丁妍
- 作品数：8 被引量：13H指数：2
- 供职机构：太和医院生命科学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖北省教育厅科学技术研究项目国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基于加权基因共表达网络探索喉癌干性关键基因
- 2024年
- 目的采用肿瘤干性指数mRNAsi筛选喉癌相关基因,为喉癌相关研究提供新思路。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载喉癌mRNA表达谱,采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)构建基因共表达网络模块,得到干性最显著模块的差异表达基因。采用Cox回归和最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)算法建立风险曲线,基于肿瘤免疫功能障碍与排斥(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion,TIDE)数据库采用单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)探索交集基因的免疫浸润模式,基于CellMiner数据库分析基因药物敏感性,运用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)富集关键基因在喉癌所参与的功能和信号通路。结果通过WGCNA共构建30个喉癌共表达基因模块,选择浅黄色和紫色共表达基因模块进行Cox回归分析。LASSO算法构建模型筛选得到MTHFD2和TBX2基因,并构建风险曲线,其与浆细胞样树突状细胞(plasmacytoid dendritic cells,pDCs)和辅助性T细胞2(T helper 2 cell,Th2)免疫细胞相关,且低风险组的TIDE评分明显高于高风险组,达沙替尼与基因耐药性增加相关,功能富集显示关键基因可能与角化细胞相关。结论MTHFD2和TBX2基因可作为喉癌mRNAsi相关生物标志物。
- 昝雨欣丁妍
- 关键词：喉癌肿瘤干细胞
- TBX2基因在头颈鳞癌中甲基化相关的预后分析
- 2024年
- 目的探究TBX2基因与头颈鳞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的关系,分析甲基化预后的价值。方法综合利用UCSC Xena数据库、基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库、UALCAN数据库挖掘TBX2基因的表达、DNA甲基化和临床相关性,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)法富集TBX2在HNSCC中所参与的信号通路。结果TBX2基因在HNSCC中高表达,TBX2基因高、低表达组HNSCC患者的总生存率(overall survival,OS)无明显差异,但HNSCC中TBX2基因的表达与临床分级分期有关。TBX2基因某些cg位点的低甲基化水平与较差的OS和无进展生存期(progression free survival,PFS)密切相关。GSEA结果显示,TBX2基因主要参与钙信号通路、黏着斑、蛋白酶体等多条通路。结论TBX2基因可作为HNSCC特异性诊断和预后的生物标志物。
- 昝雨欣丁妍
- 关键词：甲基化头颈鳞癌预后
- TBX2在葡萄膜黑色素瘤的预后和机制探索
- 2023年
- 目的:探究T盒转录因子2(T-box transcription factor 2,TBX2)在葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)中的表达水平、生存预后、免疫浸润相关性。方法:首先通过TIMER2.0数据库分析正常组织和肿瘤组织中TBX2表达和临床特征,从UCSC Xena数据库下载泛癌的生存数据,使用Cox比例风险模型和Kaplan-Meier曲线分析评估TBX2对预后的预测价值。然后使用cBioPortal数据库分析人源TBX2突变前后生存改变,通过BloodSpot和TIMER2.0数据库探究TBX2与癌症免疫浸润之间的相关性。癌症单细胞状态图谱和基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)探究其表达与分子机制的相关性。结果:15种肿瘤类型的TBX2 mRNA表达水平显著改变,TBX2是肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma,ACC)、肾乳头状细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)、UVM典型的生存预后标志物。其突变与生存状态无明显相关性,在UVM中T淋巴细胞浸润水平提高导致不良预后风险升高。此外,在UVM中TBX2通路富集至ATP结合盒(ATP-binding cassee transporter,ABC)转运蛋白、DNA修复和损伤。结论:TBX2在UVM的生存和免疫浸润中起着关键作用,将来可能作为一种UVM预后及免疫治疗效果的预测因子。
- 昝雨欣毛爱秋丁妍
- 关键词：预后免疫生物信息学葡萄膜黑色素瘤
- BHA诱导人脐带间充质干细胞分化为神经细胞被引量：7
- 2013年
