朱芳明
- 作品数：8 被引量：32H指数：4
- 供职机构：西南林业大学更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划国家自然科学基金西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程化学工程更多>>
- 兔眼蓝莓组培红色突变株CHS基因的克隆与分析被引量：2
- 2017年
- 蓝莓Vaccinium spp.果实含有丰富的花青素,但目前对蓝莓花青素合成相关基因的研究还较少。为分析蓝莓花青素合成相关基因,也为今后高花青素含量品种的育种工作提供一定的生物信息学基础,以红色突变兔眼蓝莓Vaccinium ashei为试验材料,采用同源克隆方法 ,克隆到查尔酮合成酶基因(CHS)的cDNA全长。生物信息学分析表明:该基因cDNA全长1 398 bp,有1个1 170 bp的完整开放阅读框(ORF),编码389个氨基酸。与杜鹃Rhododendron simsii,山茶Camellia japonica,红花油茶Camellia chekiangoleosa,中华猕猴桃Actinidia chinensis,高丛蓝莓Vaccinium corymbosum,苹果Malus domestica的CHS基因同源性分别为90%,83%,83%,83%,83%与82%。兔眼蓝莓CHS基因编码的蛋白不存在信号肽,无跨膜结构域,定位于细胞质中,肽链表现为疏水性,α-螺旋和随机卷曲是其蛋白质二级结构中量最大的结构元件,β-转角和β-折叠散布于整个蛋白质中,对编码的蛋白的结构域预测显示该蛋白含有类似查尔酮合成酶超家族(CHS-like超家族)结构域。由此推测:兔眼蓝莓CHS基因是高度保守的,表达的蛋白为疏水性蛋白,是一种结构和性质都相对稳定的蛋白。
- 刘艳艳朱芳明刘小珍张汉尧
- 关键词：生物信息学兔眼蓝莓CHS花青素
- 梅奇酵母属ITS序列分析被引量：1
- 2013年
- 本文分析了梅奇酵母属Metschnikowia chrysoperlae JA30与其同属已知菌种的属内种间系统发育关系。提取M.chrysoperlae JA30的基因DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,运用邻接距离距阵法,建立梅奇酵母属共33种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,梅奇酵母属的M.chrysoperlae、M.pulcherrima、M.fructicola在ITS基因序列上的差异表现为种内变异水平,这与传统分类的结论存在分歧。
- 吴慧张太奎朱芳明张汉尧
- 关键词：ITS序列系统发育树亲缘关系
- 基于DNA序列分析的刚竹属系统树构建被引量：7
- 2015年
- 提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关系接近的刚竹属6个种、牡竹属3个种共22个竹种基于ITS序列的系统发育树和刚竹属7个种、牡竹属3个种共23个竹种基于mat K的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果显示,实验所用的大部分竹种分类结果与传统分类类似,但黄纹竹、毛竹与其他刚竹属竹种的遗传距离较远,却与牡竹属的竹种聚类,与传统分类相左。通过测序分析认为其为杂种的可能性较高,并由此推测杂种的存在是造成竹子分子分类困难的一大原因。
- 朱芳明杜建伟周国贤张汉尧
- 关键词：刚竹属ITSMAT系统发育树
- 贝酵母SSU1基因的克隆与分析被引量：4
- 2014年
- 目的:克隆贝酵母SSU1基因,对其进行序列分析。方法:采用PCR技术首次在贝酵母基因组DNA中对SSU1基因序列进行全长克隆,用NCBI、ExPASy等网络数据库和ANTHEPROT等分子生物学软件分析其序列,对其功能进行预测,建立基于SSU1同源基因的系统发育树,对其分子进化进行分析。结果:克隆得到贝酵母SSU1基因,全长872 bp,包含1个387 bp的开放阅读框,编码126个氨基酸,其疏水性大于亲水性。编码的蛋白质不存在信号肽及卷曲螺旋结构,而含有跨膜区域。该蛋白为单链蛋白,主要由无规则卷曲和α-螺旋构成。基因编码的蛋白含有1个亚硫酸盐敏感蛋白SSU1及其运载体蛋白酶的TDT家族和1个TehA功能域。贝酵母与巴斯德酵母遗传关系较近。结论:贝酵母SSU1基因编码的质膜蛋白为疏水性转运蛋白,具有调节亚硫酸盐代谢的功能,是酿酒酵母中1个重要的亚硫酸盐调控基因。
