胡彩艳
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：青海大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 低氧下K562细胞红系分化模型的构建被引量：1
- 2018年
- 目的通过筛选更优条件,构建不同低氧(1%和3%O_2)下K562细胞红系分化模型,为后期miRNA的检测奠定基础。方法将K562细胞分别置于常氧、低氧(1%和3%O_2)条件下经不同浓度(30和40μM)氯化血红素(hemin)诱导0、48、72、96 h,以不同培养时间下的细胞浓度增长速率判断指数生长期;用联苯胺染色法选择合适的hemin浓度;结合联苯胺染色阳性细胞率、γ-globin的mRNA水平的变化以及CD235a的表达水平的变化判断细胞分化效率; MTS细胞增殖实验检测细胞增殖的情况与流式细胞周期检测结果分析细胞增殖水平的变化;用流式检测细胞凋亡率判断氧浓度对凋亡的影响。结果 (1)不同培养时间的计数结果显示48～72 h间细胞增殖速率最快。(2)联苯胺染色结果提示以40μM的hemin诱导细胞获得的阳性率更高。(3)联苯胺染色结果显示,1%O_2条件下72、96 h即刻细胞的阳性率明显高于常氧(P<0.05);而3%O_2条件下常氧低氧各时间点间无明显差异;γ-globin的检测结果显示,1%O2条件下96 h的表达水平是常氧的2.5倍(P<0.05),而同样时间、3%条件下仅为常氧的1.4倍(P<0.05);流式检测CD235a结果显示,1%O_2条件下,CD235a阳性细胞率表现为48～72 h下降,72～96 h上升的变化趋势,且96 h常氧低氧差异明显(P<0.05); 3%O_2条件下则表现为随时间延长逐步下降的趋势,96 h常氧低氧差异有统计学意义(P<0.05)。(4)结合MTS及细胞周期检测结果发现,不同氧浓度下细胞的增殖水平与常氧组无明显差异(P>0.05)。(5)流式检测细胞凋亡情况显示,1%O_2条件下72、96 h即刻凋亡率略高于常氧,但差异无统计学意义(P>0.05); 3%O_2条件下常氧低氧各时间点凋亡率差异无统计学意义(P>0.05)。结论本实验确立的实验参数,构建了符合试验要求的较为理想的K562红系分化模型(低氧下),为后期miRNA的检测奠定了基础。
- 胡彩艳刘芳付成冰丁谨张慧洁
- 关键词：低氧红系分化
- 红系细胞发育相关miR-196b的靶基因预测及意义
- 2016年
- 目的预测红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,并探讨其作用机制。方法应用miRbase数据库查找多物种已知的miR-196b成熟序列,比对后分析其在多物种间的保守性。应用miRanda、miRDB、Targetscan7.1、PITA和miRWalk数据库对miR-196b的靶基因进行预测,筛选重复率较高的靶基因。应用Cytoscape3.3.0和KEGG对重复率较高的靶基因进行GO分类富集分析和信号通路富集分析。查阅文献,再次筛选与红系细胞发育相关的靶基因,采用Targetscan7.1和RNA22分析其与miR-196b的结合情况。结果 22个物种具有miR-196b成熟序列,序列比对发现miR-196b在多物种间高度保守。靶基因预测结果显示,共得到5 004个miR-196b的靶基因,其中重复率较高的靶基因有302个。GO分类富集分析结果显示,miR-196b靶基因在生物学过程显著富集于发育过程、细胞过程和定位等,在分子功能显著富集于蛋白结合和物质转运等,在细胞组分显著富集于细胞突起和细胞器膜等(P均<0.05)。结合信号通路富集分析结果,筛选出43个与红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,其信号通路富集于Ras信号通路、c AMP信号通路和PI3K-Akt信号通路等(P均<0.05)。结合文献,最终筛选出与红系细胞发育相关的miR-196b靶基因有5个,分别为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2,其中GATA1、Cdkn1b和Cdh1可与miR-196b直接结合。结论红系细胞发育相关miR-196b的靶基因可能为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2;miR-196b可能通过对上述靶基因的直接或间接作用激活相应信号通路,在红系细胞的发育过程中发挥生物学作用。
- 丁谨刘芳胡彩艳施继禹
- 关键词：红系细胞靶基因生物信息学
