孙强 作品数:17 被引量:53 H指数:2 供职机构: 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家科技重大专项 北京市自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 更多>>
一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物、检测试剂盒和应用 本发明提供了一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物、检测试剂盒和应用,属于涉及生物技术领域。一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物,包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的正向引物EVCY17和核苷酸序列如SEQ ID NO:2... 严冬梅 张勇 孙强 杨倩 冀天娇 宋洋 肖金波单纯疱疹病毒1型引起的发热出疹性疾病需要与手足口病进行鉴别 被引量:5 2013年 对2008年在甘肃省发生的一起疑似手足口病(HFMD)的发热出疹性疾病的流行进行病原体的实验室检测,明确引起这起传染病流行的病原体。从4名发热出疹患者采集的8份临床标本中(每个患者采集咽拭子和疱疹液标本),首先将临床标本接种到RD和HEp-2细胞上进行病毒分离,对病毒分离阳性的标本提取病毒核酸,然后使用荧光定量-逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行人肠道病毒(HEV)核酸的检测。对HEV检测结果阴性的标本采用序列非依赖的单引物扩增技术(SISPA)进行"未知病原体"的鉴定。分离到的6株病毒均鉴定为单纯疱疹病毒I型(HSV-1),结合分析这起流行中患者的临床表现、流行病学调查结果以及实验室检测结果,表明HSV-1是引起这起发热出疹性疾病流行的病原体。6株HSV-1的gG区核苷酸和氨基酸水平上差异都较小,同源性分别高达98.8%和97.9%,说明这起疫情是由同一个病毒传播链引起的。HSV-1等病毒引起的发热出疹性疾病需要与HFMD进行鉴别诊断,由于仅从临床症状和流行病学资料上判断引起发热出疹性疾病的病原体是非常困难的,因此,必须依赖于实验室的诊断。 祝双利 刘建锋 孙强 李静 李晓嫘 张勇 陈瑛 温小云 严冬梅 黄国虹 张宝敏 张波 安洪秋 李慧 许文波关键词:发热出疹性疾病 手足口病 单纯疱疹病毒1型 基于RNA-seq技术研究埃可病毒30型感染RD细胞前后的差异表达基因 被引量:1 2022年 埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)是一种全球传播的B组肠道病毒,常与无菌性脑膜炎等疾病暴发有关,分析E30在感染人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞前后的差异表达基因有助于了解该病毒的复制周期以及宿主感染机制。本研究通过转录组测序技术探究E30感染RD细胞前后的基因表达谱变化,共检测到的1281个差异表达基因,其中包括730个下调基因和551个上调基因。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析表明,显著差异表达基因主要参与细胞受体信号通路的调节、炎症反应、免疫细胞活化、调控细胞生命周期等。利用荧光定量PCR(Realtime quantitative PCR,qPCR)对其中9个与炎症和免疫反应相关的差异表达基因进行验证,发现DEAD-box解旋酶3(DEAD-box RNA helicase 3,DDX3)表达上调,这与转录组学分析一致。