徐荣
- 作品数：15 被引量：24H指数：3
- 供职机构：云南农业大学农学与生物技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金云南省现代农业甘蔗产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 滇重楼根茎数字基因表达谱分析
- 2019年
- 本研究利用高通量测序技术对滇重楼根茎1年生龄段(R1)和3年生龄段(R3)进行基因表达谱分析。结果表明:R3相对于R1,上调的差异基因3 758个,下调的差异基因1 353个;GO数据库显著富集的差异基因涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共53种生理代谢功能;两组样品间差异表达基因涉及COG分类的25个生物学功能类别,其中翻译、核糖体结构和生物合成功能的Unigenes数目最多;KEGG注释表明R1、R3的差异表达基因Pathway涉及到5个功能大类、50个功能小类、2 016条代谢通路。以上研究结果对研究滇重楼根茎生长发育过程中的分子机制具有一定的参考价值。
- 徐永艳徐荣张春华孙永玉熊辉杨汉奇李昆
- 关键词：滇重楼根茎差异基因
- 基于转录组测序的斑茅SaWRKY基因克隆与分析
- 2021年
- 本研究以斑茅(Saccharum arundinaceum)野生种中抗旱性较强的‘斑茅90-14’和抗旱性较弱的‘斑茅82-53’为供试材料,利用转录组测序技术构建干旱处理后的斑茅差异基因表达谱,并筛选出了1个上调表达的WRKY基因。通过荧光定量PCR检测该WRKY转录因子基因在2个供试斑茅材料伸长期的表达模式,结果表明该基因均受干旱诱导上调。利用转录组数据得到的序列片段,结合RT-PCR技术克隆到该基因,命名为SaWRKY,NCBI登录号为MH745130.1;对其进行同源序列比对和系统进化树分析,结果表明:该基因总长度为1001 bp,其中蛋白质编码区(CDS)全长810 bp,编码269个氨基酸;该基因与禾本科同源基因整体相似度高。生物信息学分析结果显示,SaWRKY蛋白分子式为C1218H1936N378O382S12,分子量为28.37 kD,理论等电点为9.12,不稳定系数55.67,预测为不稳定蛋白。疏水性/亲水性预测表明SaWRKY蛋白为亲水蛋白。二级结构预测显示,SaWRKY氨基酸组成包含α螺旋(16.73%)、延伸主链(14.87%)、β转角(4.46%)和无规则卷曲(63.94%),属于不规则结构。本研究结果为进一步阐明SaWRKY基因在斑茅中响应干旱胁迫的生物学功能提供了理论依据。
- 沈先岳肖芙荣曹哲群徐荣孟玉吴清莲李富生何丽莲
- 关键词：斑茅基因克隆干旱胁迫
- 甘蔗与蔗茅杂交亲本及后代材料的抗旱性鉴定被引量：3
- 2020年
- 研究旨在筛选出优良抗旱育种材料,为今后甘蔗抗旱育种和抗旱栽培技术提供重要的理论依据。采用盆栽干旱处理,测定蔗茅野生种无性系、甘蔗栽培品种(系)及其杂交后代共12份材料苗期与抗旱相关的8项生理生化指标,利用极点排序法对供试材料的抗旱性进行了综合评价。结果表明:干旱胁迫下,12份供试材料的Pro、MDA、SS及PMP均呈上升趋势,SP、Chl和SOD活性呈下降趋势,CAT活性有升有降。极点排序法分析表明,12个供试材料的抗旱强弱为:’蔗茅99-2’>’蔗茅99-1’>’蔗茅99-4’>’蔗茅I91-8’>’蔗茅99-3’>’蔗茅90-29’>’滇蔗01-58’>’滇蔗04-14’>’滇蔗02-39’>’蔗茅II91-2’>’新台糖10’>’崖城89-9’,说明蔗茅优质抗旱性状可以通过基因渗透方式传递给后代。在苗期干旱胁迫下’,蔗茅99-2’在渗透调节等方面表现出积极的生理响应。
