裴培
- 作品数：20 被引量：12H指数：2
- 供职机构：首都儿科研究所更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- SIRT2基因通过调节WNT通路在RA诱导的神经管畸形的初步试验研究
- 2024年
- 目的:基于敲除sirtuin2(SIRT2)基因的人胚胎肾细胞(HEK293)模型的转录组学结果,在细胞水平和动物模型中探究SIRT2基因是否通过调控WNT通路参与维甲酸(Retinoic acid,RA)诱导的神经管畸形(neural tube defects,NTDs)。方法:培养SIRT2敲除组(KO-SIRT2)和正常组(KO-Con)的HEK293细胞,提取总RNA,应用转录组测序技术(RNA-seq)对上述两组细胞进行分析,寻找差异表达基因(P<0.05,|log_(2)FoldChange|≥1)并进行GO (Gene Ontology)以及KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析。RA分别诱导KO-SIRT2组和KO-Con组的HEK293细胞,应用Western Blot(WB)技术检测WNT5B表达水平。建立RA诱导的NTDs小鼠模型,应用免疫组织化学染色技术(IHC)检测孕龄10.5天(E10.5)的胚鼠脑组织Sirt2和Wnt5b蛋白水平。结果:与KO-Con组相比,KO-SIRT2组的HEK293细胞中显著改变的差异表达基因有209个,KEGG分析集中在WNT、Hippo、PI3K-Akt等信号通路。敲除SIRT2组,KO-SIRT2组的WNT5B蛋白水平升高。RA诱导HEK293细胞,KO-Con组的WNT5B蛋白水平升高。IHC结果显示,RA诱导的NTDs胎鼠脑组织Sirt2蛋白和Wnt5b蛋白水平增高。结论:SIRT2基因可以通过调节WNT通路参与RA诱导NTDs的发生。
- 王怡何学佳曾雨冰刘帆裴培王珊
- 关键词：神经管畸形WNT通路胚胎发育
- 维甲酸诱导小鼠神经管畸形胚脑中H2BK120ub1的全基因组状态变化被引量：1
- 2022年
- 目的 利用染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)分析E10.5 d正常小鼠胚脑组织与维甲酸(RA)诱导神经管缺陷(NTDs)小鼠胚脑组织H2BK120单泛素化(H2BK120ub1)修饰的全基因图谱,以期发现H2BK120ub1修饰与神经管发育通路基因表达的关系,为NTDs的诊断及治疗提供生物学靶点及依据。方法 孕鼠分为随机对照组和RA诱导的NTDs组,利用ChIP-seq技术对获得的H2BK120ub1特异结合DNA片段进行序列鉴定,获取比对Reads,进行全基因组的Peak分析、基因注释(GO)以及功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果 E10.5 d正常小鼠脑组织和RA诱导神经管畸形小鼠脑组织两组间有306个基因有显著的H2BK120ub1差异,根据GO富集的基因个数进行统计:在cellular component中前三位为别为Cell(82个基因), Cell part(82个基因),Organelle part(52个基因);在biological process中前三位为别为celluar process(68个基因),metabolic process(47个基因),biological regulation(40个基因);KEGG通路分析的结果主要富集于刺猬因子(HH)信号通路、TGF-beta信号通路、Wnt信号通路等参与调控神经管发育的关键信号通路,有显著统计学意义(P<0.05)。结论 H2BK120ub1修饰的差异可作为NTDs的一个潜在的诊断及治疗靶点。
- 王珊何学佳成翕悦林烨裴培占小俊
- 关键词：维甲酸神经管缺陷
- 低叶酸联合甲氨蝶呤诱导神经管畸形胎鼠模型的lncRNA相关ceRNA网络构建及分析被引量：1
