袁娜
- 作品数：13 被引量：25H指数：3
- 供职机构：江苏省农业科学院更多>>
- 发文基金：江苏省农业科技自主创新基金国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学经济管理更多>>
- 激发江苏种业强“芯”活力被引量：2
- 2022年
- 粮食安全是“国之大者”,是影响国家长治久安的重要因素。种子是我国粮食安全的关键,种业是保障国家粮食安全的核心所在。习近平总书记高度重视种业发展,强调要实现种业科技自立自强、种源自主可控,为种业高质量发展指明方向。江苏地处东部沿海,气候条件优越、种质资源丰富,既是我国粮食作物的重要产区,也是种子生产和使用大省。为响应国家种业振兴行动,我们应牢牢扭住种业科技创新不松劲,深入推进种业体制改革,强化创新能力建设,积极培育创新竞争主体,为推进种业高质量发展赋能添力。
- 赵涵袁娜
- 关键词：粮食安全自立自强种业科技种业发展创新能力建设
- 基于matK基因和ITS序列的江苏地方豆类植物的亲缘关系研究被引量：4
- 2017年
- [目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种材料的mat K基因和ITS序列分别进行比对和分析,并以百脉根(Lotus corniculatus)为外类群,分别构建系统进化树并计算分化时间。[结果]18种豆类植物的mat K基因序列长度为750 bp,其中变异位点数为85,信息位点数为82,遗传距离的范围为0~0.099。ITS序列长度为795 bp,其中变异位点数为260,信息位点数为242,遗传距离的范围为0~0.292。以百脉根为外类群,用mat K基因序列和ITS序列分别构建的进化树显示,18种豆类植物可分为3组,即红小豆和绿豆分为一组,菜豆和大豆分别聚为一组。分化时间结果表明,大豆与菜豆的分化时间为19.02百万年前,菜豆与红小豆的分化时间为13.50百万年前,绿豆与红小豆的分化时间为2.94百万年前。[结论]序列分析和系统进化树的结果与形态学的特征基本一致,表明mat K基因和ITS序列可用于豆类植物属间亲缘关系分析。
- 王彤王彤刘静郭月袁娜
- 关键词：豆类植物MATK基因ITS序列亲缘关系
- 陆地棉NF-YB基因家族的全基因组分析被引量：2
- 2016年
- 为了进一步了解NF-YB基因家族结构的功能,利用生物信息学手段,系统研究了陆地棉标准系TM-1基因组中NF-YB基因家族的数目、亚细胞定位、染色体分布、进化关系、基序以及组织表达情况。结果表明:TM-1基因组中共有41个NF-YB基因家族成员,它们含有相同的CBFD_NFYB_HMF结构域,大部分定位到细胞核内;41个NF-YB基因家族成员分布在19条染色体上,其中有19组成员在A亚组和D亚组中表现为直系同源基因;进化树分为Ⅰ和Ⅱ2个小组,每个小组成员间具有相似的基序类型和排列顺序;组织表达分析则发现,在这41个NF-YB基因家族成员中,至少有24个成员可以进行表达,且表现出一定的组织特异性。
- 刘静徐珍珍袁娜郭月张保龙杜建厂
- 关键词：陆地棉生物信息
- 一种基于菜豆CACTA转座子研发的新型分子标记、引物对、分子标记设计方法及应用
- 本发明公开了一种基于菜豆CACTA转座子研发的新型分子标记、引物对、分子标记设计方法及应用，检索利用1645条CACTA序列随机设计得到11个能够在品种间产生清晰且具有多态性的分子标记pv_CACTA5、pv_CACTA...
