中国科学院国家基因研究中心
- 作品数：39 被引量：202H指数：10
- 相关作者：巫永睿周波赵文会张显亮陈泽华更多>>
- 相关机构：上海师范大学数理学院中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：上海市教育委员会重点学科基金国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生文化科学更多>>
- 用于目标序列染色体定位的镜鲤BAC-FISH体系构建被引量：1
- 2013年
- 为了构建用于镜鲤(Cyprinus carpio var.specularis)特定基因组序列染色体定位的实验体系,在细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库筛选池中对已知短序列基因组片段进行PCR扩增,筛选出包含目标序列的BAC克隆,提取BAC质粒进行缺刻平移标记制备探针,开展荧光原位杂交(Fluorescencein situ hybridization,FISH)实验。通过对染色体片前处理、BAC质粒探针制备、C0t-1 DNA封闭基因组重复序列、预杂交、荧光染料选择、信号放大等一系列实验条件和方法的探索优化,成功实现了目标序列在镜鲤有丝分裂中期染色体上的定位。定位对象既包括在染色体上有单一位点的序列,如斑马鱼微卫星标记Z6884和Z4268,也包括在染色体上有多个位点的重复序列,如黄河鲤性别相关标记CCmf1。来自斑马鱼同一条染色体上的两个微卫星标记被分别定位于镜鲤不同染色体上,为鲤鱼染色体数目加倍的进化假设提供了一项直接实验证据,同时将现有遗传连锁图谱与染色体对应起来,可作为染色体识别和细胞遗传学图谱构建的依据。黄河鲤性别相关重复序列被定位于不少于四条染色体上,为性别决定相关基因的筛查提供了研究线索。这一BAC-FISH实验体系将成为鲤细胞遗传学图谱构建、基因组进化和比较基因组学研究中的重要研究工具。
- 邓海霞赵紫霞徐鹏李艳王书孙效文
- 关键词：镜鲤细菌人工染色体荧光原位杂交染色体定位
- P-选择素基因单核苷酸多态性与IgA肾病的相关性被引量：16
- 2006年
- 目的研究P-选择素基因变异与原发性IgA肾病的相关性。方法在用直接测序法广泛筛查P-选择素基因全部编码区、部分调控区和外显子-内含子连接区并发现16个单核苷酸多态性(SNP)的基础上,挑选9个中高频SNPs(频率>5％)。选上海瑞金医院肾科收治的汉族原发性IgA肾病患者210例及健康对照者103例,用PCR产物直接测序法进行基因分型,对IgA肾病进行病例-对照相关分析。结果(1)IgA肾病者AA基因型频率(78．1％)明显高于健康对照者(65．1％,P =0．0136),AG+GG基因型频率(21．9％)明显低于健康对照者(34．9％,P=0．0136);IgA肾病者等位基因A频率(88．6％)明显高于健康对照者(81．6％,P=0．0165),等位基因G频率(11．4％)明显低于健康对照者(18．4％,P=0．0165)。危险度相关分析,AG+GG基因型使IgA肾病发病危险性下降为52．2％(OR=0．522,95％CI为0．311～0．875)。(2)96例IgA肾病者外周血P-选择素水平为(26．8±9．1)μg／L,显著高于健康对照者[(19．6±4．5)μg／L,P<0．01],-825A／G多态性AA基因型者的P-选择素水平[(28．1±9．0)μg／L]显著高于AG+GG基因型[(23．4±8．5)μg／L,P<0．05]。结论P-选择素基因启动子区-825A／G与IgA肾病易感性及患者肾功能显著相关,揭示了P-选择素基因在IgA肾病中的致病作用。
- 王朝晖王伟铭周同陈晓农潘晓霞朱杰陆颖韩斌陈楠
- 关键词：IGA肾病易感基因P选择素
- DNA操作技术领域里的两种新工具酶
- 1997年
- ＤＮＡ操作技术领域里的两种新工具酶张显亮（中国科学院国家基因研究中心，上海２００２３３）关键词Ⅰ－内切酶超多位点内切酶（ｈｙｐｅｒｆｒｅｑｕｅｎｔｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ）序列专一的ＤＮＡ双链内切酶是ＤＮＡ重组领域必不可少的工具之一。应用最普遍的是来...
- 张显亮
- 关键词：工具酶
- 水稻基因组重叠群──1998年1月向全球公开重叠群的细节被引量：6
- 1998年
- 1997年10月中国科学院国家基因研究中心发表了覆盖率约达92％的水稻基因组（4．3亿核苷酸，12条染色体）第一代BAC指纹物理图。物理图是由重叠群（contigs）构成的。本文极简要地叙述了重叠群的特点、重叠群在寻找基因和大规模基因组DNA测序中的应用、重叠群在染色体上的定位以及向全球公开重叠群的细节等问题。
- 洪国藩
- 关键词：水稻基因组重叠群物理图
- 从知识创新工程所想到的被引量：5
- 1999年
- 洪国藩
- 关键词：知识创新工程
- 菌落PCR在大规模基因组测序中的应用被引量：32
- 2002年
- 一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆库构建时由连接转化过程中导致的假阳性起筛选和鉴定作用 .采用该法成功测定了籼稻 (Oryzasativaindica)广陆矮 4号的L3173号BACDNA全长序列 (约 10 0kb) ,GenBank登录号 :AL5 12 5 42 .
