黄小龙
- 作品数：8 被引量：12H指数：2
- 供职机构：贵州师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：博士科研启动基金贵州省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学文化科学轻工技术与工程更多>>
- 森林草莓Fv CAX基因家族的鉴定及生物学功能分析被引量：1
- 2021年
- CAXs是存在于植物细胞质膜或液泡膜上的多基因家族,能调控Ca2+的平衡,是重要的阳离子转运蛋白。因此,从全基因组水平确定森林草莓中CAX基因家族成员并通过数据库分析CAX家族成员的进化关系和基因结构、分析表达模式和顺式作用元件,可为研究森林草莓中CAX基因家族的功能奠定理论基础。首先获得拟南芥CAX的保守序列作为参考,通过TBtools软件比对得到森林草莓FvCAXs基因家族成员。利用数据库分析家族成员的染色体定位并进行命名,分析得到FvCAXs的理化性质、亚细胞定位、基因结构及保守结构域。比较FvCAXs基因在不同组织及同一组织不同发育时期的表达量并利用R软件对FvCAXs家族的基因表达模式进行可视化分析,通过植物顺式调控数据库分析FvCAXs启动子元件。森林草莓FvCAXs家族包含7个成员,编码427~543个氨基酸、分子量介于47.02~58.82k Da,等电点介于4.90~5.81,且都为疏水性蛋白;大多数位于细胞质膜和液泡膜上,少部分位于叶绿体类囊体膜;进化上森林草莓与月季、苹果的CAX亲缘关系较近。森林草莓FvCAXs具有组织特异性表达特点:Fv CAX1~3和Fv CAX5在整个植株发育时期表达量较低,仅在花发育的部分时期有表达量;Fv CAX6和Fv CAX7在苗期、叶片、花的发育过程和种子的形成过程中表达量都有显著性增加。启动子分析表明,顺式作用元件主要有MYB、Dof(AAAG)、WRKY、W-box和MBS,表明FvCAXs基因家族成员的大多数基因能够参与外界的胁迫反应。
- 闫慧清刘艳晶黄绒孙贵连黄小龙
- 水稻幼苗酵母单杂文库构建及LAZY1上游调控因子筛选被引量：1
- 2023年
- LAZY1通过促进生长素的横向极性运输来调控水稻分蘖角,形成紧密直立的株型,从而提高水稻产量。为了研究LAZY1表达的分子调控机制,本研究利用酵母单杂筛库技术筛选水稻LAZY1的上游调控因子。首先以水稻粳稻品种日本晴基因组DNA为材料,经PCR扩增得到LAZY1的启动子序列,接着连接到pHIS2构建诱饵载体,并转化到AH109酵母菌株得到pHIS2-LAZY1诱饵菌。同时以萌发3 d的日本晴幼苗为材料,采用SMART技术构建cDNA文库,再将纯化的cDNA文库和pGADT7-Rec共转化酵母菌株Y187获得酵母单杂文库菌,接着将上述诱饵菌和文库菌进行接合完成酵母单杂筛库,共筛选得到21个候选的上游调控因子,进一步对其中的转录因子多蛋白桥梁因子OsMBF1进行双荧光素酶实验验证,结果显示OsMBF1可在体内促进LAZY1的转录。本研究得到LAZY1的上游正调控因子OsMBF1,为揭示LAZY1介导的生长素极性运输和分蘖角决定的调控网络提供了理论基础,将有助于揭示水稻由散生变为直立生长的奥秘,具有重要的理论和实践意义。
- 黄小龙孙贵连马丹丹闫慧清
- 关键词：水稻转录因子
- 柑橘属果实中过敏原几丁质酶的表达和B细胞抗原表位的预测
- 2017年
- I类植物的几丁质酶(chitinase)是许多植物性食品中一种非常重要的过敏原,与乳胶-水果综合症有着密切的关系。大部分致敏性植物中的几丁质酶对人体的健康有着潜在的危害。本文以柑橘属中的过敏原几丁质酶为研究对象,通过比较柑橘属中不同来源的果实,如琯溪蜜柚、甜橙和温州蜜柑中的几丁质酶基因表达含量,得到温州蜜柑果实的表达量最高。通过Genebank搜索得到几丁质酶的氨基酸序列,采用同源比对说明在不同的物种中可能会导致交叉过敏的现象。最后利用DNAStar软件预测得到几丁质酶的二级结构,当氨基酸的二级结构是β-转角和无规则卷曲,同时抗原指数>0、柔韧性>0、表面可及性>1和亲水性>0的氨基酸区域时,形成B细胞抗原表位的可能性较大。综合这些参数结果表明几丁质酶的B细胞抗原表位结合氨基酸序列的可能区域是在62~69、96~100、126~133、145~149、155~159、169~172、179~182、189~190、256~262,通过预测氨基酸的区域,为制备相应的抗体、培育低过敏品种等后续研究提供一定的理论依据。
