目的研究重复经颅磁刺激(Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation,rTMS)对缺血性脑卒中后运动功能障碍患者的康复治疗效果及其功能影像学变化。方法纳入缺血性脑卒中患者15例,分为rTMS治疗组8例和传统康复治疗组(Conventional Therapy,CT)7例;rTMS组除接受10天高频rTMS治疗外,其他治疗措施与CT组相同。治疗前和治疗后分别对两组的临床评分进行评估,并进行功能磁共振图像(Functional Magnetic Resonance Imaging,fMRI)采集,比较两组治疗前后及组间临床评分及神经活动低频振幅(Amplitude of Low Frequency Fluctuation,ALFF)的变化情况。结果与治疗前相比,治疗后两组的神经功能明显改善。rTMS组患者的FMA和BI评分改善优于CT组。另外,治疗后两组患者的ALFF比较差异有统计学意义(P<0.05)。其中ALFF值增加的脑区包括:右侧壳核、左侧小脑;ALFF值降低的脑区有:双侧M1区、双侧SMA区、右侧丘脑、右侧小脑。结论高频rTMS可以用于缺血性脑卒中后运动功能障碍患者的康复治疗,且高频rTMS可能通过影响大脑内相关区域的神经活动强度达到康复效果。