王天菊
- 作品数：24 被引量：39H指数：4
- 供职机构：陕西省血液中心更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 中国西安地区血小板捐献者HPA及HLA-Ⅰ分型的研究被引量：5
- 2011年
- 为了研究中国西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ分型的分布及多态性,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠技术检测西安地区375位血小板无偿捐献者HPA和HLA-Ⅰ分型并进行统计分析。结果发现,在HPA-1-HPA-17中,HPA-7-HPA-14、HPA-16和HPA-17只有-aa型,不具多态性;仅在HPA-3、HPA-15中检出-bb型。在16个表现型为HPA-5ab中有9个样本同时表达HPA-15ab,另7个样本表达-15bb,未见-15aa表型。此次检出的表型有HPA-1aa-17aa、HPA-1ab、-2ab、-3ab、-3bb、-4ab、-5ab、-6ab、-15ab和-15bb。在375人中可观察到16种HLA-A特异性,占该座位可检出表型特异性的76%(16/21),其中大于1%的有11种;观察到36种HLA-B特异性,占该座位可检出表型特异性的84%(36/43),其中大于1%的有23种,均涵盖在中国北方地区HLA-Ⅰ特异性常见型里。在375人中观察到HLA-A-B单体型264种,频率大于1%的有30种。结论:西安地区人群HPA和HLA-Ⅰ基因多态性基本符合中国北方地区分布情况,但具有西安地区特点。
- 王小芳刘孟黎周党侠齐珺刘晟王天菊
- 关键词：血小板HPA
- HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究被引量：8
- 2018年
- 目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,DRB1高分辨分型,运用Arleguin 3.5.2软件计算基因频率及单体型频率,病例对照研究计算疾病比值比(ocld ratio,OR);用Swiss-Model对差异HLA分子进行同源建模,Swiss-Pdb Viewer v4.1软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:经χ~2检验、连续校正显示,AML组(n=189)的A*02:07(8.47%vs 5.28%,P=0.013)、A*29:01(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*07:02(5.29%vs 3.10%,P=0.029)、B*07:05:01G(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*35:02(1.06%vs 0.20%,P=0.023)的基因频率高于对照组,而AML组的A*02:03频率则低于对照组(0.79%vs 3.10%,P=0.011)。CML组(n=70)的B*46:01频率低于对照组(2.86%vs 7.82%,P=0.031),但上述等位基因经Bonferroni校正后,均显示无统计学差异。经Fisher精确概率检验和Bonferroni校正,DRB1*11:28及其单体型A*24:02-B*15:01-DRB1*11:28频率在陕西籍CML患者中显著升高(1.43%vs 0.00%,Pc'=0.015;1.43%vs 0.00%,P=0.003)。Swiss-Pdb Viewer v 4.1软件计算DRB1*11:28和DRB1*11:01分子肽结合区主链间均方根偏差(RMSD)为0.09 nm。经Bonferroni校正单体型A*03:01-B*50:01-DRB1*07:01和A*11:01-B*40:06-DRB1*09:01分别在AML和CML患者中频率显著升高(1.06%vs 0.00%,Pc=0.000;2.86%vs 0.07%,Pc=0.000),与白血病呈正相关(OR=59.66,95%CI=3.21-1110.39;OR=42.91,95%CI=7.07-260.32)。结论:北方汉族AML和CML患者携带有特定的易感单体型,DRB1*11:28与CML发病呈正相关,可能不能有效结合并提呈bcr-abl肽段给CD4^+T细胞,是北方汉族尤其陕西籍发生CML的易感基因(OR=89.62,95%CI=4.28-1875.87),并与其特定单体型关联。
