刘旭东
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：湖南农业大学农学院油料作物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖南省研究生科研创新项目国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析被引量：1
- 2016年
- 为获得高精确度的芥菜型油菜A 9染色体物理图,本研究利用定位在A 9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行三维混合PCR筛选,共得到阳性BAC 3200个;构建了由1 6 个重叠群、5 个单拷贝组成的芥菜型油菜A 9染色体物理图谱.根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 4 3 5 个,并进行双末端测序,得到质量良好的序列862条;按照BAC平均插人片段为126 k b ,可知所有重叠群累积达52. 08 M,覆盖A 9染色体的1. 37倍.利用BLAST软件（ 按参数值E 〈 1e - 10）将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A 9 染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了 36. 4 、31. 0 M b的物理距离,相当于全基因组组装长度的93. 9 % 、91. 8% ;在862条BESs中,分别有702条（81. 40% ） 定位在白菜A 9染色体上,6 4 6 条（74. 9% ） 定位在甘蓝型油菜A 9染色体上,表明芥菜型油菜A 9染色体同白菜A 9染色体同源性高于甘蓝型油菜A 9染色体;芥菜型油菜A 9染色体同甘蓝型油菜A 9染色体,相对白菜A 9染色体6413031-7827177、14856710 - 18458808的位置发生了两处相同的分别长为1 .4 、3. 6 M b的倒位,白菜和芥菜型油菜A 9 染色体相对于甘蓝型油菜15676847 - 16064302的区域存在长为0.98 M b的插人片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致.
- 刘芳瑛陆赢王卓刘显军胡学芳刘旭东徐海鹏刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜物理图谱比较基因组
- 芥菜型油菜A9染色体黄籽基因区域BAC重叠群的构建被引量：2
- 2012年
- A9染色体是芸薹属植物A基因组最长的染色体(序列约37 Mb),具有控制种子大小、种皮颜色、硫苷合成、油脂合成等重要性状的基因。利用芥菜型油菜A9染色体黄籽性状共分离标记A9-88和A9-32对已经构建的ZBjH BAC文库进行PCR步移筛选,共筛选出BAC 752个,测序395个,得到BAC末端序列674条,利用BAC末端序列设计引物533对,此外利用白菜已经公布的序列设计SSR引物38对、STS引物15对,构建了芥菜型油菜黄籽基因区域估算长约2.2 Mb的BAC重叠群。
- 王卓袁玉辉胡学芳刘显军刘旭东刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜
- 芥菜型油菜A09染色体BAC重叠群的构建及分析
- 2014年
- 利用定位在芥菜型油菜A09染色体上的分子标记对芥菜型油菜(Brassica juncea)ZBjuH BAC文库进行PCR步移筛选。共筛选出725个BAC,测定了315个BAC的末端序列,获得564条BAC末端序列,BLAST分析表明这些末端序列对应白菜(Brassica rapa)基因组序列支架45、支架81、支架40,支架134、支架145和支架59的同源区域,构建了芥菜型油菜A09染色体大约6.3 Mb的BAC重叠群,为芥菜型油菜A09染色体物理图谱构建奠定了基础。
- 刘旭东陆赢刘显军胡学芳徐海鹏刘芳瑛刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜染色体
