罗义
- 作品数：3 被引量：0H指数：0
- 供职机构：华南理工大学生物科学与工程学院更多>>
- 发文基金：广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学一般工业技术轻工技术与工程更多>>
- 脱氮硫杆菌硫转移酶SoxAX的建模及分子对接
- 2017年
- 硫氧化酶系统(Sulfur oxidizing,Sox)在脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans,Td)的硫代谢过程中起着至关重要的作用,其核心为Sox AXYZB,硫化物需先经Sox AX蛋白催化并转移到Sox YZ上才能进行Sox通路后续的硫氧化反应,而目前尚无脱氮硫杆菌Sox AX蛋白结构解析的报道。本文采用反向折叠法构建了Sox AX蛋白的二聚体结构并验证其合理性,并通过分子对接实验探讨Sox AX蛋白模型与硫代硫酸盐、硫化氢和亚硫酸盐等不同底物结合在构型与能量上的差异。结果表明,构建的Sox AX二聚体蛋白结构相对合理,氢键是维持Sox AX二聚体结合的主要作用力,10个短强氢键和1个π键作用力参与维持二聚体结构的稳定,Sox A的Arg160等6个残基及Sox X的Asn15等8个残基对维持二聚体结构有重要作用。分子对接试验显示氢键是维持底物与Sox AX结合的主要作用力,与底物结合的关键氨基酸为Arg210、Cys214和Gln217。在三种底物与酶结合的亲和力中以硫化氢最高、硫代硫酸盐次之、亚硫酸盐最低。
- 孟志忠陆远芳陈新罗义李杉
- 关键词：脱氮硫杆菌分子对接
- 脱氮硫杆菌ATCC25259 SQR蛋白及突变体的结构分析与活性研究
- 2017年
- 本文研究了通过Discovery Studio 3.5利用同源建模法构建了脱氮硫杆菌ATCC25259的硫化物:醌氧化还原酶(Sulfide:quinone oxidoreductase,SQR)野生型蛋白及突变体蛋白模型,通过GROMACS 5.1.2对所有模型进行分子力学及分子动力学的优化,使蛋白模型处于能量较低且结构稳定的状态。使用PROCHECK,Verify 3D和Pro SA三种模型评价方法对模型进行评价,表明蛋白模型具有较高的合理性。使用该蛋白模型计算蛋白相互作用、SAS及能量值。将构建好的SQR及突变体的表达载体转入大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达分子量约65 ku的蛋白。使用镍柱亲和层析纯化经大量表达含有6×His标签的野生型与突变体蛋白,采用已经建立的SQR活性测定方法,进行酶活性测定实验,结果表明突变体酶活性较低。从模拟计算与实验验证两方面说明SQR C端α螺旋结构对蛋白的结构稳定性具有重要影响,蛋白结构稳定性降低,从而酶活性降低。
- 陈新孟志忠罗义荣向李杉
- 关键词：分子动力学脱氮硫杆菌
- SiBCN先驱体转化陶瓷的计算机模拟研究
- 2019年
- 本文通过使用Materials Studio软件进行分子动力学模拟,讨论单源SiBCN先驱体制备的SiBCN陶瓷先驱体在通过改变压力大小,记录实验过程中的温度变化、能量变化、密度变化、结构的边长与角度的数据进行分析。结合对相关文献[1]的总结思考,本文对SiBCN先驱体转化陶瓷的制备有具体研究与展望。
- 罗义孟志忠胡继东李军平冯志海
- 关键词：先驱体转化法分子动力学模拟