- 杜建厂翟小杰袁娜李阳徐照龙
- 文献传递
- 油菜杂交种宁杂21号及其双亲苗期在盐胁迫条件下差异表达基因分析被引量：2
- 2020年
- 为了解甘蓝型油菜杂种优势在盐胁迫中的表现,遏制减产,以油菜强优势杂交种宁杂21号及其亲本为材料,通过转录组测序,筛选鉴定得到1078个芽苗期差异表达基因(DEG)与耐盐杂种优势密切相关,并能被已有盐胁迫相关QTL注释,部分基因的表达能被荧光定量PCR验证,说明所得DEG具有可靠性,有潜在的油菜耐盐育种价值。杂交组合中耐盐杂种优势相关DEG表达模式与母本更为类似,大部分表现为正调控,功能倾向于生物合成的同化作用,而表达模式类似父本的DEG其功能倾向于氧化还原等调节作用。本研究还对耐盐性杂种优势特异的SNP位点进行了预测和注释,以期为杂交油菜耐盐分子标记的开发以及耐盐育种提供理论依据。
- 郭月郭月龙卫华龙卫华杜建厂刘静付丽浦惠明张洁夫高建芹袁娜胡琼
- 关键词：甘蓝型油菜杂种优势
- 棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析被引量：8
- 2018年
- 【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物信息学方法对亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich)和陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中的FAR1/FHY3基因进行了全基因组鉴定和分析。【结果】共鉴定出88个FAR1/FHY3基因,其中陆地棉中数量最少。聚类分析将所有成员分为3个亚组。Ka/Ks值表明大部分基因都经历了负选择过程。转录组数据分析发现,大部分FAR1/FHY3基因在棉花叶片中表达,少数在茎、花瓣和花托中表达。陆地棉中的Gh FAR14在4种组织中均有较高水平的表达,且与拟南芥FHY3具有较高的同源性,推测其在陆地棉phyA信号通路的启动过程中可能起到关键作用。【结论】该研究结果有助于了解棉花FAR1/FHY3基因家族的进化与功能,为下一步深入研究该基因家族在棉花生长发育和响应红光信号通路中的分子调控机理提供基础。
- 袁娜王彤刘廷利杨郁文郭月刘静张保龙杜建厂
- 关键词：亚洲棉陆地棉生物信息学
- 基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证
- 2024年
- 根据公开发表的菜豆基因组和重测序数据,利用生物信息学的方法筛选出61950个高质量SNP位点,通过对目标位点进行探针设计评估,最终设计开发出分别包含40352、20855和10486个SNP位点的40K、20K和10K液相芯片。利用10K液相芯片,对89份菜豆品种进行靶向测序基因分型检测,结果显示菜豆的平均多态性信息含量值和基因多样性值分别为0.35和0.29。STRUCTURE和聚类分析将89份菜豆划分为2个品种群,该分类结果显示同一地域的菜豆品种遗传背景和果实性状大都较为相似。基于选择信号分析,共鉴定到103个处于强烈选择状态的区域,这些区域中的位点可为后续功能基因研究提供候选。
- 袁娜徐勤圆徐照龙周玲刘晓庆陈新杜建厂
- 关键词：菜豆单核苷酸多态性
- 菜豆CACTA转座元件注释、标记开发及其在品种鉴定中的应用
- 2021年
- [目的]本文旨在对菜豆(Phaseolus vulgaris)基因组中CACTA转座元件进行鉴定,分析其序列特征、插入位点特征、进化关系、基因结构和功能基因并进行标记开发,为CACTA转座元件功能研究和应用奠定基础。[方法]基于菜豆的全基因组数据,采用生物信息学方法进行序列鉴定和分析;基于所鉴定的CACTA转座元件插入位点多态性,随机设计51对引物;利用筛选的11对引物,对24个菜豆品种进行亲缘关系分析和分子身份证构建。[结果]菜豆基因组中共鉴定出来源于20个家族的1645个插入位置明确的CACTA转座元件。这些元件DNA总长度约4.71 Mb,占整个基因组DNA的0.9%左右。CACTA转座元件均匀分布在11条染色体上,与功能基因的分布没有相关性。插入偏好性分析提示,菜豆CACTA转座元件更倾向于插入AT富集区域。