巩晶
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：山东大学医学院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于位点相关概率模型的富亮氨酸重复序列预测
- 2015年
- 富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,LRR)是一种广泛存在的蛋白质结构基序,在诸多重要生命过程中起关键性作用并与诸多人类疾病紧密相关。研究LRR中各个位点之间的氨基酸分布的相关性,并基于此相关性建立概率模型,可应用于序列水平上的LRR预测,以提高LRR预测的准确度。本文从LRRML数据库中提取已知的LRR蛋白质序列作为训练集和测试集;为LRR各个位点上氨基酸的分布数据构建4种不同的概率模型,包括位点相关和位点不相关概率模型;再通过机器学习和K-折交叉验证的方法,确定可以用于LRR预测的最佳模型。结果表明,位点相关概率模型和位点不相关概率模型以不同权重相加之后的综合模型在LRR预测中显示出高的准确度。LRR中各个位点之间的氨基酸分布存在一定的相关性,此相关性可作为重要参数应用于LRR预测。
- 巩晶李雪陶超魏天迪
- 关键词：生物信息学
- 霍乱弧菌HutX蛋白的晶体结构
- 2012年
- 目的获取纯化的霍乱弧菌HutX蛋白晶体和衍射数据。方法通过基因克隆和蛋白表达得到HutX蛋白,通过镍柱亲和层析、Source Q阴离子交换柱层析和Superdex 200分子筛柱层析等纯化所得蛋白,并用蛋白质印迹法进行验证。将所获蛋白进行结晶条件筛选及悬滴优化,X线衍射分析所得晶体的结构。结果蛋白质印迹分析间接证明所得到的蛋白为HutX蛋白,并得到HutX蛋白的晶体及衍射数据。结论为进一步研究HutX的蛋白结构及其在霍乱弧菌亚铁血红素利用机制中发挥的作用提供了参考。
- 李君巩晶杨勇骥黄琰
- 关键词：霍乱弧菌