利用RK-33(DDX3的小分子抑制剂)靶向抑制DDX3的表达,发现RK-33能够抑制E30的复制,并且qPCR结果显示在抑制DDX3的表达后,GTP酶激活蛋白结合蛋白1(GTPase-activating protein-binding protein1,G3BP1)和干扰素调节因子3(Interferon Regulatory Factor 3,IRF3)的表达也出现不同程度地降低。本研究的结果提示DDX3表达可能影响E30复制,这一发现为进一步探索E30在感染宿主过程中的分子机制奠定基础。 李冀琛 张国艳 张珂艺 杨倩 刘志军 孙强 张勇关键词:埃可病毒30型 RNA-SEQ 差异表达基因 一种人肠道病毒A组血清型分型引物及分型方法 本发明涉及一种人肠道病毒A组血清型分型引物及分型方法,所述方法包括使用以下人肠道病毒A组血清型分型引物,EVAY17和EVAZ17,该引物位于人类肠道病毒的VP1核苷酸编码区;本发明进一步包含所述引物的试剂盒。 张勇 孙强 严冬梅 肖金波 祝双利2017-2018重庆市手足口病病原谱及主要病原体基因特征分析 被引量:1 2023年 目的分析2017—2018年重庆地区手足口病病原谱及其主要病原体的基因特征。方法选择重庆市儿童医院作为研究对象,收集并整理该院区2017—2018年1071例诊断为手足口病患者的核酸检测信息,其中810份已明确了肠道病毒血清型,剩余175份血清型待鉴定,另有86份肠道病毒为阴性。通过病毒分离、核酸浓缩及基因测序等方法对上述261份样本进行鉴定,获得该地区手足口病完整的病原谱。使用MEGA 7.0软件构建四种主要病原体的系统进化树,进行基因特征的研究。结果通过改良的鉴定方法,261份标本中,除3份被鉴定为人副肠孤病毒(Human parechovirus,HPeV)外,其余258份样本均为肠道病毒阳性。其中CVA6(coxsackievirus A6)血清型占比最多,其次为EV-A71(enterovirus A71)另有CVA16(coxsackievirus A16)和CVA10(coxsackievirus A10)以及其他肠道病毒共计13种血清型。系统进化结果显示,重庆市CVA6血清型均为D3a基因亚型,EV-A71、CVA10和CVA16的优势基因亚型分别为C4a,C2b和B1b,这四种优势基因型与全国其他地区的基因型共同循环进化。结论本研究通过优化鉴定方法,提高了肠道病毒的检出率,进一步明确了重庆地区手足口病病原谱构成,CVA6是该地区2017—2018年手足口病的主要病原体,其次是EV-A71,同时这两种血清型也是导致重庆地区重症手足口病主要的病原体。 王雯慧 王江峡 许红梅 张勇 孙强 何云 郭琴 王晓艺 路环环 肖金波 赵鹤鹤 韩振志 严冬梅 许文波 冀天娇 张乐关键词:手足口病 病原谱 VP1基因 柯萨奇病毒A10型对利巴韦林耐药性的初步研究 2024年 近年来,全国范围内手足口病(Hand, foot, and mouth disease,HFMD)的感染率逐渐上升,其中柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)是主要病原体之一,利巴韦林是临床上治疗儿童手足口病的常用药物之一。为了评价利巴韦林在体外对CVA10的抑制效果,本研究中,我们随机选取了19条2009-2021年的不同地区和不同年代的有代表性的中国内地优势流行基因型C基因型的CVA10毒株,通过细胞毒性实验(Cell counting kit-8,CCK8)来检测利巴韦林在RD细胞上对CVA10的抑制率。将抑制率大于85%的CVA10定义为对利巴韦林敏感组,抑制率小于15%的CVA10定义为对利巴韦林耐药组。结果显示利巴韦林在0.78mmol/L浓度下可以对CVA10产生较好的抑制作用并且对细胞的毒性较低。19株CVA10中有4株表现出对利巴韦林耐药性,2株表现出对利巴韦林敏感性,剩余13株的敏感性在85%~15%之间。