系统进化分析表明,菜豆CACTA转座元件可以划分为4个进化支。CladeⅠ和CladeⅣ进化支分别拥有最多的家族数量(50.0%)和元件数量(57.7%),但各进化支家族数量与元件数量差异较大。与功能基因的关系分析表明,有390个CACTA转座元件插入功能基因的内部或基因的临近区域(<2 kb);有258个元件捕获完整的基因或基因片段。标记开发结果显示,材料间遗传相似系数为0.28~1.00,平均遗传相似系数为0.64,并在遗传相似系数0.53水平上可以将24个品种分为4类。[结论]本研究从全基因组水平上系统鉴定和注释了菜豆基因组中的CACTA转座元件,并明确了其在基因组中的分布规律、插入偏好性、系统进化关系和与基因之间的关系;构建了菜豆品种特异的分子身份证,可用于菜豆品种的系统分类、亲缘关系和品种鉴定。
- 翟小杰李阳程静徐照龙刘大亮袁娜李英杜建厂
- 关键词：分子标记生物信息学菜豆
- 棉花CLE多肽家族的全基因组鉴定与生物信息学分析被引量：5
- 2019年
- 【目的】CLE(CLAVATA3/Embryo surrounding region-related)多肽是一类小分子分泌蛋白,在植物生长发育过程中,对于维持分生组织细胞增殖与分化间的平衡起到重要的信号转导和调控作用。CLE家族是迄今为止报道的最大的植物多肽分子家族,也是近十年来研究最为热门的植物多肽激素。尽管CLE基因家族在拟南芥和水稻等模式植物中取得较多的研究进展,但在棉花中有关CLE多肽基因家族的研究尚属空白。通过对CLE多肽家族的鉴定及演化研究,可以为进一步挖掘棉花中的功能多肽及其信号转导研究提供一定的理论基础。【方法】本文以亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(G. raimondii Ulbrich)、陆地棉(G. hirsutum L.)和海岛棉(G. barbadense L.)为研究对象,利用生物信息学方法和已鉴定的拟南芥CLE基因序列,在棉花基因组中进行同源比对,并对4个棉种中的CLE家族成员进行全基因组鉴定和分析。【结果】共得到148个棉花CLE候选基因。陆地棉和海岛棉中CLE基因数量都分别是亚洲棉和雷蒙德氏棉的2倍。聚类分析将所有CLE基因分为5个亚组。Ka/Ks分析表明大部分基因都经历了负选择作用,有11对基因经历了显著的正选择作用。转录组数据分析发现,除海岛棉中的GbCLE39、GbCLE13、GbCLE43,陆地棉中GhCLE34、GhCLE9以及亚组棉中的GaCLE4外,大部分CLE基因在棉花组织中的表达量较低,这与多肽在植物体内含量较低相一致。CLE核心保守基序分析发现了12个棉花特有的多肽,其中有2个多肽来源于受到强烈正选择作用的基因,因此在后续研究中可以对其进行进一步深入分析。【结论】本文利用生物信息学、比较基因组学等方法,首次对棉花的CLE基因家族进行了鉴定和分析,对于进一步挖掘棉花中的功能多肽及其信号调控网络研究提供了一定的理论基础。
- 袁娜李阳杨郁文张保龙杜建厂
- 关键词：棉花生物信息学
- 绿豆Copia类反转座子全基因组注释及进化分析
- 2020年
- 利用基于结构从头寻找和同源比对的方法,从绿豆基因组中鉴定出插入位置明确的1198个完整的Copia类反转座子和1038个solo LTR转座子元件。这些元件不均匀分布在绿豆的22条染色体上,并和功能基因的分布呈现显著的负相关关系。绝大部分Copia类反转座子(91.8%)在最近5.0 MYA内插入到寄主基因组中,并在1.0~2.0 MYA呈现1个明显的活跃峰值。此外,每个家族的solo LTR转座元件数量与完整转座元件数量的比值与进化时间无关,而与LTR的长度呈现显著的正相关关系。尽管这些Copia类反转座子可划分为Angela、Ale、Bianca、Ivana、Maximus和TAR等6个谱系,但各谱系内所包含的家族数和元件数差异较大。通过染色体上的位置比较,发现67个Copia类反转座子家族的713个元件插入到629个功能基因的内部或附近区域(<1 kb),提示这些元件可能对基因的结构、表达和功能产生一定的影响。
- 李阳袁娜刘大亮翟小杰徐照龙程静杜建厂
- 关键词：进化树绿豆
