王小龙
- 作品数：3 被引量：11H指数：2
- 供职机构：南京林业大学森林资源与环境学院林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省普通高校研究生科研创新计划项目江苏省高校自然科学研究项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 彩色豆马勃硝酸还原酶基因克隆与序列分析被引量：2
- 2013年
- 彩色豆马勃是重要的林木外生菌根真菌,采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)从彩色豆马勃中克隆得到硝酸还原酶基因,将其命名为ptnr(GenBank登录号为KC698974)。ptnr cDNA全长2 951 bp,ORF长2 754 bp,编码917个氨基酸,推测所得蛋白质的分子质量为102.06 ku,等电点为6.34。序列相似性检索和系统进化树分析结果显示:彩色豆马勃ptnr编码的氨基酸序列与担子菌皱木耳硝酸还原酶基因的氨基酸序列同源性最高为60%,与担子菌灰盖鬼伞的同源性为57%,与外生菌根真菌粘滑菇和双色蜡蘑的同源性分别为53%和56%。
- 周爱东吴小芹王明生王小龙叶建仁
- 关键词：外生菌根真菌彩色豆马勃CDNA末端快速扩增
- 松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析（英文）被引量：4
- 2014年
- 从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物,对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析,结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71.0%以上,而在黄杉属树种中的通用性只有25.2%。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究,结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化,微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控,以及生长素转运蛋白等生物学过程。
- 孔凡明王小龙陈赢男李淑娴徐进尹佟明
- 关键词：表达序列标签微卫星松属
- 杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发被引量：5
- 2012年
- 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。
- 万志兵王小龙管宏伟仰皖旭尹佟明张新叶
- 关键词：表达序列标签SSR标记
