王久利
- 作品数：20 被引量：55H指数：5
- 供职机构：中国科学院西北高原生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目青海省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学文学建筑科学更多>>
- 青藏高原地区山生柳遗传多样性研究被引量：7
- 2019年
- 利用叶绿体非编码区片段研究分布于青藏高原地区的山生柳居群遗传多样性,对未来山生柳生态环境和青藏高原地区物种丰富度的保护具有指导意义。该研究设计并筛选出cpDNA引物5′trnG2G-3′trnG(UUC)和5′rpS12-rpL20,用扩增出的片段和对应的联合片段进行后续的遗传多样性分析。结果表明:通过山生柳的联合片段检测到35种单倍型,单倍型多态性0.626,核苷酸多态性0.00085。中性检验Tajima’sD(-2.28670,P<0.01)和Fu’sFs(-5.29805,P<0.02)都是显著负值,推测山生柳个体数近期经历过扩张。AMOVA分析显示,居群内和居群间遗传变异分别为93.70%和6.30%,表明居群内的变异是山生柳遗传变异的主要来源。居群间遗传分化程度中等偏低(FST=0.063),基因流(Nm)为7.439,说明山生柳各居群的基因交流非常频繁,不同地理居群间存在一定的基因流动。遗传分化系数NST(0.075)大于GST(0.068)和基于遗传距离和单倍型的UPGMA聚类分析,表明山生柳12个居群分为4组且与居群的地理分布没有明显相关性。山生柳是进行有性繁殖还是无性繁殖主要受环境因素的影响,居群内变异是山生柳遗传变异性的主要来源,居群间基因交流频繁。
- 吴锦杨茜王久利高庆波张发起张发起
- 关键词：基因流青藏高原叶绿体DNA
- 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发被引量：6
- 2014年
- 【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。
- 邢睿高庆波张发起李印虎付鹏程张金华王久利陈世龙
- 关键词：黄绿蜜环菌微卫星青藏高原
- 利用高通量测序分析青藏高原地区青杨的SSR和SNP特征被引量：9
- 2015年
- 利用Illumina Hi SeqTM2000平台对采自青海玉树的青杨进行高通量测序,SSR分析共获得7 067条SSR序列,复合型SSR共525条,发生频率0.149,平均跨度4 531.87 bp。SSR重复类型中,单核苷酸重复类型最多(33.96%);三核苷酸重复类型次之(31.00%);二核苷酸重复类型位居第三(27.69%);四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复类型SSR含量很少(<8%)。二核苷酸重复类型中,AG重复类型所占比例最高,GA次之,CT、TC则紧随其后;三核苷酸重复类型中,AAG重复类型所占比例最高,GAA次之,TTC、AGA、GAG、CAG、TCT、TGG等重复类型数量相近。SNP分析发现,L1A中含SNP 162 343个,L2A中含SNP 229 115个。SNP类型中,转换类型明显高于颠换类型,L1A中转换类型占61.06%,颠换类型占38.94%,L2A中转换类型占61.27%,颠换类型占38.73%。转换类型中,C-T发生频率最高,分别为30.75%、30.66%,A-G发生频率与C-T相差不大,分别为30.31%、30.62%。L1A和L2A中SNPs类型及其发生频率变化趋势基本一致,L2A中与L1A中相对应的同一SNPs类型的数量之比约为2∶1。分析表明,在青杨的遗传多样性中,SNP标记较SSR标记更为可靠。
- 雷淑芸张发起KhanGulzar王久利刘海瑞陈世龙
- 关键词：青杨高通量测序微卫星
- 基于RAD-seq技术的异型花SSR信息分析被引量：11
- 2017年
- 用RAD-seq(restriction-site associated DNA sequencing)对异型花(Sinoswertia tetraptera(Maxiowicz)T.N.Ho,S.W.Liu&J.Q.Liu)进行简化基因组测序,并借此分析异型花的SSR(simple sequence repeats)信息。利用SR search软件甄别所得序列中的SSR,得到了双端各有至少100 bp的SSR位点5 844个,其中5 339个(91.38%)成功设计引物,而三核苷酸SSR位点最多(3 323个);在能成功设计引物的SSR位点中,重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共277种,其中五核苷酸基序种类最多(106种);随机挑选10对SSR引物,用4个异型花居群的32个个体检测检测其可用性和多态性,经PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,有4对(ST2、ST3、ST6和ST10)成功扩增并表现出多态性;经GENEPOP 4.4对4个位点分析,显示其等位基因数量均值为6,多态性较高且不连锁(P<0.01);4个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度均值0.023),该结果归因于异型花主要进行自花授粉,在自然界中很难形成进行自由交配的居群;此外,ST2和ST6可在椭圆叶花锚(Halenia elliptica D.Don)中成功扩增,具有潜在通用性。本研究将为日后基于异型花SSR标记的相关研究提供数据库支持。
- 王久利朱明星徐明行陈世龙张发起
- 关键词：SSR
- 花锚属一新变型——玉花卵萼花锚被引量：3
- 2018年
- 报道了龙胆科卵萼花锚的一个新变型——玉花卵萼花锚。新变型区别于原变型的唯一特征是其花冠为白色,部分花距为黄色。
- 曹倩付鹏程王久利陈世龙周党卫
- 关键词：龙胆科
- 青藏高原地区两种鲜卑花的比较谱系地理学研究
- <正>通过对青藏高原地区特有灌木窄叶鲜卑花Sibiraeaangustata及其近缘类群鲜卑花Sibiraealaevigata的比较谱系地理学研究,探讨青藏高原隆升及更新世以来的冰期运动对该地区物种演化的影响。本研究选...