- 沈先岳徐荣吴清莲谢林艳孟玉狄义宁王先宏何丽莲李富生
- 关键词：甘蔗蔗茅生理指标
- 蔗茅野生种响应低温胁迫的数字基因表达谱被引量：4
- 2018年
- 以蔗茅野生种(昆明蔗茅99-1)为材料,利用数字基因表达谱(DGE)技术,对4℃低温胁迫处理后的蔗茅野生种构建的c DNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,低温处理24 h(ER-LT1)有2 391个基因,低温处理72 h(ER-LT2)有4 892个基因因低温处理而发生表达变化。GO功能显著性富集分析表明,差异基因主要涉及对非生物刺激反应、氧化还原过程、能量代谢以及催化活性。KEGG富集分析表明,两个不同处理时间下共同富集的通路主要为植物激素信号转导途径、植物-病原体互作通路、光合作用通路、淀粉和蔗糖代谢途径和苯丙烷生物合成途径等。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)验证2个在低温胁迫条件下的差异表达基因,其结果与DGE分析结果基本一致,证实了DGE测序结果的可靠性。
- 孟玉陈疏影徐荣曹哲群刘鲁峰王先宏何丽莲李富生
- 关键词：蔗茅低温胁迫差异基因
- 蔗茅EfNAC44基因克隆与表达分析被引量：2
- 2021年
- 为了克隆蔗茅EfNAC44基因,并对其进行生物信息学和基因表达模式分析。本研究通过转录组测序和RT-PCR方法相结合首次从蔗茅野生种无性系‘蔗茅99-3’中克隆到一个受低温胁迫响应的NAC家族基因,命名为EfNAC44 (GenBank登录号:MH709118.1),该基因包含一个591个碱基的开放阅读框,编码196个氨基酸。利用ClustalX软件将EfNAC44编码蛋白与其他物种NAC蛋白进行同源性比较分析,发现其与高粱(XP002465328.1)同源性最高达80%。荧光定量PCR检测分析表明,该基因在蔗茅苗期能够对低温胁迫响应,低温胁迫时的相对表达量上调达到20倍。以上研究结果可为进一步挖掘利用蔗茅耐寒相关基因以及研究甘蔗抗逆性品种改良提供理论依据和技术支撑。
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- 关键词：蔗茅甘蔗耐寒基因克隆
- 蔗茅野生种ErDREB1A基因的克隆与表达分析被引量：2
- 2021年
- 为了充分利用蔗茅野生资源,培育耐寒转基因甘蔗提供可靠的候选基因,本研究以电子克隆结合RT-PCR的方法,在蔗茅(Erianthus fulvus)野生种(昆明蔗茅99-1)中克隆到1个干旱应答元件结合蛋白(dehydration responsive element binding protein,DREB)基因。生物信息学分析表明:该基因的ORF长度为720 bp,编码239个氨基酸,具有1个保守的AP2结构域,编码蛋白以α-螺旋和β-折叠为主,无跨膜结构,没有信号肽,具有多个磷酸化位点,命名为ErDREB1A基因(GenBank ID:MK726363)。荧光定量PCR分析表明:在蔗茅野生种中,随着低温胁迫的延时,ErDREB1A基因的表达量逐渐增加,表明该基因表达受低温胁迫诱导。本研究为进一步研究蔗茅低温胁迫下的分子调控网络和培育耐寒转基因甘蔗提供一定科学依据。
- 钱禛锋孟玉徐荣沈先岳陈疏影王先宏何丽莲李富生
- 关键词：耐寒克隆
- 基于ISSR标记的割手密种质资源遗传多样性分析被引量：3
- 2017年
