赵芳芳
- 作品数：3 被引量：13H指数：3
- 供职机构：西南科技大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析被引量：3
- 2017年
- 为了解麦洼牦牛现有群体的遗传多样性及种群遗传分化特征,试验通过生物信息学方法从已公布的牦牛基因组中筛选到9 466个三碱基重复微卫星位点,以191个麦洼牦牛基因组DNA样品为模板对各个位点进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳基因分型。经过哈迪-温伯格平衡检验,在15个三碱基微卫星位点中,有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.05)。15个微卫星位点均为高度多态性(PIC>0.5),群体平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.5041、0.8152和0.7831。进一步通过Structure 3.0软件分析发现,麦洼牦牛群体结构单一,无分化特征,表明麦洼牦牛品种虽然具有较高的遗传多态性但是无分化迹象。
- 罗辉赵芳芳孙磊伍仕鑫徐传飞蔡欣
- 关键词：麦洼牦牛微卫星位点遗传多态性
- 牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系分析被引量：7
- 2014年
- 为分析牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系,从5个麦洼牦牛个体基因组DNA扩增克隆SRY基因,同时从GenBank检索家牛属物种及野牛的SRY基因序列,分析家牛属物种在SRY基因的多态性及其SRY蛋白中HMG-box区域基因序列的变异特征,并基于SRY基因序列构建家牛属物种间的父系系统进化树及其网络中介图,分析进化关系。家牛属物种编码SRY蛋白N、C两端氨基酸(HMG-box侧翼)基因序列的错义突变率(0.57)显著低于编码HMGbox区域基因序列的错义突变率(0.69),推测家牛属物种间在SRY基因进化过程中的正选择同时作用于编码HMG-box及其侧翼区的基因序列;相对水牛和牦牛,欧洲野牛与黄牛的亲缘关系更近,此结果从父系侧面支持现存的黄牛牛种由已经灭绝的野牛或原牛驯化而来的观点;牦牛可能有2个或多个父系祖先;非洲水牛和江河水牛与其他牛种之间在SRY基因存在较多变异导致明显的分歧进化,也支持可划分为沼泽型和江河型2个亚种的论断。所以,家牛属物种间在SRY基因具有特殊的变异特征,物种间的父系进化关系分析结果支持前人论断。
- 蔡欣赵芳芳孙磊
- 关键词：牦牛
- 麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析被引量：4
- 2014年
- 【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。
- 蔡欣泽让东科赵芳芳孙磊
- 关键词：麦洼牦牛微卫星遗传多态性