- 2023年
- 目的 构建低叶酸联合甲氨蝶呤(methotrexate, MTX)诱导神经管畸形(neural tube defect, NTDs)的胎鼠模型中lncRNA相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs, ceRNA)调控网络,探讨低叶酸条件下NTDs中lncRNA可能的调控作用。方法 利用SPF级、7~8周龄的健康雌性C57BL/6J小鼠(体质量18~22 g)40只及健康雄性C57BL/6J小鼠(体质量20~22 g)20只,建立叶酸缺乏情况下的NTDs胎鼠模型为实验组,并设立对照组,每组选取3只胎鼠分离脑组织并提取总RNA,进行高通量RNA测序(RNA sequencing, RNA-seq),并对测序结果进行lncRNA-mRNA共表达网络构建、对共表达网络中mRNA进行GO功能富集及KEGG通路富集分析、构建lncRNA相关ceRNA调控网络,并用qPCR验证胎鼠、细胞样本中lncRNA Xist、Sema4f、Padi2的相对表达量。结果 测序共检测到差异lncRNA 47个(Log2FC>0.585或Log2FC<-0.585,FDR<0.05),其中上调38个,下调9个。构建lncRNA和mRNA基因间的共表达网络,并对共表达网络关系中的mRNA进行KEGG/GO功能富集分析,发现GO条目中管道发育(P<0.001)、胶原蛋白代谢过程(P=0.002)、系统发育(P=0.002)等显著富集,在KEGG通路分析中富集到与NTDs密切相关的PI3K-Akt通路;构建lncRNA相关ceRNA调控网络,发现lncRNA Xist、LOC102633899、1700086L19Rik等靶向差异基因Sema4f、Padi2、Lin28a等;选取与神经发育密切相关的lncRNA Xist及预测的靶基因Sema4f、Padi2,用qPCR验证胎鼠脑组织、细胞样本,结果与测序一致,相较对照组,均显著下调(P<0.05)。结论 在叶酸缺乏下的NTDs胎鼠模型中lncRNA Xist及预测的靶基因Sema4f、Padi2发生显著下调。
- 曾雨冰刘帆裴培王珊
- 关键词：神经管畸形表观遗传学
- 同型半胱氨酸代谢中氨基酸代谢物的细胞内LC-MS/MS定量新方法
- 目的同型半胱氨酸代谢异常是许多慢性疾病和发育性疾病的危险因素,定量检测同型半胱氨酸及其上下游代谢物一直是国内外研究者关注的热点问题1-3。本研究建立了灵敏度高、稳定性和重复性好且分析速度快的高效液相色谱-串联质谱定量细胞...
- 张敏裴培权力
- 关键词：同型半胱氨酸代谢液质联用
- 文献传递
- 超高液相色谱串联质谱定量检测四种脂溶性维生素
- 脂溶性维生素对儿童的生长发育具有重要的作用1-3。目前的检测主要针对单种或两种维生素,检测所需样品量大4-6。本研究同时检测了四种脂溶性维生素A、25-羟基-D3、E和K1,建立适用于儿童低样品量的血清中多种脂溶性维生素...
- 张海凤裴培王蕾权力
- 关键词：脂溶性维生素
- 文献传递
- 组蛋白泛素化与去泛素化对染色质和基因表达的研究进展被引量：3
- 2019年
- 组蛋白或转录因子或辅助因子进行泛素化和去泛素化,能够介导某些生理和病理过程。泛素化和去泛素化的动态平衡确保染色质处于健康的稳定状态。组蛋白泛素化酶和去泛素化酶通过识别DNA损伤位点、传导信号和招募修复因子等方式参与维持染色质稳态。组蛋白泛素化修饰和去泛素化修饰通过抑制(多数)或促进(少数)基因转录,从而影响基因表达。本综述主要关注组蛋白泛素化修饰和去泛素化修饰与染色质稳态和基因转录的关系,探讨这些过程在发育调控和在某些疾病中的作用,为相关疾病的治疗提供理论依据。
- 林烨裴培王珊
- 关键词：组蛋白泛素化基因调控
- 维甲酸诱导神经管畸形小鼠组蛋白H2BK120ub1泛素化修饰及相关基因表达变化
- 2022年