- 唐晔盛李英朱静洁胡欣林志新韩斌洪国藩
- 关键词：菌落PCR水稻基因组测序
- 拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析被引量：1
- 2004年
- 利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重复序列。拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的27480条编码序列中，只有677条编码序列含有。725个简单重复序列，其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻(Dryza saaiva L.)第4号染色体的高度保守的基因中，简单重复序列却并不保守。通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异，推论出：水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大，这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一，水稻基因组中0．21％来自简单重复序列，而拟南芥中只有0．13％；不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同，而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同。在水稻和拟南芥中都发现了一些嵌套性的卫星序列。
- 李璨韩斌
- 关键词：拟南芥水稻简单重复序列基因组
- 发根DNA检测Alport综合征COL4A5基因突变被引量：3
- 2005年
- 目的:通过发根DNA提取分析Alport综合征(Alportsyndrome,AS)一家系中COL4A5基因突变,试图通过该方法简化AS家系的收集工作和推广COL4A5基因检测。方法:通过PCR和直接测序的方法,对先证者外周血DNACOL4A5基因所有51个外显子及其相邻内含子的DNA序列进行检测。发现突变位点后,提取6份该家系成员发根部DNA进行该突变位点检测。结果:①成功地从发根部提取DNA,进行了PCR和直接测序。②在COL4A5基因第50号外显子4944位点发现一错义突变,碱基G被T取代,导致其编码1648位氨基酸由色氨酸变为半胱氨酸(4944G>TW1648C),男性患者为纯合突变,女性患者为杂合突变,正常家系成员和92例对照中均未发现此位点异常,说明W1648C为引起该家系临床病变的突变位点,并非多态性位点。在性连锁Alport综合征中,COL4A5基因此突变位点为首次报道。结论:通过毛发收集、DNA提取,可使家系收集工作更为简便易行,可帮助未开展基因检测的地区进行基因诊断。本研究通过发根DNA提取检测Alport综合征一家系中新的COL4A5基因突变,遗传方式符合性连锁显性遗传。
- 周伟陈楠潘晓霞张文王朝晖陈晓农巫永睿陆颖陈珉
- 关键词：ALPORT综合征COL4A5基因基因突变遗传性肾炎
- 含多个重复序列的小麦VER2基因启动子驱动基因转录受春化作用调控被引量：1
- 2004年
- 为了进一步了解VER2基因的表达模式及其启动子的功能,从小麦可转化的人工染色体基因组文库中获得41.7 kb含VER2基因的TAC克隆,序列分析显示,其含有11个推测基因,其中第3个基因的外显子完全与VER2基因的cDNA序列同源.VER2基因的启动子存在3个小的重复序列,被另外2个大重复序列所分割.对上游启动子区的响应元件分析结果表明,其包含ABA响应元件(ABRE)、茉莉酸甲酯响应元件(Me-JARE)、低温响应元件(LTR)、胚乳特异性表达元件以及参与淀粉酶合成的元件和类似GA响应元件等.利用基因枪的方法,将VER2启动子(-5895-+73)驱动GFP报告基因的瞬间表达载体转入经春化处理或未春化处理的小麦幼叶中,结果发现,GFP在春化处理的幼叶中表达,而在未春化处理的幼叶中不表达,说明春化作用是VER2启动子在冬小麦幼叶中驱动基因转录所必需的.
- 徐文忠王昕冯旗张垒刘耀光韩斌种康许智宏谭克辉
- 关键词：小麦春化作用基因启动子GFP
- IgA肾病候选基因单核苷酸多态性的搜寻和确定被引量：11
- 2006年
- 目的通过搜寻IgA肾病(IgAN)候选的megsin和P选择素基因单核苷酸多态性 (SNPs)并分析其特点,为进行IgAN病例-对照相关研究提供重要资料。方法采用PCR产物直接测序法,对中国汉族人24份标本(12例IgAN,12例正常对照者)两个候选基因中所有启动子区、编码区及其部分调控区和外显子-内含子连接区域13 591 bp进行检测,开展SNPs筛查。结果经过对测序结果统计分析,共发现SNPs 27个,其中SERPINB7基因11个,SELP基因16 个;平均分布密度为503 bp／SNP。在我们发现的27个SNPs中,共有10个SNPs在GenBank中尚未报道过,占27个SNPs的37％。结论本检测为进一步行IgAN病例-对照相关研究及建立中国人群基因序列变异的自主知识产权提供了有用信息。
- 王朝晖陈楠王伟铭潘晓霞陈晓农张文陆颖韩斌
- 关键词：疾病遗传易感性P选择素MEGSIN
