郭佳
- 作品数：1 被引量：0H指数：0
- 供职机构：四川大学计算机学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 针对短测序片段的基因序列拼接算法
- 2012年
- 为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法———BPM,从自定义表中寻找较长连通路径的方法,实现了对短测序片段的快速拼接。实验结果表明,该算法针对500M的高质量源数据,在耗时136s的情况下,准确度可达79%,覆盖度可达82%;针对错误率为0.1%的500M源数据,在耗时150s的情况下,准确度可达72%,覆盖度可达73%。在短时间内较好的完成了拼接任务。
- 郭佳杨云麟