- 齐珺王天菊陈利萍王满妮武君华杜丹
- 关键词：髓系白血病人类白细胞抗原北方汉族单体型基因频率比值比
- 陕西地区血小板HLA/HPA基因供者库的建库评估及应用策略被引量：4
- 2022年
- 目的探讨陕西地区血小板HLA/HPA基因供者库合适的库容水平及匹配概率,为本地区血小板供者库的建设、维护及应用提供数据支持。方法以11755名中华骨髓库陕西分库造血干细胞志愿捐献者、401名和249名陕西地区无血缘关系多次单采血小板捐献者为对象,分别进行HLA基因多态性分析、HPA基因分型和CD36抗原检测,应用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA、HPA基因频率及单体型频率,并根据表型频率计算找到HLA、HPA全匹配供者概率,评估库容水平。结果获得了陕西地区HLA-A、-B及HPA1-6、10、15、21表型群体多态性资料,在249例健康捐献者中检测到CD36抗原Ⅰ型和Ⅱ型缺失频率均为0.40%(1/249);计算推导得到当血小板供者库库容为194人时,患者有95%的把握能在该库中找到至少1名HPA1-6、10、15、21全匹配供者;1个1500人的血小板供者库有95%的概率可以找到1名HLA-A-B表型频率>0.002或单体型频率>0.001的相同供者,而找到任何1个交叉反应组(CREG)匹配的供者概率应在44.95%~97.57%之间;当供者数为8856、15033时,患者找到1名HLA表型相同的供者的概率可提高至80%和90%。结论在可靠的群体性多态性资料的支撑下,不同地区人群HLA/HPA的分布差异使得各地血小板供者库的建库模式和最适库容不尽相同,有必要应用多种血小板配合型输注策略扩大供者选择范围,从而有效降低建库成本和资源需求。
- 齐珺李昱辉王天菊李凤琴武君华尚利侠陈乐王满妮房婕徐华
- 关键词：人类白细胞抗原血小板特异性抗原血小板输注无效
- HLA-DPB1 TCE错配及表达模型在同胞相合造血干细胞移植中的评估被引量：2
- 2020年
- 目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan■ 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对64对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1 10/10相合的同胞供受者进行HLA-DPB1基因分型和新等位基因的确证,对DPB1错配供受者rs9277534 SNP位点进行测序,依据DPB1 T-Cell Epitope Algorithm version 3.0和rs9277534基因型进行TCE模型和表达模型预测。结果在64例HSCT受者中共计检出14种DPB1等位基因,其中DPB1*05∶01∶01G、DPB1*02∶01和DPB1*04∶01∶01G频率分布最高,分别占31.25%、20.31%和16.41%;发现新等位基因1例,于2020年6月26日被正式命名为HLA-DPB1*1120∶01;检出的3对错配供受者均为单一DPB1位点不合,DPB1座位热点交换率为4.69%,且均为不允许错配(non-PM);rs9277534基因型分别为AG/AG、AG/GG和AA/AG,供受对1较供受对2和3可能存在更高发生急性移植物抗宿主病(aGVHD)的风险。结论同胞相合HSCT中仍需关注HLA-DPB1呈现的TCE不允许错配及表达模型所预示的移植后风险。
- 齐珺王天菊郝剑尚利侠王满妮武君华陈乐王小芳房婕李恒新
- 关键词：造血干细胞移植HLA-DPB1T细胞表位急性移植物抗宿主病
- 罕见等位基因HLA-C~*08:84序列及蛋白分子三维结构模拟分析
- 目的鉴定分析1例人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因C~*08:84,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响,对其在造血干细胞移植错配中可能的影响进行初步探讨和分析。方法应用直接...
