丁磊
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：中国科学院计算机网络信息中心更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划中国科学院战略性先导科技专项更多>>
- 相关领域：经济管理理学自动化与计算机技术更多>>
- 基于分子指纹的中药分子作用网络分析系统的研究与实现被引量：1
- 2016年
- 近年来,从传统中药中寻找活性成分成为研发新药的有效途径,而对中药分子作用机制的研究将显著提高筛选的准确性。本文在前期的研究基础上实现了中药成分的靶标预测、根据预测靶标构建成分-靶标网络、利用网络特征实现分子网络的筛选和分析等核心分析方法,设计了一种高效、易用的中药分子作用网络自动化分析系统。用户可以通过web的方式方便的获取中药成分数据,并利用本系统对所需的中药数据进行靶标预测和分子网络研究与分析。
- 丁磊于建军付岩许海玉刘振明张彦琼杨洪军
- 关键词：传统中药分子指纹网络分析蛋白质相互作用
- 基于Charm++的并行FMM实现
- 2020年
- 【目的】为了利用Charm++的过分解与运行时迁移特性,提高FMM的并行执行效率,本文在Charm++上完成了FMM的并行实现。【方法】通过分析通信、并行任务分解、异步调用转化,采用SDAG实现了基本通信函数,并利用LPT近似策略达到了负载均衡,最终实现了并行FMM。【结果】测试结果表明,FMM的Charm++实现的计算精度与MPI实现完全相同,在千核规模上的执行速度优于MPI实现。过分解与负载均衡策略在粒子分布不均的情况下减少了10%的运行时间。【局限】目前的实现没有利用Charm++共享内存的结构,仍有优化的空间,负载均衡策略较为简单。【结论】本文给出了一个较为通用的MPI风格程序向Charm++转化的策略,并证明了Charm++的过分解与负载均衡策略对FMM有加速效果。
- 丁磊王武王武姜金荣
- 关键词：FMM负载均衡
