潘志锋
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：云南大学数学与统计学院更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
- 2010年
- 不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。
- 潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子MARKOV模型
- 酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析被引量：1
- 2010年
- 分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
- 胡俊潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子
