曹欣
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：暨南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 超高精度大规模测序mapping算法FANSe在非模式生物中的应用被引量：2
- 2017年
- 大规模测序技术以其高通量、低成本的优势在生物学中得到广泛的应用.但对于基因组尚未被准确测定的非模式生物,传统算法受制于较低的精度、稳健性和容错性,难以有效应对.FANSe系列算法作为目前精度最高、容错性最好的大规模测序快速比对算法,解决了非模式生物二代测序应用所面临的参考库不准确问题,可为非模式生物的基因组、转录组、蛋白质组研究提供准确的结果.本文总结了目前基于FANSe的多种分析方案在非模式动物、植物、微生物以及复杂的共生体系中的应用,为非模式生物的研究提供参考.
- 曹欣张弓
- 非模式细菌功能基因组获取策略比较被引量：1
- 2017年
- 高通量测序技术的发展以及成本的降低使得细菌基因组测序成为研究细菌的标准流程。但细菌基因组变异度大,近缘基因组修正以及基因组从头拼接各有利弊,如何准确获得更多的有效功能基因尚无系统性的研究。本研究对真实环境中分离的一株短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)进行基因组测序,使用近缘基因组修正、基因组从头拼接、修正完剩下的reads再拼接(修正+拼接)这3种策略进行对比拼接,评价各策略的效能:近缘基因组修正获得原有标准基因组中已有的基因更准确;基因组从头拼接能获得大部分有效基因,但会引入大量的假阳性;修正+拼接策略可兼顾二者,但引入的假阳性也是最多的。分析还发现,注释到门以下的拼接结果可靠性高,有效减少拼接引入的假阳性。本研究为环境微生物研究提供策略指导,将促进环境微生物功能基因组的研究。
- 曹欣刘婉婷张弓
- 关键词：基因组测序
