朱鹏飞
- 作品数：2 被引量：6H指数：1
- 供职机构：苏州大学医学部基础医学与生物科学学院更多>>
- 发文基金：江苏省水产三项工程项目江苏省农业科技自主创新基金江苏省科技支撑计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 中国4大湖泊大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析被引量：6
- 2014年
- 为保护大鳞副泥鳅种质资源,制定合理的野生资源保护策略,并为大鳞副泥鳅良种选育确定合适的育种基础群体,通过第二代测序技术自主开发并合成微卫星引物400对,经验证后随机采用其中的17个多态性微卫星标记对太湖、洪泽湖、洞庭湖和巢湖等4大湖泊的野生大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析。检测到各基因座的平均观测等位基因和有效等位基因数分别为9.5和5.5个。平均期望杂合度为0.5665,平均Fst值为0.2194（〉0.2）,Nm为0.8894（〈1）,表明4个大鳞副泥鳅群体间遗传交流较少,存在着较高程度的遗传分化。4个大鳞副泥鳅群体的等位基因数为5.4～6.2（平均5.8）,观测杂合度0.2732～0.3864,期望杂合度0.5629～0.5893,多态信息含量（PIC）为0.5503～0.5754,表明4个群体具有丰富的遗传多样性。4个大鳞副泥鳅群体间的遗传距离为0.5283～0.9677,洪泽湖和太湖群体间的遗传距离最小（0.5283）,而太湖和巢湖群体间遗传距离最大,亲缘关系相对较远。基于遗传距离的聚类结果显示4个群体先聚为2个分支,其中太湖和洪泽湖群体聚为一支,洞庭湖和巢湖群体聚为另一支,这与4个大鳞副泥鳅野生群体的地理分布一致。中国4大湖泊大鳞副泥鳅自然群体具有丰富的遗传多样性,每个群体宜作为独立的保护单元进行保护。4个大鳞副泥鳅群体中太湖群体和洪泽湖群体的遗传多样性最高,可作为进一步遗传选育的基础群体。
- 李彩娟凌去非葛辰朱鹏飞王国成叶竹青韩晓飞
- 关键词：大鳞副泥鳅微卫星分子标记
- 基于第二代测序的大鳞副泥鳅生长相关SNP标记的开发
- 2014年
- 大鳞副泥鳅是鳅科重要经济鱼类,通过Illumina HiSeq 2000测序平台对2个大鳞副泥鳅样本的转录本进行了高通量测序,其中AB2011M-1是群体中生长较快的10尾鱼的混合转录本,AB2011M-2是生长较慢的10尾鱼的混合转录本。通过对以上2个混合转录本的测序,分别获得了65 536和80 786个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)突变;对2个测序样本进行表达差异的比较,获得了39个表达差异基因。随机选取120个位点设计引物,进行验证分析,共获得16个有效的多态性标记。
- 葛辰凌去非李彩娟叶竹青韩晓飞王国成朱鹏飞
- 关键词：大鳞副泥鳅高通量测序引物设计