通过7日龄ICR乳鼠感染实验比较对利巴韦林敏感组和耐药组毒株的致病力差异,通过观察乳鼠临床评分、生存率、体重及组织取材的滴度测定结果均表明对利巴韦林敏感组CVA10在小鼠上的致病力比耐药组强。进一步使用MEGA 7.0软件对影响CVA10复制和翻译的2C区氨基酸序列进行差异性分析,以分析可能的耐药位点。结果显示对利巴韦林耐药组和敏感组CVA10的2C区的327位和328位氨基酸位点存在差异。本研究发现当前国内流行的CVA10存在广泛对利巴韦林耐药现象,其中部分CVA10对利巴韦林完全耐药。因此,有必要加强对CVA10耐药株的监测,以便更好地指导临床医生正确地选择抗病毒药物,为个体化的治疗提供理论依据。 孙甜甜 宗彦君 王蕊 李冀琛 刘莹 李晓亮 韩振志 于力恒 刘志军 孙强 张勇关键词:利巴韦林 耐药性 柯萨奇病毒A组16型VP1-145位氨基酸变异影响对硫酸乙酰肝素结合能力的初步探究 2024年 柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)与肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是国内导致手足口病的重要病原体,二者同源,来自共同祖先,基因组结构相同,并且均使用硫酸乙酰肝素(Heparan sulfate,HS)作为吸附受体。本研究基于EV-A71的VP1-145位氨基酸位点的相关研究结果,分析CVA16的VP1-145氨基酸差异,选取3株中国流行的,在该位点具有差异的CVA16,进行对HS结合能力影响的研究。使用不同浓度肝素酶Ⅰ处理人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞,比较不同CVA16株对肝素酶Ⅰ处理前后的RD细胞的吸附能力,以及接种后12h,24h,48h后各毒株在RD细胞的复制情况。结果表明,在使用5mIU/mL和10mIU/mL浓度肝素酶Ⅰ水解RD细胞表面的HS后,VP1-145氨基酸位点为甘氨酸(Glycine,G)的CVA16对RD细胞的吸附能力下降,其下降程度与肝素酶Ⅰ的作用浓度呈正相关,且影响了后续12h,24h,48h病毒在RD细胞中的复制,其差异具有统计学意义(P<0.05)。而VP1-145氨基酸位点为谷氨酸(Glutamic acid,E)的两株CVA16均未观察到此种趋势。为了进一步探究该种结合能力的差异与病毒致病力之间的关系,对三株病毒进行2日龄ICR乳鼠感染实验。通过观察乳鼠生存率、临床评分、体重变化,来评估不同CVA16株在小鼠感染模型中的致病力差异。结果表明,CVA16(VP1-145E)的致病力明显强于CVA16(VP1-145G)。后对三株病毒进行全基因组测序,测序结果显示,除VP1-145位点外,三株CVA16还存在其他的差异位点,故后续我们又通过反向遗传学拯救病毒,对VP1-145位点的作用机制进行了进一步的探讨。本研究结果证实,VP1-145位点的氨基酸变异会影响CVA16与HS的结合能力,145位点为E的病毒,其与HS的结合能力较差,当145位点由E突变至G时,病毒与HS的结合能力增强,其与RD细胞的结合能力受到肝素酶Ⅰ的影响。本研究为CVA16毒力位点与致病机制的研究提供了一定的理论基础 宗彦君 孙甜甜 王蕊 刘莹 李冀琛 孙强 刘志军 张勇关键词:柯萨奇病毒A组16型 硫酸乙酰肝素 致病力 干扰素诱导跨膜蛋白3对流感疫苗免疫反应的影响 被引量:1 2020年 干扰素诱导跨膜蛋白3(Interferon-induced transmembrane protein 3,IFITM3)的单核苷酸突变位点(Singlenucleotide polymorphism,SNP)rs12252-C在中国人群的比例高,与流感病毒H1N1/09感染后疾病的严重性相关。