- 王天菊齐珺李恒新郝剑王小芳王满妮房婕武君华尚利侠陈乐
- 罕见等位基因HLA-C*08:84碱基序列和蛋白分子三维结构分析
- 2021年
- 目的鉴定1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)罕见等位基因C*08:84,并调查该基因的家系遗传情况,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响。方法应用单核苷酸序列分析、序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应及单等位基因组特异性测序确定HLA-C分型并对该基因的先证者进行家系调查。应用Swiss-Model服务器,Phyre2和FATCAT在线软件对其三级结构进行模拟分析,对差异氨基酸结构和所处位置及可能的影响进行推测。结果家系分析表明HLA-C*08:84来自先证者母亲,与同源性最高的HLA-C*08:01相比较存在g.512G>C(p.Trp147Ser)变异。其编码三级结构模拟分析表明氨基酸变异位置为α2链,该位置参与构成抗原多肽结合凹槽F。C*08:84与C*08:01、C*08:02、C*08:03、C*08:22肽结合区182个氨基酸主链分子间抗原结合槽均方根偏差(RMSD)分别为1.70 nm、1.79 nm、0.71 nm、1.70 nm。结论确认并分析了罕见等位基因C*08:84,对其临床意义进行初步探讨和分析。
- 王天菊齐珺李恒新郝剑王小芳王满妮房婕武君华尚利侠陈乐
- 关键词：人类白细胞抗原
- T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估
- 2024年
- 目的评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan^(■)3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。结果检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1^(*)1052∶01和HLA-DPB1^(*)1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。
- 齐珺王天菊王满妮尚利侠陈乐王小芳李昱辉徐华马超锋
- 关键词：人类白细胞抗原T细胞表位单核苷酸多态性造血干细胞移植
- 基于UCLA DNA交换室间质评的HLA分型策略探讨被引量：1
- 2015年
- 目的探讨提高HLA分型精准性的策略。方法采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术、聚合酶链反应-测序分型方法和针对组特异性的序列特异性引物扩增和杂合性模棱两可引物分离法等方法对2009-2014年288份HLA质控品进行HLA低/中/高分辨分型并回报每期结果。结果 HLA分型精准性随着分型方法及试剂的改进更新不断提高,自2011年质控品高分辨提交比例升高至60.6%-94.1%;分型方法的限制性和等位基因指定性错误是导致质控中错检漏检的常见原因。288份质控品检出的等位基因中,仅HLA-A*26∶05、B*08∶12、B*53∶10不包含在美国组织相容性和免疫遗传协会常见及确认的等位基因表2.0内,且A、B、DRB1座位分别有8、22和14个等位基因不包含在中国CWD2.0表内。结论 HLA分型方法试剂的更新换代和实验室质控水平的提升是室间质评分辨度和符合率大幅提高的根本原因。样品因地域种族差异,常呈现出中国人少见或罕见的HLA表型或单体型,ASHI及中国CWD、单体型频率、罕见等位基因频率等群体性资料和生物信息学仍是极具参考价值的数据平台。
- 齐珺刘孟黎王小芳王天菊陈利萍王满妮叶世辉
- 关键词：HLA分型室间质评等位基因单体型频率
- 一组引物以及HLA-DPB1基因测序分型的检测方法
- 本发明公开了一组引物以及HLA‑DPB1基因测序分型的检测方法，包括2对特异性扩增引物和5条寡核苷酸测序引物。该方法包括PCR扩增、电泳检测PCR产物、PCR产物纯化、测序反应、测序产物醋酸钠‑乙醇沉淀法纯化、上机测序和...
- 齐珺王天菊李恒新赵京文尚利侠武君华陈乐王满妮王小芳房婕
- 文献传递
- 陕西地区HLA确认和罕见等位基因及单体型研究
- 2017年
- 目的本研究分析陕西地区1 276例临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1高分辨分型结果中确认等位基因(Well-Documented alleles)和罕见等位基因(Rare alleles)的检出情况并且总结确认等位基因相关单体型。方法应用PCR-SBT和PCR-SSOP 2种方法对临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 5个位点进行高分辨检测和复核。结果 1 276例患者和供者中共检出48种确认等位基因并且分析总结出11种确认等位基因相关的单体型,检测出5个罕见等位基因HLA-A*11∶140、B*07∶248、C*08∶125、DQB1*06∶103和DQB1*06∶117,其中C*08∶125在同1个家族姐弟中被检出3次。结论在临床检测和分析的过程中,应该不断的记录和统计确认和罕见等位基因,保证中华骨髓库(China Marrow Donor Program,CMDP)HLA基因多态性的不断丰富,有助于中国CWD表的不断完善。对确认和罕见等位基因相关单体型总结和分析,为临床指导非亲缘造血干细胞移植供者的选择提供理论依据,保证携带确认和罕见等位基因的患者最大可能的找到匹配的供者。
- 王天菊齐珺陈利萍王小芳王满妮
- 关键词：人类白细胞抗原单体型
