胡建龙
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：青岛大学计算机科学技术学院更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金国家自然科学基金国家公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 面向基因测序数据的高效位点与表型关联挖掘算法被引量：1
- 2014年
- 疾病表型通常会受SNP位点调控,挖掘疾病表型与SNP位点间的关联规则有助于提供个性化分子诊疗方案。由于SNP位点具有遗传异质性,在挖掘疾病表型与SNP位点间的关联规则时,需要将最小支持度阈值设为较低值,甚至是0,又由于SNP位点数据量庞大,这会使得关联规则算法时间复杂度极高。为此,提出了HEMAPS算法,通过使用线程并行处理和垂直数据格式改进Apriori算法。此外,为解决质量性状表型样本比例不平衡问题,提出了一种新的关联规则评价指标——匹配度。实验结果表明,HEMAPS算法的时间复杂度比Apriori算法明显降低。
- 胡建龙邵峰晶吴舜尧
- 关键词：多线程并行APRIORI算法匹配度
- 基于差异网络的遗传病病理提取方法研究
- 2017年
- 为了从复杂的生物测序数据中提取遗传病的发病机理,本文提出了基于位点基因型互作网络的遗传病病理提取方法,并建立位点基因型互作网络。为验证该方法的有效性,以人类原发性视网膜色素变性病例及对照组的基因测序数据为例,建立病例组与对照组的位点基因型互作网络。同时,对这两个网络的节点数量及拓扑性质进行差异性分析,并根据提取开关连接与保守连接的算法,分析比较RP1L1与KIF7开关。分析结果表明,开关RP1L1与KIF7跟人类视网膜色素变性存在较强相关。该研究对提取人类视网膜色素变性疾病的发病机理具有现实的生物学意义。
- 艾文文邵峰晶胡建龙孙仁诚吴舜尧