- 割手密(Saccharum spontaneum L.)是甘蔗栽培品种的原始亲本之一,当前仍是甘蔗遗传改良的重要种质资源,为了对割手密的遗传多样性进行鉴定,本研究运用ISSR分子标记的方法,测定了24份割手密的遗传多样性,结果表明:14个ISSR引物共扩增出227条带,其中多态性条带为224条,多态性百分率为98.67%;24份材料的Nei指数(h)介于0.27~0.94,遗传相似系数集中在0.3~0.5之间;基于UPGMA聚类分析,在遗传距离0.70处,可以将24个材料分成4个类群;说明割手密有着相对丰富的遗传多样性,能够广泛用于甘蔗的遗传育种改良。
- 徐荣何丽莲王先宏陈疏影杨清辉张汉尧李富生
- 关键词：割手密野生近缘种ISSR
- 割手密2C型蛋白磷酸酶ScPP2C基因的克隆与表达分析被引量：3
- 2019年
- 割手密由于具有抗病、抗虫、抗逆等潜在的有利基因,历来被用于甘蔗的抗性遗传改良。在割手密中克隆编码2C型蛋白磷酸酶(protein phosphatase 2C, PP2C)的基因,并分析其在干旱胁迫下的差异表达。本研究利用RT-PCR方法从割手密叶片中克隆得到PP2C基因的CDS全长序列,利用生物信息学在线软件对PP2C蛋白的理化性质、蛋白结构进行预测分析,并采用实时荧光定量的方法分析该基因在不同干旱处理下的差异表达。结果显示从割手密中克隆到一个全长951 bp编码316个氨基酸的2C型蛋白磷酸酶基因,命名为ScPP2C,GenBank登录号为MG322120。荧光定量分析表明,随着干旱胁迫时间的延长,其表达量呈先上调后下调的表达模式,说明该基因是干旱胁迫诱导型基因。本研究通过挖掘甘蔗野生种割手密中的抗旱新基因ScPP2C,为甘蔗野生种质资源开发利用、转基因抗旱甘蔗新品种的选育提供了参考依据。
- 徐荣曹哲群孟玉申明明程志远何丽莲李富生
- 关键词：割手密抗旱PP2C基因克隆
- 蔗茅耐寒相关基因EfWRKY62的克隆与分析被引量：2
- 2020年
- 蔗茅(Erianthus fulvus Ness.)是甘蔗亚族(Subtrib.Saccharinae)、蔗茅属(Erianthus Michaux.)内的一个野生种,具有较强的耐寒特性。为挖掘和利用蔗茅耐寒基因,本研究在转录组测序的基础上利用电子克隆结合RT-PCR的技术从"蔗茅99-3"无性系中克隆到一个WRKY家族基因,该基因的开放阅读框拥有358个编码氨基酸,CDS全长1077 bp,分子量为37.4 kD,MH709119);荧光定量PCR检测结果显示,低温胁迫下,该基因在2个蔗茅(蔗茅无性系I91-8和蔗茅无性系99-3)和2个甘蔗栽培品种/系(ROC10和滇蔗04-14)的苗期均表现出上调状态。研究结果可为耐寒、适应性广的甘蔗新品种(系)的培育提供理论依据和技术支撑。
- 曾丹曹哲群孟玉肖芙荣徐荣吴清莲沈先岳马豪何丽莲李富生
- 关键词：WRKY基因耐寒性基因克隆
- 2A肽介导的割手密ScNAC1、ScDREB融合基因表达载体构建被引量：1
- 2019年
- 【目的】本研究旨在构建适合甘蔗遗传转化的双基因表达载体,用于提高甘蔗栽培品种的抗旱能力,并探讨基因表达规律及互作效应。【方法】本研究以前期课题组在割手密中克隆到的具有抗旱功能ScNAC1和ScDREB为目的基因,以对单子叶植物高效、专一的Ubiquitin为启动子,以适于单子叶植物遗传转化的表达载体pCAMBIA1300-nu为基础载体,利用改造后的FMDV2A多肽进行连接,采用重叠延伸PCR(简称SOE PCR)将ScNAC1和ScDREB基因相融合,利用同源重组的方法连接表达载体。【结果】经PCR验证获得约2000 bp的目的条带,利用BamH I与Sac I双酶切,切出了载体的1条大片段和连接目的基因的3条小片段,测序结果验证扩增产物的正确性,融合基因在扩增过程中无突变发生。【结论】本研究成功构建了符合需要的融合基因表达载体,为后期甘蔗的遗传转化研究奠定了基础。
- 徐荣吴清莲孟玉陈疏影王先宏王先宏何丽莲
- 关键词：融合基因
