浙江大学沃森基因组科学研究院
- 作品数：23 被引量：86H指数：5
- 相关作者：杨焕明刘琦李金宏余迎朴徐建成更多>>
- 相关机构：中国科学院北京基因组研究所温州师范学院生命与环境科学学院中国科学院理论物理研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目浙江省科技厅资助项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 传染性非典型肺炎患者不同病程粪便标本中SARS-CoV的分离与鉴定
- 2004年
- 目的:从粪便标本中分离并鉴定SARS-CoV. 方法:粪便浸出液接种Vero-E6细胞,盲传至出现明显的细胞病变效应(CPE),并能稳定传代.采用电镜法和RT- PCR技术鉴定细胞培养物中的SARS-CoV(本实验均在BSL-3实验室完成). 结果:大部分样本用Vero-E6细胞盲传3代后发现明显的CPE,并能稳定传代.电镜负染检查,出现CPE的细胞可查见病毒颗粒;培养物上清RT-PCR扩增均为阳性.粪便样本直接用RT-PCR检测,阳性率仅为50%,细胞培养的检出率为73%. 结论:采用细胞培养结合RT-PCR技术检测粪便标本SARS- CoV比粪便标本直接RT-PCR的阳性率高.
- 田薇邓亚军吴清发王绪敏杨玲张峰刘晨辉包其郁汪建杨焕明刘明旭
- 关键词：传染性非典型肺炎粪便标本SARS-COV
- 水稻和拟南芥NBS-LRR基因家族同义密码子使用偏好的比较被引量：28
- 2005年
- 应用软件CodonW ,对全基因组进行分析,鉴定出水稻和拟南芥NBS -LRR基因家族的最优密码子分别为2 5和16种。NBS- LRR基因家族与其全基因组的最优密码子一致,但两个物种间彼此完全不一致,密码子使用上发生偏向的程度也不尽相同,说明NBS- LRR基因家族的密码子使用偏好受物种自身的影响很大。同时,同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。水稻以G或C结尾的密码子发生强烈偏向使用,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G +C含量明显高于第二位的G +C的含量。最适密码子使用频率Fop (frequencyofoptimumcodons )与基因的G +C含量、第三位密码子的G +C百分含量GC3S以及物种特定的密码子适合性因子CAI均极显著相关。
- 张晓峰薛庆中
- 关键词：水稻拟南芥密码子用法
- 两种家猪心脏组织基因表达谱的分析被引量：4
- 2004年
- 选取丹麦成年长白母猪的心脏、肌肉、主动脉、左心室和中国成年二花脸母猪心脏共 5种组织 ,建立相应的cDNA文库 ,在此基础上测定了 35 180条表达序列标签。通过比较分析长白猪 4种组织的基因表达 ,找出了长白猪心脏组织中 3个显著高表达的功能群和 4 7个显著高表达的基因。长白猪心脏组织在分子伴侣活动、马达活动和生理过程中表达的基因较多 ,4 7个显著高表达的基因都是和运动、运动调节、能量及保护有关的基因。两种家猪心脏组织表达差异显著的基因有 74个 ,并且绝大部分是在长白猪心脏中表达更高 ,显示出长白猪心脏组织生理活动的高效与旺盛。
- 曾燕舞傅衍张兵苏志熙张晓峰胡松年
- 关键词：表达序列标签表达谱家猪心脏肌肉
- 家蚕基因组的snoRNA(Box C／D)的生物信息学分析与研究
- 真核生物中snoRNA大致可分为Box C／D和BoxH／ACA两大类,分别指导rRNA前体的甲基化和假尿苷酸化修饰。本文采用生物信息学的方法,对家蚕基因组中的Box C／D snoRNA进行预测和分析,共获到了70个s...