- 付鹏程高庆波张发起邢睿Gulzar Khan张金华王久利刘海瑞陈世龙
- 关键词：基因流
- 文献传递
- 基于核基因的黄绿卷毛菇系统发育与谱系地理学分析被引量：1
- 2019年
- 黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)隶属于伞菌目(Agaricales)口蘑科(Tricholomataceae)是一种主要分布在青藏高原的产子实体的外生菌根真菌。本研究以青藏高原黄绿卷毛菇(F.luteovirens)的23个野生居群,404个个体为研究对象,利用rDNA三个片段(ITS+5.8 s,IGS-1以及LSU)研究了青藏高原黄绿卷毛菇种內的系统发育关系。研究表明:联合序列共获得15种基因型,基因型多样性(h)的范围从0.374 3(MD)到1.000 0(DR),平均值为0.723 3。歧点分布分析走势呈现单峰曲线,表明黄绿卷毛菇居群近期经历过扩张过程。对黄绿卷毛菇基因型变异的分布模式进行验证,得到NST>GST(p<0.05),表明黄绿卷毛菇基因型之间具有显著地分子系统地理结构。分子变异分析(AMOVA)表明,黄绿卷毛菇的遗传变异主要存在于居群内部(79.17%)。基于MP树和ML树的研究发现基因型H3、H4、H5、H15首先和其他基因型分开,而在贝叶斯分析中则不存在这一分支。没有一个居群拥有特有的基因型,但是就基因型多样性地域分布格局来看,各个基因型的多样性由北向南呈明显的减少趋势。结合软件NETWORK的分析可以知道,几种主要分布在阿尼玛卿山以南的基因型都位于网路结构的边缘,说明这几种基因型是较晚形成的。本研究是对之前利用蛋白质编码基因研究的很好地补充。
- 邢睿徐明行王久利王久利
- 关键词：系统发育谱系地理学菌根真菌
- 獐牙菜亚族植物的系统发育分析被引量：1
- 2021年
- 獐牙菜亚族(subtribe Swertiinae)是龙胆科(Gentianaceae)中分类处理较困难的一个亚族。为探讨该亚族各属之间和属内的系统关系,选取了该亚族86种及变种,采用ML和BI方法对样本的叶绿体基因mat K和rbc L片段进行分析,构建了该亚族的系统发育树,用马尔科夫蒙特卡洛算法(MCMC)的分子序列贝叶斯分析推算了该亚族的关键演化时间点。结果显示:①龙胆亚族和獐牙菜亚族各自为单系,且互为姐妹类群;②獐牙菜属、假龙胆属、肋柱花属和喉毛花属均不是单系群,各属的种在系统发育树上互有交叉,特别是獐牙菜属的多个种分别聚到不同的支上,与其它属是并系关系;③獐牙菜亚族49个种在约4 Ma开始形成;④分子数据支持何廷农分类系统对于獐牙菜亚属和多枝亚属的属间划分,部分支持多枝亚属下多枝组和宽丝组的划分;⑤异型花属、獐牙菜属、假龙胆属、喉毛花和肋柱花属的属间分类以及獐牙菜属肉根亚属密花组的系统位置仍需进一步讨论。
- 曹倩徐隆华王久利王久利陈世龙
- 关键词：CPDNA系统发育龙胆科
- 一种微量液体样品临时载样盒
- 本实用新型提供了一种用于微量液体样品的临时载样盒。其由隔温底盒、弹性双板和具窝载样盖板三个不锈钢为主体材质的主要部件组成，使用时加以Parafilm封口膜、碎冰。将弹性双板放在隔温底盒中，然后在隔温底盒中加满碎冰，再固定...
- 王久利迟晓峰闫京艳魏双陈世龙
- 青藏高原地区两种鲜卑花的比较谱系地理学研究
- 通过对青藏高原地区特有灌木窄叶鲜卑花Sibiraea angustata及其近缘类群鲜卑花Sibiraea laevigata的比较谱系地理学研究,探讨青藏高原隆升及更新世以来的冰期运动对该地区物种演化的影响.本研究选取...
- 付鹏程高庆波张发起邢睿Gulzar Khan张金华王久利刘海瑞陈世龙
- 关键词：基因流
