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华阳
作品数:
1
被引量:3
H指数:1
供职机构:
长春理工大学理学院
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
理学
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合作作者
郭方舟
长春理工大学理学院
蔡志丹
长春理工大学理学院
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华阳
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长春理工大学...
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1篇
2015
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基于Hash算法的DNA序列k-mer index问题的数学建模
被引量:3
2015年
针对查找DNA序列的相似序列问题,给出了建立索引和查找索引的数学模型,基于Hash算法,建立了依赖于k值大小的顺序索引模型和散列索引模型,特别对较大k值选用了DJBHash函数,有效的避免了Hash冲突问题。最后在硬件平台CPU为2.6GHz、内存为8G、操作系统为64位Windows 7的条件下,对100万条长度为100的DNA序列进行了测试,给出了不同k值下建立和查询索引的用时和占用内存情况,有效的解决了DNA序列的k-mer index问题。
郭方舟
华阳
董修伟
蔡志丹
关键词:
HASH算法
数学模型
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