池振奋
- 作品数：3 被引量：13H指数：1
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金云南省应用基础研究计划面上项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- TALENs新型模块组装法及活性鉴定方法
- 2016年
- 旨在提供一种新型的转录激活样效应子核酸酶(Transcription activator-like effector nucleases,TALENs)模块组装法(Unit assembly,UA)及活性鉴定方法。利用TALE-NT 2.0在线工具在线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mt DNA)设计TALENs识别位点和剪切位点,借助p EGFP-N1质粒将该段靶序列随机整合于HEK293F核基因组中,构建HEK293F-T1细胞系,用于TALENs活性鉴定。依据转录激活样效应子(Transcription activator-like effectors,TALEs)自然单元模块序列,设计出一种新型的人工TALEs偏单元;根据TALENs识别位点,选取相应一单元模块,利用UA法组装;并设计出含有相应双酶切位点的TALEs串联模块序列和TALENs载体序列,定向连接后瞬时转染HEK293F-T1细胞系。结果显示,新型模块组装法定向组装TALEs模块,克隆效率高且瞬时转染后可看到清晰的套峰。结果表明,新型模块组装方法提高了TALENs构建过程中的克隆效率,并且不受末位0.5模块的RVD(repeat-variable diresidue)限制,增加了靶序列设计的灵活性。
- 高敬魏迪池振奋张癸荣张万明聂凌云
- 关键词：线粒体DNA
- 74种鸟类线粒体基因组碱基组成及特征分析被引量：13
- 2009年
- 在鸟类线粒体基因组中，不同物种的线粒体碱基组成和特性存在明显的差异。截至2008年5月，Gen-Bank细胞器基因组资源数据库共公布了74种鸟类线粒体全基因组数据。本研究利用已公布的鸟类线粒体基因组全序列分析其碱基组成特征。结果表明：（1）鸟类线粒体基因组密码子第2位的GC含量值波动范围十分狭窄，而密码子第3位的GC含量值波动范围很大。（2）密码子第3位碱基中C的含量波动范围较大，为32．60％～50．70％。（3）线粒体基因组GC含量主要由密码子第3位的碱基C和T的变化引起。（4）密码子第3位碱基的GC含量与线粒体基因组的GC含量的变化存在相关性。本次结果为今后深入研究鸟类线粒体基因组提供了一定的借鉴和参考资料。
- 高英凯苗永旺苏小茜池振奋俞赟姜枫
- 关键词：鸟类线粒体基因组碱基组成GC含量
- 一种检测线粒体核酸酶靶向剪切活性的新方法
- 2015年
- 旨在建立一种简便检测线粒体DNA(mt DNA)核酸酶靶向剪切活性的方法。利用转基因技术,将一段含有两个靶向目标序列(T1、T2)的线粒体DNA序列随机整合到宿主基因组中,通过实时荧光定量PCR筛选单拷贝或低拷贝的单克隆转基因细胞株。将含有T1、T2的CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas9质粒分别瞬时转染到所选细胞株中,靶向剪切核基因组,在靶向目标序列处造成DNA双链断裂,引发非同源末端连接修复机制,引入插入或缺失突变。观察测序峰图,证明两个靶向目标序列T1、T2均有剪切效率,且T1高于T2。建立了一种高效快速检测线粒体核酸酶靶向剪切活性的新方法。
- 魏迪高敬池振奋张癸荣聂凌云
- 关键词：实时荧光定量PCR
