雷有菊
- 作品数：8 被引量：18H指数：2
- 供职机构：青海省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 青藏高原地区Arctic-like狂犬病病毒的分子流行病学研究被引量：1
- 2018年
- 目的为了解青海地区狂犬病病毒在人和不同动物中的流行趋势和变异特点。方法在2012至2016年间,我们从青海不同地区收集194个组织样本,用直接荧光抗体(DFA)进行检测。获得的阳性标本在进行核酸扩增和序列测序分析。结果从194个标本中获得了38个直接荧光抗体(DFA)阳性标本,从38个阳性标本中获得了8个狂犬病病毒全基因组序列,比较这8个完整核苷酸序列,并与CQH2012D(KM27 2192.1)和来自西藏的2012年的CXZ1201D犬(KC46352)株进行同源性分析,发现他们与2个核苷酸序列之间的相似性在95%和100%之间。对8个G基因和N基因核苷酸序列和从中国和世界的代表株的进化分析,结果表明我们得到的狂犬病病毒核苷酸全序列属于Arctic-like2组,是ChinaⅣ基因型,从38个DFA阳性标本的地区分布分析表明,阳性标本的发生率在青海地区有从西向东逐渐减少的趋势。结论青海流行的狂犬病以Arctic-like2为主,并随动物迁徙有由西向东扩展的趋势,流行病学数据提示人和家养动物狂犬病的传播途径是感染了狂犬病的犬或狼咬伤而发病。
- 田登刘桂香石燕姜双应赵生仓徐莉莉张华一雷有菊旦措尕沙罗志明
- 关键词：分子流行病学
- MERS-CoV棘突蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
- 2017年
- 目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位。结论生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础。
- 于娟李红卢囡囡饶华祥雷有菊姜双应赵生仓
- 关键词：SPIKE蛋白生物信息学
- 流感高发季节150例流感病毒核酸阴性的流感样病例鼻咽分泌物呼吸道病毒检测分析被引量：7
- 2018年
- 目的分析流感高发季节150例流感病毒核酸阴性的流感样病例(ILI)鼻咽分泌物呼吸道病毒的病毒病原谱。方法 150例ILI患者,流感病毒核酸检测均呈阴性,留取鼻咽分泌物标本,采用荧光定量PCR法检测鼻咽分泌物呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒等多种呼吸道病毒。结果 150例标本中,病毒阳性检出率29.33%(44/150)。44例中呼吸道合胞病毒22例(14.67%),其中A型3例(2.00%)、B型19例(12.67%);腺病毒9例(6.00%);鼻病毒5例(3.33%);冠状病毒5例(3.33%),其中COV-229E 1例(0.67%)、COV-NL63 1例(0.67%)、COV-OC43 3例(2.00%);混合感染3例(2.00%),分别为呼吸道合胞病毒B型合并COV-OC43、腺病毒和鼻病毒。病原谱构成分析显示,呼吸道合胞病毒A型占总体阳性标本的6.81%,B型占43.18%,腺病毒占20.45%,鼻病毒占11.36%,冠状病毒占11.36%,混合感染占6.81%。44份病毒阳性标本中,男、女性病毒阳性检出率分别为32.10%(26/81)、26.09%(18/69),二者比较,P>0.05。≤4岁、4~18岁、19~59岁、≥60岁者病毒阳性检出率分别为41.07%(23/56)、36.37%(8/22)、16.98%(9/53)、21.05%(4/19),组间比较,P均<0.05。≤4岁者多发呼吸道合胞病毒、腺病毒和鼻病毒感染,≥60岁者未检测到鼻病毒感染。结论流感高发季节血清流感病毒核酸阴性的ILI患者存在呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒和冠状病毒等病毒感染。≤4岁ILI者多发呼吸道合胞病毒、腺病毒和鼻病毒感染。
- 于娟李红饶华祥卢囡囡雷有菊赵生仓
- 关键词：流感样病例呼吸道病毒呼吸道合胞病毒腺病毒
- H9N2禽流感病毒血凝素蛋白的主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析被引量：9
- 2018年
- 目的应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数并推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白氨基酸序列分别有90和75个变异位点,其中有38个突变位点与氨基酸置换均相同,有14个突变位点相同但氨基酸置换不同。人源和禽源毒株中还各有38和23个特异性突变位点。HA蛋白存在多个糖基化、酰胺化及磷酸化等翻译后修饰位点。除了蛋白激酶C磷酸化位点外,其他类型的翻译后修饰位点在人源和禽源毒株中均有一些变化。经综合各种单参数,HA蛋白均为亲水性蛋白。人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白含有4个B细胞表位,8个CTL细胞表位和6个Th细胞表位,以人源和禽源的B细胞和Th细胞表位差异较大,而CTL细胞表位有部分序列相同。结论人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列有一定差异,其B/T细胞抗原表位的不同,可为H9N2禽流感病毒疫苗的研制提参考。
- 于娟李红饶华祥卢囡囡雷有菊赵生仓
- 关键词：生物信息学
- 青海省狂犬病再发和宿主动物监测
- 目的:青海省自70年代开始无本地人狂犬病病例报告,2012年12月和2013年1月,连续报告2例人狂犬病病例。为及时掌握狂犬病流行现状,有效控制狂犬病流行,我们建立监测系统,了解宿主动物带毒情况,并进行病毒溯源。方法:在...
- 徐莉立石燕饶华祥张华一雷有菊刘桂香赵生仓
- 文献传递
- 青海省狂犬病再发和宿主动物监测
- 目的：青海省自70年代开始无本地人狂犬病病例报告,2012年12月和2013年1月,连续报告2例人狂犬病病例。为及时掌握狂犬病流行现状,有效控制狂犬病流行,我们建立监测系统,了解宿主动物带毒情况,并进行病毒溯源。方法：在...
- 徐莉立石燕饶华祥张华一雷有菊刘桂香赵生仓
- 人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
- 2018年
- 目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位。结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础。
- 于娟李红饶华祥卢囡囡雷有菊赵生仓
- 关键词：生物信息学
- 青海省1例外省输入性猴痘病毒基因特征分析被引量：1
- 2023年
- 目的基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术,构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法,为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板,利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库,利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接,获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型,构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91,皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列,reads数匹配率为99.99%,测序平均深度12370×,基因组覆盖度为99.4%,序列属于IIb(西非分支)B.1.3型,存在86处核苷酸突变位点,引起41个氨基酸突变。变异分析和系统进化树分析结果显示,与GISAID猴痘病毒数据库中国云南、日本近期提交的共4条猴痘病毒基因组序列在同一分支,与中国云南提交的序列EPI_ISL_18059184(2023-07-03采样)进化关系最近,共享82个核苷酸突变位点,其中云南序列仅存在共享的全部82个突变位点,本研究序列在共享82个核苷酸突变位点的基础上增加2个核苷酸突变位点;与日本提交的序列EPI_ISL_17692269(2023-04-28采样)进化关系较近,共享78个核苷酸突变位点,存在7个核苷酸突变位点差异,日本序列在共享78个突变位点的基础上增加1个核苷酸突变位点(G57786A),本研究序列则增加6个核苷酸突变位点(G13563A、C21062T、G101241A、C142797T、G152866A、T169721A)。结论从一例核酸检测Ct值较低的样本中获得一条全长197084 bp的猴痘病毒全基因组有效序列,成功构建了青海省基于Ampliseq扩增子技术的猴痘病毒全基因组测序、病毒变异和分子�
- 雷有菊赵生仓唐志坚王文玲吴长城李崇亥陆柔剑王晓彤何丽芳阴梦琪
- 关键词：猴痘病毒高通量测序基因特征
