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小麦锈菌蛋白激酶基因家族的鉴定与进化分析: 小麦条锈菌、叶锈菌和秆锈菌引起小麦锈病、造成严重损失,是世界范围内最重要的小麦病害。对锈菌结构基因组的深入分析可为阐明锈菌毒性变异的分子机制提供理论基础。本研究通过生物信息分析手段,对三种小麦锈菌蛋白激酶超家族预测基因进...; 李闯许笑蒙王鑫邢国珍刘娜郑文明; 关键词：小麦蛋白激酶; 文献传递

小麦低磷响应基因TaEF的功能分析: 土壤中磷元素的缺乏和低利用效率严重制约着小麦产量和品质的提高,通过生物学手段筛选磷高效(耐低磷)基因,培育耐低磷小麦品种对减少化肥使用量、实现小麦可持续优质高产至关重要。本研究利用cDNA-AFLP技术,在小麦品种郑麦9...; 刘娜林德立魏馨贾丽华商文艳王鑫李闯邢国珍郑文明; 关键词：小麦耐低磷 CDNA-AFLP 郑麦9023; 文献传递

侵染早期小麦叶锈菌相关基因的筛选及表达分析: 2022年; 为挖掘与叶锈菌萌发及早期侵染相关的关键基因,利用PacBio SMRT和Illumina HiSeq测序技术对叶锈菌夏孢子萌发0、2、4、8、12和24h的孢子和芽管进行转录组测序,通过全长转录本基因表达差异分析和生物信息学分析进行候选基因筛选,利用qRT-PCR技术对候选基因在不同毒力菌系与小麦的亲和/非亲和互作中的表达模式进行系统分析。结果表明:1)综合分析筛选出差异显著且功能相关的4个候选基因,其中,PTTG_1050为SNARE蛋白的编码基因,可能参与SNARE介导的囊泡运输;PTTG_4765属于ABC转运蛋白基因家族PDR亚族;PTTG_1823属于PKc_Like超基因家族;PTTG_1279为候选分泌蛋白编码基因。2)4个候选基因在侵染早期受到强烈诱导或抑制,且在亲和互作中表达量高于非亲和互作,说明其在叶锈菌的早期侵染和扩展中发挥了重要作用,可能是早期成功侵染的关键基因。; 张艺博路亚南刘娜肖继斌李闯程琨邢国珍马振玲郑文明; 关键词：小麦叶锈菌转录组测序 QRT-PCR 致病基因

小麦HP基因家族鉴定和分析: 2023年; 组氨酸磷酸转运蛋白HP(histidine phosphotransfer proteins)在植物的生长发育调控及逆境胁迫应答中发挥重要作用。为理解HP基因在小麦基因组中的进化特征和功能,研究通过生物信息学分析鉴定普通小麦的HP基因家族成员,对其理化性质、进化特征、基因结构、顺式作用元件以及在逆境胁迫条件下的表达模式进行了分析。结果表明,在小麦基因组鉴定到31个HP基因,编码蛋白质序列包括116~200个氨基酸。通过和其他植物的HP蛋白比较以及对蛋白结构、基因结构和基序的分析,显示小麦HP家族基因序列具有保守性。顺式作用元件预测表明,HP基因具有光、植物激素、干旱、低温等非生物胁迫响应相关的启动子调控元件。热图分析表明,HP基因在应答非生物胁迫中表达模式存在多样性;qRT-PCR分析表明,TaHP5-6B基因在低磷胁迫下受到强烈的诱导表达。综上所述,小麦全基因组鉴定的HP家族基因是非生物胁迫响应的重要基因资源。; 娄渊根李闯李晶晶邢国珍路亚南郑文明; 关键词：小麦保守序列低磷胁迫

