曹家雪
- 作品数：7 被引量：36H指数：3
- 供职机构：四川农业大学更多>>
- 发文基金：四川省科技支撑计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 深度测序鉴定绵羊microRNA转录组被引量：4
- 2013年
- 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。
- 张世芳魏彩虹陆健张小宁周鑫磊张淑珍王光凯曹家雪赵福平张莉杜立新
- 山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1基因的生物信息学分析被引量：3
- 2012年
- 为进一步研究山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding proteins 1,IGFBP-1)基因的蛋白表达及生理功能,根据已测定出的山羊肝脏组织的IGFBP-1基因全编码区序列,并结合从NCBI获取的19个物种相应序列,利用ExPasy、NetPhos、NetOGlyc、SignalP等生物软件分析IGFBP-1基因CDS区及其氨基酸的理化性质、结构特点。结果显示,山羊IGFBP-1基因的CDS全长编码的多肽含有263个氨基酸残基,理论pI=6.33,分子质量为28.5758ku,非稳定系数为53.15,非球形且定位于细胞外。IGFBF-1起始25个氨基酸残基构成信号肽,成熟肽具有2个疏水区、4个亲水区,无跨膜区;二级结构以无规卷曲为主,α-螺旋和延伸片段很少。预测存在磷酸化(17个)和O-糖基化(8个)两种翻译后修饰,但后者分值较低。山羊IGFBP-1核苷酸、氨基酸序列相似性与绵羊和牛的分别为99%和98%,与其他哺乳动物间的相似性也较高。进一步分析发现,IGFBP-1N-端(26-110)和C-端(204-263)的保守性均在50%以上;信号肽(1-25)和中间连接区(111-203)则变异很大,山羊和绵羊的中间区序列完全一致,但与人的相似性只有9%。除RGD和YF在斑马鱼和鸡中不一致外,其他基序包括新片段(FYLPNC)在物种中高度保守。山羊IGFBP-1是一种稳定性较差、弱亲水性且具有信号肽的分泌蛋白,在物种间高度保守,磷酸化是调控其功能的主要因素。
- 曹家雪董恩妮李利李秋张红平王永邓中宝龚华斌
- 关键词：山羊生物信息学分析
- 环境因素对DNA甲基化的影响被引量：22
- 2013年
- 在哺乳动物中,DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNA-methyl transferase,DNMT)的作用下,以S-腺苷甲硫氨酸提供甲基供体,将其甲基转移到脱氧胞嘧啶环第5位碳原子形成甲基化脱氧胞嘧啶的共价修饰。DNA甲基化改变组蛋白和DNA之间的相互作用,使染色质构象发生改变从而影响基因的表达,总体来说DNA甲基化水平与基因的表达呈负相关。越来越多的报道证实,环境因素可以影响表观遗传修饰,其并没有涉及遗传信息的改变,所以在一定范围内可以解释表型变化。文章围绕环境因素(温度、营养供给、异常化学因子、早期环境刺激和辐射等)对DNA甲基化产生的影响进行综述,这些影响包括亲代和子代DNA甲基化的改变及子代行为和表型变化等方面,以期进一步阐释环境因素与基因互作的关系。
- 曹家雪张红平杜立新
- 关键词：环境因素表型变异DNA甲基化表观遗传
- 绵羊季节性繁殖相关基因TSHR外显子多态性研究被引量：6
- 2016年
- 旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体（Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR）基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步揭示其对TSHR表达调控的影响及表型效应奠定基础。本研究采用直接测序的方法对中国蒙古系2个绵羊品种共172个个体TSHR基因的遗传变异情况进行分析。共发现了6个突变位点,独立性卡方检验发现SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4个多态位点的基因型在两个绵羊群体间的分布存在极显著差异（P〈0.01）,其中SNP5为错义突变,其余为同义突变;对这4个位点进行连锁不平衡分析发现,SNP3和SNP4两个位点完全连锁,其余位点两两之间存在不同程度连锁关系;生物信息学分析发现不同的单倍型使TSHR基因的mRNA二级结构发生改变,SNP5使受体蛋白的二级结构发生改变。结果提示：（1）TSHR基因外显子区存在4个在两个绵羊品种中具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成H1～H6共6种单倍型,其中H1（CGCC）和H4（TTTG）分别在乌珠穆沁羊和湖羊群体中为优势单倍型,这可能与这两种绵羊不同的发情周期有关。（2）外显子区SNP5位点突变影响mRNA和蛋白质二级结构的稳定性,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。
- 轩俊丽马晓萌王慧华曹家雪魏彩虹赵福平马友记张莉杜立新
- 关键词：绵羊季节性繁殖
- 我国四个蒙古系绵羊品种的基因组DNA甲基化比较研究
- 蒙古系绵羊是我国三大地方绵羊系列之一,其分布范围广、生产性能差异大。DNA甲基化是表观遗传学修饰的重要方式之一,在动物生长发育、新陈代谢及性别相关生物学过程中发挥重要作用,然而蒙古系绵羊的DNA甲基化相关研究却鲜有报道。...
- 曹家雪
- 关键词：DNA甲基化体型繁殖性状
- 文献传递
- 一种新型培养皿摇晃装置
- 本实用新型公开了一种新型培养皿摇晃装置，包括工作台、培养皿固定装置和晃动装置，所述工作台用于安装培养皿固定装置以及晃动装置，工作台包括可活动的工作板和空心台体，工作板上设有多个培养皿固定装置；所述工作台顶部设有方形开口，...
- 张潇何威肖苗张红平李利王林杰仲涛郭家中占思远曹家雪代定卉陈媛
- 文献传递
- 一种与山羊腹泻相关的微生物标记及其应用
- 本发明涉及羊抗病遗传育种技术领域，具体涉及与羊腹泻相关的菌群及其应用。本发明通过宏基因组测序技术等相关分子手段，筛选与羔羊腹泻有关的特定肠道微生物，发现与山羊腹泻相关的微生物菌群，这可能作为羔羊腹泻的潜在标记。本发明从肠...
- 仲涛郭紫薇张红平李利王林杰郭家中占思远曹家雪
