张银平
- 作品数：2 被引量：19H指数：2
- 供职机构：四川农业大学园艺学院更多>>
- 发文基金：四川省教育厅重点项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较被引量：13
- 2017年
- 【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。
- 叶宇芸王清明马建伟张银平陈其阳汤浩茹张勇
- 关键词：遗传相似系数引物筛选
- 成都平原桃主栽品种EST-SSR指纹图谱构建被引量：6
- 2016年
- 成都平原位于长江流域带上游,是我国西南地区最主要的桃产业区域之一,对该地区的桃主栽品种进行遗传多样性分析并构建特异的分子指纹图谱对该地区桃种质资源和栽培应用具有重要的指导意义。该研究随机选择100对二核苷酸重复的NCBI-EST-SSR引物对40份桃主栽品种进行PCR扩增;然后选出12对多态性好、稳定性高的单位点扩增引物对材料进行遗传多样性分析。结果显示,40个品种的基因多样性指数在种级水平和品种群水平分别为0.579 6和0.428 3,遗传多样性高于先前的相关研究。在品种群水平上,直枝桃品种群的基因多样性指数最高(H=0.547 2),硬肉桃品种群次之(H=0.5417)。最后,采用"三步法"筛选得到6对EST-SSR引物组成区分效力最强的引物组合(pp079+pp098+pp074+pp016+pp075+pp063),并采用"+/-"矩阵为40份桃主栽品种构建了独一无二的EST-SST指纹图谱。该研究不仅为成都平原的桃主栽品种鉴定提供了分子依据,也为指纹图谱的实践运用补充了新的方向。
- 王清明叶宇芸马建伟张银平陈其阳张勇
- 关键词：EST-SSR指纹图谱分子身份证
