中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室
- 作品数：17 被引量：105H指数：5
- 相关作者：康斌刘雷更多>>
- 相关机构：上海交通大学生命科学技术学院华中科技大学生命科学与技术学院中英 HUST-RRes 基因工程和基因组学联合实验室湖北第二师范学院计算机学院计算机科学与工程系更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 外界刺激作用在苍白球内侧部对失神癫痫的控制机制
- 2018年
- 本文,我们建立了一个苍白球内侧部-皮层-丘脑平均场网络模型,把外界刺激电压作用在苍白球内侧部研究了失神癫痫的控制机制.研究表明,通过合适地调节电压的强度,癫痫发作可以得到有效的控制.这种调节是通过三条耦合路径之间的相互竞争实现的.我们还从模型本身出发很好地解释了这种控制原理.用到的数据都来自于临床实验数据,因此,由本文得到的结果可以推断大脑苍白球内侧部有可能成为未来深度脑刺激治疗癫痫疾病的目标区域.
- 胡兵郭宇邹晓强董静余敏潘龙
- 关键词：失神发作苍白球内侧部
- 网络标志物和动态网络标志物被引量：1
- 2018年
- 网络标志物或网络生物标志物:分子浓度或表达量一般随时间和条件变化,因此传统的分子生物标志物(molecular biomarker)不能稳定地表征生物状态(如正常状态或疾病状态),而分子网络(如调控网络或相互作用网络)是相对稳定的形态,可稳定地表征生物状态。
- 陈洛南
- 关键词：标志物动态网络DNB疾病状态
- 冬凌草甲素处理的Kasumi-1细胞蛋白磷酸化谱分析被引量：1
- 2013年
- 白血病是一种常见恶性肿瘤,是我国重点防治的十大恶性肿瘤之一。冬凌草甲素是一种从草药中萃取的化合物。研究表明,冬凌草甲素能够诱导肿瘤细胞凋亡,但人们对其抗癌作用的潜在分子机制还知之甚少。作者系统分析了经冬凌草甲素处理的人白血病Kasumi-1细胞的蛋白磷酸化水平变化特征,构建了蛋白位点之间磷酸化水平变化的相关性网络。不同于基因调控网络,磷酸化水平变化相关性网络呈现带状结构。网络结构显示了蛋白磷酸化信号的级联放大传递作用,以及冬凌草甲素对蛋白磷酸化水平影响的多向性。受冬凌草甲素影响而发生磷酸化水平变化的蛋白,显著富集在与控制细胞增殖、激酶结合功能、癌症相关的重要通路中。分析结果显示了冬凌草甲素影响下的蛋白磷酸化水平变化特征及其重要作用。
- 屯亮亮李贞孙红李亦学
- 关键词：冬凌草甲素蛋白磷酸化信号转导
- 药物代谢酶P450的计算生物学研究
- 细胞色素酶 P450是一种非常重要的药物代谢酶,代谢降解大约百分之四十到五十的药物分子,并且显示了基因多态性。本文通过现在分子模拟技术,模拟了 CYP2C9,CYP2C19和 CYP2D6与药物分子的相互作用,发现了这三...
- 王靖方魏冬青
- 关键词：药物代谢酶计算生物学分子模拟分子对接
- 文献传递
- 细胞色素酶2D6的分子对接以及分子动力学研究被引量：2
- 2010年
- 细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用.并且发现,细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216,Asp301,Ser304和Ala305在其与药物分子的相互作用中有着重要的作用.它们可以形成一个或者多个氢键来固定药物分子.同时其活性位点中的Phe120可以通过形成一定的Π-Π相互作用来识别和固定药物分子.这些发现有助于进一步了解细胞色素酶2D6的结构特征,特别是其活性位点附近的结构特征,理解细胞色素酶2D6代谢药物的机理.同时,由于细胞色素酶2D6存在着单核苷酸多肽性,所得到的结果可以为个性化医疗提供一定的理论基础.
- 王靖方张成城魏冬青
- 关键词：细胞色素酶分子对接分子动力学模拟个性化医疗
- Toll样受体4信号途径对肝星状细胞基因表达网络的调节作用
- 目的研究Toll样受体4(TLR4)信号途径对肝星状细胞(HSC)基因表达网络的影响。方法采用高通量全基因组mRNA表达谱芯片的方法,检测野生型(JS1)和TLR4基因敲除型(JS2)小鼠肝星状细胞株在基础及TLR4外源...
- 欧阳阳阳林成招林婕张哲曹忆嵘张原青陈洛南郭津生
- 反义长链非编码RNA PCNA-AS1通过调控增殖细胞核抗原促进肝癌细胞生长
- 袁声贤陶其飞王杰杨富杨森孙树汉周伟平
- 预测和分析血吸虫含有EF-hand结构域的表膜蛋白的功能被引量：7
- 2007年
- 血吸虫病仍然是严重危害人类健康的重要寄生虫疾病之一.在血吸虫中发现一类特殊的表膜蛋白,它们含有EF-hand结构域,但是对它们功能的了解除了可以作为抗原之外几乎一无所知.蛋白-蛋白相互作用、位点特异性变异和糖基化位点修饰等insilico分析的结果表明,这类表膜蛋白不仅可以与具有免疫调节功能的宿主蛋白进行相互作用来帮助血吸虫主动调节宿主的免疫反应,还可以通过位点特异性变异、糖基化修饰自身那些可以被宿主免疫攻击所识别的位点,以帮助血吸虫被动调节宿主免疫攻击.此外,对表膜蛋白C端区域的分析表明,这些蛋白还可以协助血吸虫抑制宿主多核细胞的细胞趋化和宿主的IgG4免疫反应来调节和逃避宿主的免疫攻击.总之,分析结果暗示,这些表膜蛋白可以协助血吸虫在宿主-寄生虫相互作用过程中调节和逃避宿主的免疫攻击,起到自我保护的作用.
- 于复东康斌李园园李亦学
- 关键词：血吸虫生物信息学分析
- HotDataSpider,一个生物医学文献热点数据自动化抽取工具被引量：1
- 2010年
- 学术期刊中的附加数据是进行数据分析和文本挖掘的重要依据,具有的分散性、多样性和时效性的特点,难以管理和维护,文章将这类数据称HotData。HotDataSpider以生物医学类文献为研究对象,对生物信息学领域15本国际权威期刊提供的附加数据进行分析,实现了自动抽取、转换,最终将整理好的数据集批量导入到上海生物信息技术研究中心提供的HotData主题数据库中。
- 许庆炜郭坚
- 关键词：ETL生物医学
- miRNA与肿瘤细胞耐药的关系被引量：5
- 2009年
- 化学药物治疗(简称化疗)是目前治疗恶性肿瘤的主要手段之一,但化学治疗同时受到原发性耐药和获得性耐药的制约.细胞学上的耐药机制包括药物外排泵,如P-糖蛋白和多药耐药相关蛋白的过表达、药物靶点的突变、细胞修复系统的增强及细胞凋亡的减弱等.这些途径中的关键基因在遗传学水平及表观遗传水平的变异可以导致肿瘤细胞耐药现象的发生.其中,miRNA是这些关键基因的调节方式之一.miRNA参与生命过程中一系列的重要过程,包括动物的生长发育、组织分化和疾病的发生发展等,也参与调节肿瘤细胞对化疗药物的敏感性.本文简要综述了miRNA与肿瘤细胞耐药性的相关进展.
- 武雪梅肖华胜
- 关键词：肿瘤耐药MIRNA
