宋庆浩
- 作品数：5 被引量：2H指数：1
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生更多>>
- 古菌脂质的前处理方法比较及超高效液相色谱-高分辨质谱分析被引量：2
- 2020年
- 古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性。该文基于超高效液相色谱-高分辨质谱联用(ultra-performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry,UPLC-HRMS)技术,以嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii为模式生物,采用Bligh-Dyer加酸法、Folch法、甲基叔丁基醚(methyl tert-butyl ether,MTBE)法及固相萃取(SPE)法提取脂质成分,从提取效率、重复性、歧视性等角度进行方法评价,并最终确定SPE法和MTBE法的提取重复性和提取效率最好,适合高通量古菌全脂质提取。利用SPE提取、高分辨质谱分析对P.yayanosii的常规脂质进行了全面分析,共鉴定到了1402种脂质。本研究旨在为古菌和其他极端微生物的非靶向脂质组学分析和脂质代谢研究提供方法参考。
- 王小雪何祉安李欣宋庆浩宋庆浩宋雪瑶冯蕾
- 关键词：质谱裂解规律古菌
- 一种用于嗜热微生物遗传操作的诱导型毒素-抗毒素元件
- 本发明公开了一种用于嗜热微生物遗传操作的诱导型毒素‑抗毒素元件；所述元件携带有诱导型启动子、热稳定的毒素基因和抗毒素基因；所述制备方法包括构建正向选择标记和诱导型毒素‑抗毒素反向选择标记；该原件可在嗜热微生物中进行遗传操...
- 徐俊宋庆浩
- 文献传递
- 一种用于嗜热微生物遗传操作的诱导型毒素-抗毒素元件
- 本发明公开了一种用于嗜热微生物遗传操作的诱导型毒素‑抗毒素元件；所述元件携带有诱导型启动子、热稳定的毒素基因和抗毒素基因；所述制备方法包括构建正向选择标记和诱导型毒素‑抗毒素反向选择标记；该原件可在嗜热微生物中进行遗传操...
- 徐俊宋庆浩
- 文献传递
- 超嗜热古菌整合性遗传元件的研究进展
- 2017年
- 细菌中整合性遗传元件与DNA修饰和防御、毒力因子传播以及次级代谢等生理功能存在关联,而相关研究在超嗜热古菌中尚处于起步阶段。本文综述了超嗜热古菌中整合性病毒、质粒及基因组岛等整合性遗传元件的分类、整合及维持机制。展示了整合性遗传元件参与的水平基因转移过程在超嗜热古菌基因组演化中扮演的重要角色。整合性遗传元件相关功能基因组学研究为理解超嗜热古菌的多样性及其环境适应性机制提供了新的视角。
- 李臻宋庆浩徐俊
- 关键词：超嗜热古菌基因组进化环境适应
- 基于内源Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统构建超嗜热火球菌Pyrococcus yayanosii A1的基因敲降系统
- 2021年
- 【目的】亚氏火球菌(Pyrococcus yayanosii)A1菌株的最适生长温度为98℃,最适生长压力为5.2×10^(4) Pa,是研究此类严格厌氧、超嗜热和兼性嗜压古菌的环境适应性机制的良好材料。本研究基于P.yayanosii A1基因组中Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统,旨在建立可应用于此类古菌的基因表达敲降系统(gene knock-down system)。【方法】人工构建的mini-CRISPR簇,由内源性CRISPR簇Group 1的重复序列(repeats)和待敲降的淀粉酶基因(PYCH_13690)中的原间隔序列(protospacer)组成。将该mini-CRISPR簇插入到具有辛伐他汀抗性的穿梭载体pLMOShhp中,使之转录与目的基因mRNA匹配的crRNA,引导Cmr复合物对其进行切割。【结果】使用高静水压(HHP)诱导型启动子Phhp诱导mini-CRISPR簇表达时,淀粉酶基因的mRNA数量在5.2×10^(4) Pa静水压时下调到原来的67.05%,在1.0×10^(2) Pa静水压时下调为原来的49.69%;而使用组成型启动子Phmtb诱导mini-CRISPR簇表达时,淀粉酶基因的mRNA数量在5.2×10^(4) Pa静水压时下调为原来的58.48%,在1.0×10^(2) Pa静水压时下调为原来的23.97%。使用鲁戈氏碘液显色法对这两类基因表达敲降突变菌株的培养物中残留的淀粉含量进行分析,结果显示突变菌株的淀粉降解能力明显降低。【结论】在P.yayanosii A1中建立了基于内源Ⅲ-B型CRISPR-Cas系统的基因敲降系统,可以用于抑制此类超嗜热嗜压古菌体内基因的表达。
- 陈柔珂吕永新张欢欢宋庆浩宋庆浩
- 关键词：超嗜热古菌PYROCOCCUS