- 目的:探讨丁基羟基茴香醚(BHA)能否将人脐带间充质干细胞(hUC-MSCs)诱导分化为神经细胞。方法:正常培养的第4代hUC-MSCs利用200μmol.L-1BHA加2 mmol.L-1巯基乙醇(β-ME)进行诱导。每12 h观察细胞形态变化,并于诱导后24和72 h收集细胞,提取RNA,RT-PCR检测基因表达情况,于第3天进行免疫荧光染色。结果:诱导12 h后即有少量细胞发生形态变化,随着时间的推移变化越来越明显,72 h时绝大部分细胞都已变成神经细胞形态。免疫荧光染色nestin、GFAP及NSE阳性。RT-PCR检测诱导后24 h开始有nestin、MAP及NF-L表达,72 h后nestin和NF-L表达减少,MAP表达增强,同时NeuroD1也有较强表达,表明此时已分化为成熟的神经元细胞。结论:BHA能快速地将hUC-MSCs诱导分化为神经细胞。
- 王卫民丁妍
- 关键词：人脐带间充质干细胞神经元
- 湖北汉族人群APOC3-455T>C基因多态性与MS的相关性
- 2012年
- 目的探讨载脂蛋白C3(APOC3)-455T>C基因多态性与湖北汉族人群代谢综合征(MS)及血脂的关系。方法采集226例MS患者和258名健康者(对照组)血液用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析APOC3-455T>C基因多态性的分布,并检测其血脂和血糖水平。结果 -455C等位基因在MS与对照组中的分布频率不同,差异有统计学意义(P<0.05)。两组中C等位基因携带者三酰甘油(TG)水平比TT纯合子者高(P<0.05),而高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平比TT纯合子者低。APOC3等位基因是MS独立影响因子(OR=1.987,P=0.038)。结论 POC3-455T>C基因多态性与血脂水平特别是TG及HDL-C有关,APOC3-455C等位基因可能为MS的危险因素。
- 丁妍朱名安朱静卢智勇袁雅红王小莉李东升
- 关键词：代谢综合征X基因
- 代谢综合征患者载脂蛋白A5 c553G/T基因多态性分析被引量：1
- 2011年
- 目的探讨载脂蛋白A5(apoA5)c553G/T基因多态性与代谢综合征(MS)的相关性。方法用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析apoA5 c533G/T位点多态性在203例MS患者和216名体检健康者中的分布,并用酶法检测其血脂和血糖水平。结果 c553T等位基因在高三酰甘油(TG)血症人群中的分布频率明显高于健康对照组(P<0.05)。Logis-tic回归分析显示,apoA5 c553T等位基因对MS高TG血症(OR=3.380,P<0.05)具有独立的影响。MS组和健康对照组apoA5 c553TT纯合子及GT杂合子个体比GG纯合子个体具有高TG水平。结论 apoA5 c553G/T基因多态性与血浆TG具有相关性,apoA5 c553T等位基因可能为MS的危险因素。
- 丁妍朱名安朱静卢智勇袁雅红王小莉李东升
- 关键词：代谢综合征载脂蛋白A5多态性
- 剪应力对大鼠骨髓间充质干细胞基质金属蛋白酶-9基因表达的影响被引量：3
- 2010年
- 探讨力学因素对大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)中基质金属蛋白酶-9(MMP-9)基因表达的影响及可能的信号机制。体外分离培养大鼠骨髓MSCs;利用平行平板流动腔力学加载装置,对细胞进行低(5 dyne/cm2)、中(15dyne/cm2)和高(30 dyne/cm2)不同剪应力的刺激,采用RT-PCR技术分析MMP-9基因的表达;利用Wortmannin(PI3K特异性抑制剂)、SB202190(P38MAPK特异性抑制剂)和PD98059(ERK1/2MAPK特异性抑制剂)信号阻断剂探讨力学信号传导途径。结果显示:(1)MSCs在未受力状态下MMP-9基因的表达较弱,15 dyne/cm2剪应力作用2 h表达即明显增强,24 h达高峰,呈时间依赖;(2)低、中和高剪应力分别刺激2 h,均可使MSCs MMP-9基因表达增强,其中15 dyne/cm2时最强;(3)用三种信号通路的抑制剂预处理后,SB202190组MMP-9基因表达明显被抑制。以上结果表明:剪应力可诱导MSCs中MMP-9基因表达,其表达量与刺激时间和剪应力的强度密切相关,其中p38MAPK信号通路起关键作用。
- 陈龙菊孙晓东唐杰丁妍李静李文春龚坚王汉琴
- 关键词：剪应力间充质干细胞基质金属蛋白酶力学信号
- 利用Red/ET同源重组构建新型CCR5Δ32打靶载体被引量：2
- 2017年
- 目的:目前应用TALENs或CRISPR-Cas基因编辑技术修饰CCR5基因以获得抗HIV功能的研究策略基本是破坏CCR5基因而不是制造CCR5Δ32这样天然存在的抗HIV基因型。为此,我们尝试通过细菌内同源重组技术构建一个新颖的CCR5Δ32的打靶载体,以便能够用于制备CCR5Δ32基因突变细胞系。方法:首先利用Red/ET同源重组系统将rpsl-neo片段插入细菌人工染色体(BAC)的CCR5基因中,随后再次利用同源重组将一个不含32 bp区域的非选择性52 bp片段替换该rpsl-neo片段,从而将BAC中的CCR5基因改造成CCR5Δ32基因型,最后将loxp-neo-loxp抗性基因插入CCR5基因的第2内含子区域,制备出含有抗性基因的CCR5Δ32打靶载体,该载体可在Cre酶作用下删除neo基因但只留下一个loxp在基因的内含子区。结果:rpsl-neo片段成功插入CCR5之Δ32区并为非选择性52 bp片段替换,loxp-neo-loxp成功插入内含子区。结论:通过Red/ET同源重组技术获得CCR5Δ32-loxp-neo-loxp打靶载体。
- 卢智勇杨卓顺丁妍袁雅红王小莉于莉李东升
- 关键词：细菌人工染色体CCR5同源重组