本文主要探索流感病毒三价灭活疫苗(Trivalent inactivated vaccine,TIV)免疫IFITM3敲除小鼠后机体免疫反应的变化。采用转录激活因子样效应物核酸酶(Transcription activator-like effector nucleases,TALENs)技术构建IFITM3敲除小鼠模型,TIV肌肉注射免疫小鼠,使用流式细胞术检测小鼠脾脏的获得性免疫细胞,如T细胞、B细胞,以及固有免疫细胞,如自然杀伤细胞(Natural killer cell,NK细胞)、树突状细胞(Dendritic cell,DC)、巨噬细胞(Macrophage,Mф)、中性粒细胞等的数量变化情况。TIV免疫后7d,IFIMT3敲除小鼠脾脏CD8^+T细胞、NK细胞的数量和活化水平升高,生发中心(Germinal center,GC)的B细胞数量下降,CD4^+T细胞、DC、Mф、中性粒细胞的数量没有显著变化。本研究提示,IFITM3敲除影响了TIV免疫后小鼠脾脏免疫细胞的数量和活化水平,为IFITM3与免疫反应的关系研究奠定了基础。 雷娜 雷娜 鲁健 孙强 郭俊峰 周剑芳 郭俊峰 李梓 秦堃 孙灵利关键词:流感病毒 免疫反应 甲型流感病毒感染野生型和Ifitm3^-/^-小鼠的纵膈淋巴结的转录组学研究 被引量:1 2020年 干扰素诱导的跨膜蛋白3(Interferon-induced transmembrane protein 3,IFITM3)敲除小鼠(Ifitm3^-/^-小鼠)感染流感病毒后,表现出更为严重的病理损伤和死亡率。最近的研究发现,IFITM3蛋白表达也会影响机体针对流感病毒的适应性免疫反应效果。由于空间效应,纵膈淋巴结在机体抵抗流感病毒急性期感染的适应性免疫应答过程中发挥重要功能,本研究欲探究使用流感病毒鼠肺适应株A/PR/8/H1N1进行感染后,野生型和Ifitm3^-/^-小鼠的纵膈淋巴结中与免疫相关的差异表达基因。本研究对流感病毒PR8感染后第3d的纵膈淋巴结进行RNA-Seq测序。高通量测序共检测到有1312个差异表达基因,其中上调和下调差异表达基因分别为904和408个。这些差异表达基因主要参与炎症反应与细胞凋亡信号通路、T细胞和B细胞受体信号通路、T细胞和B细胞激活与细胞因子分泌等信号通路。采用荧光定量PCR对部分免疫相关的差异表达基因进行验证,结果与RNA-Seq测序结果一致。本研究为进一步阐明IFITM3在适应性免疫应答中拮抗流感病毒的分子机制奠定了基础。 孙强 孙强 鲁健 鲁健 刘淑慧 舒跃龙关键词:流感病毒 纵膈淋巴结 RNA-SEQ 肠道病毒C组96型(EV-C96)新疆株的全基因组序列分析 被引量:1 2022年 肠道病毒C组96型(EV-C96)是C组肠道病毒的一种新型肠道病毒,在临床上多与急性弛缓性麻痹等疾病相关联,世界分布较广,近年来陆续在中国、芬兰等多个国家的急性弛缓性麻痹患者、腹泻患者、健康人群或环境标本中分离到。为探究在我国新疆地区流行的EV-C96毒株的基因特征与进化特征,本研究对2011年从我国新疆地区一名急性弛缓性麻痹病例及一名接触者中分离到的两株EV-C96进行了全基因组序列测定,随后与全球EV-C96流行株以及C组肠道病毒原型株进行进化分析,与C组肠道病毒代表株进行核苷酸和氨基酸相似性分析和重组分析。结果显示,两株新疆EV-C96毒株与原型株以及1991年在我国山东地区分离的毒株等早期流行株分布于两个分支,且在基因组结构的多个区域核苷酸差异性较大,同时其非结构蛋白区域与其它型别的C组肠道病毒之间存在重组。EV-C96可能通过重组方式发生毒力改变,需加强C组肠道病毒在我国的监测,提升对其所导致的暴发疫情进行应急处置的能力。本研究揭示了EV-C96的起源进化,证实了C组肠道病毒多个型别之间的重组关系,为我国肠道病毒的防控提供科学依据。 孙强 刘莹 唐海淑 李晓嫘 严冬梅 祝双利 王东艳 崔惠 许文波 许文波关键词:全基因组序列 基因特征 基因重组