目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCMSP)中快速搜索HIV-1蛋白酶(Protease,PR)的中药小分子抑制剂。方法:采用Scripps研究所的Auto Dock Vina软件,对蛋白质晶体结构数据库PDB中PR与小分子抑制剂沙奎那韦(Saquinavir)形成的复合物(PDB代码:1HXB)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(沙奎那韦)为阳性对照,筛选出传统中药库TCMSP中2个类药性良好的化学成分与PR亲和力高于上市的抗艾滋病药物沙奎那韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计以及实验合成新的抗艾滋病药物。
目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCM database@Taiwan)中快速搜索H7N9亚型流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的中药小分子抑制剂。方法:采用Auto Dock Vina软件对蛋白质晶体结构数据库PDB中NA与小分子抑制剂扎那米韦形成的复合物(PDB代码为4MWX)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(扎那米韦)的自由结合能为阈值,筛选出中国传统中药数据库中3个类药性良好的化学成分与NA亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计及实验合成新抗H7N9流感病毒药物。
目的用分子对接方法从传统中药数据库(TCM Database@Taiwan)中筛选H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂。方法流感病毒中神经氨酸酶作为一个已经被证明的抗流感药物靶点,从蛋白晶体结果数据库(Protein Data Bank,PDB)中提取晶体结构文件,对其三维结构活性部位进行分析,采用对接软件Auto Dock Vina与数据库中药物小分子进行高通量分子对接。结果得到3个亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦(Zanamivir)的天然小分子化合物,并确定了它们的中草药来源。结论该结果可促进从传统中药中提取、设计以及实验合成新的抗H7N9流感病毒药物。