- 张太奎朱芳明刘小珍张汉尧
- 柳属植物ITS序列分析被引量：6
- 2012年
- 本文分析了垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳以及其他柳属植物属内种间系统发育关系。提取垂柳、曲枝垂柳和龙爪柳基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将植物内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,应用邻接距离距阵法,建立柳属共19种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳应属于同一种,其关系为种内变异水平,与经典分类方法中垂柳与旱柳为两个不同种存在分歧。
- 刘明航朱芳明刘峥张汉尧
- 关键词：柳属ITS序列系统发育树亲缘关系
- 10种观赏植物查尔酮合成酶基因生物信息学分析被引量：7
- 2013年
- 运用分子生物学软件对金花茶、菊花、杜鹃、荷花、金银花、贯叶金丝桃、牡丹、龙胆、桃树、兜兰10种观赏植物的查尔酮合成酶基因(CHS)进行核酸序列预测和分析,采用邻接距离矩阵法构建了系统发育树,并进行系统发育分析,结果表明,(1)观赏植物查尔酮合成酶基因所编码蛋白质为稳定的疏水性单链蛋白质,以α-螺旋和无规则卷曲为主;(2)可能在游离核糖体上合成后不经蛋白转运,直接在细胞质基质的特定部位中行使催化功能;(3)查尔酮合成酶的作用机制可能与组织特异性和发育阶段以及对外界不同刺激敏感程度相关;(4)查尔酮合成酶基因具有超基因家族,CHS基因在进化中存在基因重复与分歧,其保守性好,除桃树有2个外显子,其余植物只有1个外显子,且几种植物的CHS外显子剪切位点不同;(5)龙胆与其他植物的关系较远,杜鹃与金花茶、牡丹与菊花的关系都较近。
- 张太奎刘峥朱芳明张汉尧
- 关键词：观赏植物查尔酮合成酶蛋白质生物信息学
- 果树果实保鲜力强弱标记基因ACO被引量：2
- 2015年
- 果树果实的成熟期与保鲜是影响其经济价值的重要因素,ACC氧化酶是植物乙烯合成途径中的重要酶,催化ACC合成乙烯,进而催化果实的成熟。研究ACC氧化酶基因(ACO)对标记和提高果实的保鲜力具有重要意义。本研究对中华猕猴桃(Actinidia chinensis)、美味猕猴桃(Actinidia deliciosa)、杏(Prunus armeniaca)、葡萄(Vitis vinifera)、苹果(Malus domestica)、西洋梨(Pyrus communis)、沙梨(Pyrus pyrifolia)、桃(Prunus persica)、梅(Prunus mume)、大蕉(Musa ABB)10种果树的ACO基因进行氨基酸序列、蛋白质理化性质及结构、系统发育等生物信息学进行分析,并对这10种果树进行聚类。结果表明:(1)苹果较梅更耐储藏,桃与杏保鲜能力相当,西洋梨和沙梨保鲜力相当,中华猕猴桃和美味猕猴桃保鲜力相当;(2)ACO基因可用于同科物种间保鲜能力的选择,这可能与ACO基因编码氨基酸序列18位点处变异、2OG-Fe II Oxy基因家族的高度保守和ACO的多元作用机制有关;(3)ACO的作用机制为在游离核糖体上合成稳定的亲水性蛋白质后,不经蛋白转运,直接在细胞膜内表面氧化ACC合成乙烯,受基因型和外界刺激的多重影响。因此,果树ACO基因可用于属间物种间果实保鲜能力的选择,是一个重要的功能基因。
- 张太奎纵丹朱芳明贺笑刘惠民张汉尧
- 关键词：果树乙烯生物信息学果实保鲜
- 兔眼蓝莓快繁技术研究被引量：4
- 2016年
- 以兔眼蓝莓品种‘园蓝’、‘杰兔’、‘灿烂’茎段为材料,进行组织培养试验,成功建立起高效的组织培养技术体系。结果表明:不同植物生长调节剂对兔眼蓝莓不定芽的增殖影响不同,其中ZT在不定芽增殖中是主导因子,ZT浓度2.0 mg/L,最适宜兔眼蓝莓不定芽的诱导增殖;NAA对苗高有明显的影响,NAA浓度高于0.005 mg/L时,随着NAA浓度的升高,苗高会出现显著的降低;品种差异对不定芽诱导没有明显的影响。兔眼蓝莓不定芽增殖的最优条件为WPM+2.0 mg/L ZT+0.010 mg/L NAA,增殖系数高,达到了4.12,不定芽长势较好。最佳生根培养基为1/2WPM+2.0 mg/L IBA,生根率达到了92.10%,生根数多,根的长势良好。
- 朱芳明张太奎刘惠民刘小珍张汉尧
- 关键词：兔眼蓝莓快繁体系
