸种分别使2种玉米在Na_(2)SO_(4)和NaCl胁迫下的二胺氧化酶(DAO)活性提高。V_(B6)较V_(B1)更显著提高盐胁迫下2种玉米的多胺氧化酶(PAO)活性。V_(B6)较V_(B1)更能降低盐胁迫下2种玉米幼苗的H_(2)O_(2)含量,减缓盐对玉米幼苗的胁迫作用。【结论】用V_(B1)和V_(B6)浸种后,盐胁迫敏感性不同的玉米杂交品种幼苗的根冠比以及多胺代谢途径中相关酶活性对NaCl和Na_(2)SO_(4)胁迫的响应不同。
- 沈彦合胡尚连
- 关键词：玉米根冠比多胺代谢
- 温度和水分对梁山慈竹生态化学计量学特征的影响被引量：2
- 2018年
- 为探究梁山慈竹对温度和水分的响应模式,利用间歇式增温和不同浇水量处理梁山慈竹实生植株,研究其根、茎、叶干重,净光合速率以及C、N、P、S元素含量及比值。结果表明:增温处理组中,不同水分处理与增温对照组相比,梁山慈竹各器官干重、茎叶C/P显著上升(P<0.05),但根和茎的C/S和N/S极显著下降;不同水分处理下的植株各器官的干重要低于对照组,在150%的浇水量(HR)处理下,梁山慈竹叶C/N和C/P显著下降(P<0.05),根C/S和N/S极显著上升,而茎和叶的C/S和N/S极显著下降;增温与HR互作下,梁山慈竹的各器官干重上升、根C/P下降,茎叶C/P显著上升;而增温和不同水分及其交互作用下对叶片净光合速率无显著影响。研究表明,梁山慈竹能通过调节自身元素生态化学计量学比值以应对变化的环境,在增温、HR及其二者互作下,梁山慈竹的生长未受到N或P的限制,但对S元素的需求增加。
- 刘垚韦廷舟龙治坚徐刚胡尚连胡勇
- 关键词：增温不同水分梁山慈竹
- 2个慈竹bZIP基因的克隆、生物信息学分析及其诱导表达被引量：4
- 2018年
- 从慈竹笋转录组数据库中筛选并克隆出2个bZIP基因(BebZIP2和BebZIP6)进行生物信息学分析。分析结果表明,它们编码序列长度分别为504和720 bp,编码167个和239个氨基酸,BebZIP2和BebZIP6属于bZIP相关蛋白,与水稻OsbZIP52/RISBZ5蛋白聚在一枝。组织表达分析表明,这2个慈竹BebZIP基因在慈竹笋、茎、展开叶和未展开叶等部位均有表达,属于组成型表达,同一基因在不同组织中的表达量差异较大,表达量的大小为未展开叶>展开叶>茎>笋。对慈竹幼苗进行ABA、NaCl和PEG6000非生物胁迫处理,结果表明,BebZIP2和BebZIP6对盐、干旱和ABA胁迫均具有不同程度的响应。
- 龚道勇胡尚连曹颖卢学琴张庆波
- 关键词：慈竹生物信息学分析组织表达分析非生物胁迫
- 梁山慈竹体细胞突变体No.30生物量及品质特性研究
- 对梁山慈竹体细胞突变体NO.30的生物量以及品质特性,如纤维素含量、木质素含量和纤维形态等相关指标进行了研究.结果表明,与同龄的实生苗相比,NO.30突变体具有生物量大、纤维素含量高、纤维长、长宽比大等特性.尽管No.3...
- 王身昌胡尚连曹颖卢学琴徐刚黄艳龙治坚
- 关键词：梁山慈竹体细胞突变体生物量
