目的研究中国流行的结核分枝杆菌谱系2的遗传结构和地理分布,为制定结核病防控策略提供科学依据。方法采用标准15位点分枝杆菌散在重复单位-数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)技术对来自全国31省市抽样调查的2900株结核分枝杆菌谱系2进行基因分型。基于上述菌株15-VNTR数据,采用贝叶斯聚类法STRUCTURE进行群体遗传结构分析;构建邻接(Neighbor-Joining,NJ)树和最小生成树(Minimum Spanning Trees,MST)进行群体遗传分化分析。运用主成分分析(principal component analysis,PCA)验证。结果STRUCTURE分析显示谱系2可分为4个亚群;MST拓扑结构提示亚群2位于奠基者位置,较古老;其他亚群(亚群1、3、4)位于分枝位置,较现代。亚群2主要分布于西南地区和东北三省;亚群丨,3,4主要分布于我国东中部地区,推测由于人口的迁徙,造成菌株间遗传距离较近,由东北地区向东中部地区传播。主成分分析显示4群菌株分化不明显。结论结核分枝杆菌谱系2可分为4个亚群,各亚群的遗传地理分布不同,上述结果对制定我国精准结核病防控策略将产生积极影响。
目的研究中国流行的结核分枝杆菌谱系2的遗传结构和地理分布,为制定结核病防控策略提供科学依据。方法采用标准15位点分枝杆菌散在重复单位-数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)技术对来自全国31省市抽样调查的2900株结核分枝杆菌谱系2进行基因分型。基于上述菌株15-VNTR数据,采用贝叶斯聚类法STRUCTURE进行群体遗传结构分析;构建邻接(Neighbor-Joining,NJ)树和最小生成树(Minimum Spanning Trees,MST)进行群体遗传分化分析。运用主成分分析(principal component analysis,PCA)验证。结果STRUCTURE分析显示谱系2可分为4个亚群;MST拓扑结构提示亚群2位于奠基者位置,较古老;其他亚群(亚群1、3、4)位于分枝位置,较现代。亚群2主要分布于西南地区和东北三省;亚群1,3,4主要分布于我国东中部地区,推测由于人口的迁徙,造成菌株间遗传距离较近,由东北地区向东中部地区传播。主成分分析显示4群菌株分化不明显。结论结核分枝杆菌谱系2可分为4个亚群,各亚群的遗传地理分布不同,上述结果对制定我国精准结核病防控策略将产生积极影响。