- 余东亮汪旭升徐飞傅衍
- 关键词：家蚕甲基化非编码RNA
- 文献传递
- SARS冠状病毒CT基因型发现及相关特征被引量：2
- 2003年
- 目的 研究SARS冠状病毒基因型及相关特征。方法 对杭州市首例SARS病人分离的SARS冠状病毒ZJ0 1株进行全基因组测序 ,并在GenBank数据库登录。记录号 :AY2 970 2 8,版本号 :gi:3 0 910 85 9。整个全基因组由 2 9715bp组成。使用GenBank数据库中最新登陆的SARS病毒的基因组进行序列比对、突变点分析和多态性分析、特殊片段的系统进化分析。结果 发现在ZJ0 1株的 93 91、 175 5 5、2 1712、 2 2 2 13和 2 7819位点 ,分别是T、T、G、T和T核苷酸碱基 ,和GenBank数据库中的其他SARS冠状病毒株比较 ,除第 1、 2、 4和 5突变位点 (C :G :C :C/T :T :T :T)之外 ,发现在 2 1712位点 (第 3个 )A/G突变也参于这一遗传标识。因此我们提出 5个突位点将 17株病毒分为两种基因型的新概念 ,即C :G :A :C :C与T :T :G :T :T两型 ,简称C型和T型。ZJ0 1病毒株属于T基因型 ,在中国大陆内地是首次发现和发表。突起蛋白基因片断的进化树分析 ,广州的GZ0 1C基因型株进化距离和其他病毒株相差甚远 ;比较而言 ,和C基因型BJ0 1、CUHK W1病毒株较为接近 ,其次是T基因型的F1和F2组。 5个突变位点 (C :G :A :C :C/T :T :G :T :T)的两个发生在编码突起蛋白 (S)的基因中 ,分别是A/G和C/T突变 ,由此引起的突起蛋白 (S)氨基酸变化是Asp/
- 李兰娟王志刚卢亦愚程苏云吴南屏翁景清张严峻严菊英梅玲玲王晓萌朱函坪李敏红姚军陆群英姚苹苹史雯汤鋆葛琼龚黎明沃健尔包其郁余迎朴俞鸿王建斌庄树林张兵张晓峰苏志熙曾燕舞彭春龙蒋琰陈欢李金宏
- 关键词：冠状病毒严重急性呼吸综合症传染性非典型肺炎CT基因型
- 藻类基因组研究进展与EST技术的应用
- 2007年
- 方永军范晓蕾王广策胡松年
- 关键词：藻类基因组先锋植物土壤表面光合作用
- 寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究被引量：2
- 2005年
- 在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4～5倍。
- 孙奕钢高雷张忠华薛庆中
- 关键词：编码区水稻
- 基于离散Hopfield网络求解极大独立集的茎区选择算法以及在RNA二级结构预测中的应用被引量：11
- 2008年
- 提出了一种利用离散Hopfield网络求解图论极大独立集的启发式算法,并将其应用于RNA二级结构的茎区选择和预测当中.算法通过映射RNA序列的茎区为无向图中的节点,将预测RNA二级结构的问题转化为求解图的极大独立集的问题.定义了合理的能量变化函数,利用离散Hopfield网络进行迭代,以获得能量最优的预测结构.文中将算法与传统的最大匹配数算法以及最小自由能算法在运行时间上进行比较,并且选择特定的序列在茎区和碱基对水平上进行精度测试,结果证明该算法在效率和精度上具有一定的优势.算法的时间复杂性为max{O(n2),O(N2)},空间复杂度为O(N2),其中n为RNA序列长度,N为RNA的茎区段个数.
- 刘琦张引叶修梓俞荣栋
- 关键词：极大独立集离散HOPFIELD神经网络茎区
- 第二代小RNA测序技术挖掘蜜蜂microRNA
- microRNAs（miRNA）在转录后水平调控基因表达,从而在许多生理和病理过程中起重要作用。蜜蜂是社会性物种研究的一个关键模型,理论上讲,其复杂的社会行为可以用基因表达的改变来解释,而miRNA很可能参与其中。我们用...
- 陈璇俞晓敏蔡亦梅郑火青余东亮胡松年胡福良
- 关键词：MICRORNAS蜜蜂靶基因
- 文献传递
- 基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法被引量：1
- 2007年
- 针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法,提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法,利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA-phe、PSTV、poliovirusmutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析,表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量,同样取得了不错的效果.
- 刘琦张引叶修梓俞荣栋
- 关键词：RNA二级结构相似度奇异值分解特征提取