小麦锈菌蛋白激酶基因家族的鉴定与生物信息学分析被引量：3: 2018年; 为深入分析锈菌结构基因组,阐明锈菌毒性变异的分子机制,本研究通过生物信息分析方法,对3种小麦锈菌蛋白激酶(protein kinases,PKs)超家族预测基因进行了系统分析,利用COG(clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)、GO(gene ontology)和PHI(pathogen-host interactions)数据库进行注释分析,并对小麦锈菌MAPK基因的蛋白质互作网络进行预测。结果表明,条锈菌Puccinia striiformis、叶锈菌P.triticina和秆锈菌P.graminis的PKs基因数量分别为221、159和159个,不同PKs基因家族类型在3种锈菌中的数量分布上表现出很高的保守性。注释分析表明,PKs家族预测功能涉及病原菌生长发育中的调控作用和病原菌-寄主互作机制,包括信号传导和致病因子等。PKs家族核心基因数目在蛋白激酶基因中占比大于1/3。MAPK基因的催化结构域序列呈现高度相似性。以STRING数据库的酿酒酵母蛋白质互作网络信息为参考,对小麦锈菌MAPK基因的蛋白质互作网络进行预测,共鉴定出25个互作关系,包含29个MAPK基因。研究表明这3种锈菌之间MAPK互作蛋白质分布不均衡,这可能反映了锈菌基因组进化的特殊复杂性。; 李闯许笑蒙李博刘娜李春奇郑文明; 关键词：蛋白激酶进化基因组结构

小麦锈菌碳水化合物酶类基因家族的鉴定与进化分析被引量：1: 2017年; 本研究利用已测序的条形柄锈菌Puccinia striiformis f.sp.tritici基因组序列信息,结合已公布的隐匿柄锈菌Puccinia recondita f.sp.tritici和禾柄锈菌Puccinia graminis f.sp.tritici全基因组编码蛋白序列,运用生物信息数据库和分析软件对其碳水化合物酶类(CAZymes)基因家族进行了注释和比较分析。结果表明,3种小麦锈菌共包含1 232个CAZymes编码基因(含有1 279个模块)。其中,条形柄锈菌具有明显较大的CAZymes家族,3种锈菌的CAZymes具有136个同源基因;相对于隐匿柄锈菌和禾柄锈菌,条形柄锈菌的GH、GT和AA家族发生显著扩增,而3种锈菌的PL家族并无差异;CBM家族则表现为由禾柄锈菌、隐匿柄锈菌到条形柄锈菌的递增式扩增。通过CAZymes、细胞壁降解酶、分泌蛋白、PHI、保守基序等不同形式注释的比较分析表明,对该基因家族而言,条形柄锈菌相对于隐匿柄锈菌和禾柄锈菌呈扩增现象,隐匿柄锈菌和禾柄锈菌的家族缩减水平存在差异。小麦锈菌CAZymes家族整体呈现的不同形式扩增或缩减现象,可能反映了锈菌与寄主长期协同进化过程中的寄生适应性需求,进而反映了其致病性演化机理。本研究结果有助于进一步全面认识小麦锈菌CAZymes基因家族进化在锈菌致病性变异中的作用,为揭示锈菌致病分子机制提供理论基础。; 李闯刘娜王鑫许笑蒙申一林邢国珍康振生郑文明; 关键词：基因家族生物信息学分析致病性变异

小麦锈菌蛋白激酶基因家族的鉴定与生物信息学分析: 小麦条锈菌、叶锈菌和秆锈菌引起小麦锈病、造成严重产量损失,是世界范围内最重要的小麦病害。对锈菌结构基因组的深入分析可为阐明锈菌毒性变异的分子机制提供理论基础。本研究使用生物信息分析方法,对3种小麦锈菌蛋白激酶（PKs）超...; 李闯许笑蒙李博王鑫邢国珍刘娜郑文明; 关键词：蛋白激酶进化基因组结构; 文献传递

玉米南方锈病和普通锈病分子检测技术研究被引量：5: 2017年; 为建立快速鉴定玉米南方锈病菌和玉米普通锈病菌的分子检测方法,有助于玉米锈病的早期预警和有效防控,利用真菌ITS通用引物分别对采自海南、河南、吉林的玉米锈病菌样品进行了rDNA-ITS区克隆和测序分析(GenBank登录号为:HM452902,HQ154021~HQ154038),并根据其变异区段序列分别设计了病原菌检测特异性引物。结果表明:设计的检测引物具有较高的种特异性和检测灵敏度,在普通PCR体系中可检测到南方锈病菌和普通锈病菌的锈病菌DNA的最低浓度分别为100和1pg/μL。本研究建立的检测体系对2种玉米锈病菌的快速分子鉴定及病害早期预警都具有重要应用价值。; 邢国珍魏馨李晶晶李闯刘娜蒋士君李春奇郑文明; 关键词：玉米分子检测

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李闯

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