- 闫慧清罗庆华黄小龙
- 关键词：几丁质酶
- 食用芒果过敏的研究进展被引量：6
- 2017年
- 芒果是我国亚热带地区重要经济作物,含有多种功能性成分,然而大部分人群在接触或食用芒果后会出现不同程度的过敏临床反应。本文简单介绍食用芒果导致的过敏反应,包括接触性皮炎、口腔过敏症状、交叉过敏等,并详细阐述了芒果导致过敏现象的两种途径,以及不同过敏原物质、反应类型和发病人体的免疫途径。根据过敏原Allergome数据库(http://www.allergome.org/)分析得到芒果中所含有的9种主要的过敏原,并对其中2种过敏原蛋白,即抑制蛋白和几丁质酶进行了结构域的分析。通过对芒果过敏交叉反应的介绍,得到不同物种中的过敏蛋白氨基酸序列具有高度同源性,而这些同源性序列决定与免疫球蛋白E具有相同作用的表位。本文以期从分子水平上提供芒果低过敏品种培育的新途径和过敏防治的新思路。
- 闫慧清黄小龙马兆成
- 关键词：抑制蛋白几丁质酶
- 森林草莓FvLysM基因家族的生物信息学分析被引量：2
- 2022年
- LysM结构域包含蛋白(LysM domain containing protein)是一类重要的病原菌信号受体蛋白。为了更好地了解森林草莓FvLysM基因家族的成员及其特征,本研究以先获得拟南芥Lys M的保守序列作为参考,通过TBtools软件比对得到森林草莓FvLysM基因家族成员并进行命名;数据库分析家族成员的染色体定位、基因结构;分析得到FvLysM蛋白的理化性质、亚细胞定位;比较FvLysM基因在发育阶段不同时期不同组织的表达量并利用R软件对其表达模式进行可视化;通过植物顺式调控数据库分析FvLysM基因启动子元件。通过鉴定共获得15个森林草莓FvLysM基因,其不均匀地分布在4条染色体上,基因结构和功能结构域较为保守;编码268~682个氨基酸,其分子量介于29311.84~74828.69 kD之间,等电点介于5.11~9.26;绝大多数位于细胞膜上;进化上与苹果的亲缘关系最近。森林草莓FvLysM基因具有组织特异性表达特点:FvLysM5和FvLysM12在整个植株发育时期表达量较高,FvLysM5和FvLysM8可能参与有性生殖;通过启动子分析表明其具有较多与免疫反应和花粉发育相关的顺式作用元件。本研究从全基因组水平确定森林草莓FvLysM基因家族成员并通过数据库分析FvLysM基因家族成员的染色体位置、基因结构、理化性质、进化特征、表达谱以及启动子元件,为进一步研究FvLysM基因在森林草莓病害中的作用及参与生长发育提供了理论依据。
- 刘艳晶孙贵连周琴邹雪梅黄小龙
- 关键词：抗病性
- 水稻C24-甾醇甲基转移酶基因OsSMT2的生物信息学分析被引量：1
- 2020年
- 【目的】为水稻C-24甾醇甲基转移酶基因OsSMT2的进一步研究提供理论参考。【方法】以水稻OsSMT2基因为研究对象,通过生物信息学分析方法,对OsSMT2蛋白质的理化性质、结构特点、共表达基因的富集、启动子的顺式作用元件及表达模式等进行分析。【结果】水稻OsSMT2基因CDS全长1092 bp,编码1个含363个氨基酸的蛋白质,该蛋白质具有甲基转移酶结构域和甾醇甲基转移酶C末端结构域;OsSMT2蛋白质不含信号肽,存在1个跨膜结构域;OsSMT2基因的共表达基因主要富集到DNA的复制过程和次生代谢物的生物合成等途径中,可能参与植物的抗寒和抗旱过程;OsSMT2基因在萌发种子中的表达量最高,在叶片的表达量最低。【结论】水稻OsSMT2基因主要在萌发的种子、胚根、胚芽中高表达,参与水稻DNA复制和细胞分裂的主要过程,可作为水稻抗寒和抗旱育种的候选基因。
- 黄小龙黄小龙闫慧清
- 关键词：水稻生物信息学