- 目的 利用维甲酸(RA)诱导C57BL/6J小鼠神经管畸形(NTDs),探讨RA对NTDs鼠胚脑、脊髓组织组蛋白H2BK120单泛素化修饰水平及神经管发育基因表达水平变化。方法 孕鼠随机对照(Con)组和RA构建的NTDs组。实验组孕鼠7.5 d灌胃RA 25 mg/kg;对照组孕鼠灌胃相同体积的香油。孕10.5 d通过体视显微镜观察胎鼠畸形及神经管发育。采用Elisa方法检测NTDs小鼠胚脑、脊组织维生素A、维甲酸浓度的变化,采用Western blot检测NTDs小鼠胚脑、髓组织H2BK120ub1蛋白的表达量变化;采用RT-PCR检测NTDs小鼠胚脑、脊组织神经管发育基因Pax6、Nestin表达变化;采用ChIP-qPCR检测NTDs小鼠胚脑、脊组织神经管发育基因Pax6、Nestin与H2BK120ub1结合变化。结果 RA组诱导NTDs胚鼠脑、脊髓组织:维甲酸及维生素A浓度相较于对照组明显增高(P<0.05);H2BK120ub1蛋白表达水平明显高于对照组(P<0.05);神经管发育基因Pax6、Nestin表达水平明显高于对照组(P<0.05);神经管发育基因Pax6、Nestin与H2BK120ub1结合显著增强(P<0.05)。结论 神经管发育基因Pax6、Nestin和H2BK120单泛素化在胚胎中的异常表达与维甲酸致神经管畸形存在相关性。
- 王珊成翕悦裴培刘帆刘帆
- 关键词：维甲酸神经管畸形
- 蛋白质翻译后修饰与神经退行性疾病
- 2024年
- 神经退行性疾病是严重影响中枢神经系统的一类复杂、难治性疾病,其特征是中枢神经系统不同区域神经元功能或者结构的进行性丧失。由于神经受损后难以再生、恢复,目前尚无治疗神经退行性疾病的有效策略。神经退行性疾病患者逐渐增多,给社会带来巨大经济负担,找到神经退行性疾病的治疗新靶点、改善预后具有重要意义。蛋白质翻译后修饰可以调节各种细胞过程,包括蛋白质-蛋白质相互作用、酶的活性和基因表达。神经退行性疾病的发生和进展与异常的蛋白质翻译后修饰有关。许多翻译后修饰,如乙酰化、磷酸化和乳酸化修饰等,被证实参与神经退行性疾病造成的脑认知损伤。本文综述了蛋白质翻译后修饰在神经退行性疾病中的重要作用,同时总结了几种蛋白质翻译后修饰在神经退行性疾病发生、发展中的作用,以期为研究神经退行性疾病的分子生物学机制提供新思路。
- 刘帆刘帆王怡何学佳裴培裴培张霆
- 关键词：神经退行性疾病蛋白质翻译后修饰磷酸化乙酰化
- 一种检测神经管畸形的分子标志物及其应用
- 本发明属于生物领域，具体涉及一种检测神经管畸形的分子标志物及其应用。该分子标志物包括特异性标志基因和/或蛋白质；其中，所述特异性标志基因为Pax6、Nestin和Bmp4中的至少一种，所述蛋白质为H2AK119、Mdm2...
- 裴培王珊张霆崔小岱
- 文献传递
- SIRT2稳定敲除细胞系的建立及对组蛋白修饰的影响
- 2020年
- 目的利用CRISPR/Cas9系统构建稳定敲除SIRT2基因的HEK293细胞系,研究其对组蛋白不同位点的修饰情况。方法构建lentiCRISPR v2-sgRNA SIRT2敲除质粒,通过慢病毒包装,感染HEK293细胞,嘌呤霉素筛选出阳性克隆。对筛选的细胞株进行T7E1验证,来验证所设计的sgRNA的有效性。应用蛋白质免疫印迹检测SIRT2蛋白水平,筛选得到SIRT2稳定敲除细胞系。使用蛋白质免疫印迹的方法在蛋白水平验证SIRT2对组蛋白乙酰化、甲基化的影响。结果通过测序证明lentiCRISPR v2-sgRNA SIRT2敲除质粒正确,T7E1验证了所构建的质粒具有良好的CRISPR/Cas9活性,使基因组碱基发生突变。蛋白质免疫印迹证明SIRT2敲除细胞系中SIRT2表达显著降低。在CRISPR/Cas9系统敲除SIRT2的HEK293细胞中,组蛋白H4乙酰化在赖氨酸第16位(H4K16ac)表达显著升高,组蛋白H4乙酰化在赖氨酸第5位(H4K5ac)表达下降,组蛋白H3二甲基化在赖氨酸第79位(H3K79me2)表达升高。结论获得SIRT2稳定敲除细胞系,便于后续SIRT2对组蛋白修饰功能的研究。
- 李雪裴培刘长云王珊
- 关键词：HEK293细胞基因敲除组蛋白修饰
