刘吉文
- 作品数：8 被引量：13H指数：2
- 供职机构：中国海洋大学海洋生命学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学天文地球农业科学矿业工程更多>>
- 四种海水样品总基因组DNA提取方法的比较研究被引量：2
- 2013年
- 采用4种不同的方法,分别提取了同一来源的50 mL、200 mL和1 000 mL海水样品的基因组DNA,利用紫外分光光度法测定DNA质量和纯度。研究发现:方法 1(使用PIPES缓冲液)和方法 2(使用TENS缓冲液)所提取的DNA,其OD260/OD280和OD260/OD230很低(不足1.4);方法 3(使用STE缓冲液)及其改进后的方法 4(使用STE缓冲液,但利用机械作用取代酶消化作用来破碎细胞)所提取DNA的两个指标都较高(超过1.6),并且方法 4所得DNA的产率是其他3种方法的1.5～2.4倍。另外,检测方法 3和方法 4所提取DNA的PCR扩增效率,结果表明所提取DNA无需纯化就能进行高效PCR扩增反应。综合以上结果,从DNA浓度、纯度及PCR扩增效率可以看出,方法 4是适合于海水样品多样性研究的一种高效DNA提取方法。
- 尹琦史晓翀董雪富冰冰刘吉文张晓华
- 关键词：微生物基因组DNA提取
- 黄海冷水团可培养细菌的多样性研究
- 2011年
- 本文研究了2008年7月黄海冷水团海域可培养细菌的多样性。AODC和DVC计数总菌数和活菌数分别为（1.34.8）×105/mL和（0.61.6）×105/mL;2216E平板以菌落计数法可培养细菌浓度为（0.562.2）×103cfu/mL。从分离到的475株中选取163株进行16S rDNA扩增,并用HhaⅠ酶进行ARDRA（扩增性rDNA限制酶切片段分析）多态性分析,取114株不同带型测序。结果显示,冷水团细菌归为4个细菌类群：变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Acti-nobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共24个属,其中包括α-,β-,γ-变形菌纲;非冷水团细菌也归为这4个门类,共15个属,但未分离到β-变形菌纲。γ-变形菌纲在冷水团和非冷水团区域的不同深度都是优势菌群,不同的是冷水团区域α-变形菌纲比例较高（26.8%）,而非冷水团区域α-变形菌纲比例相对较低（15.6%）。这表明黄海冷水团和非冷水团区域细菌多样性都很丰富,但其群落组成和优势菌群有所不同。此外,16S rDNA测序结果表明,6株细菌可能为海洋细菌新种。
- 王红刘吉文张晓华
- 关键词：可培养细菌多样性黄海冷水团
- 厌氧氨氧化细菌物种组成对环境因子响应的研究进展被引量：4
- 2014年
- 分析海洋水体及沉积物中厌氧氨氧化细菌所处的环境条件,比较海洋与淡水环境中其物种组成的差异,总结了其物种组成、丰度及厌氧氨氧化活性对环境因子的响应规律。认为厌氧氨氧化细菌物种组成受多种环境因子的影响。其中,盐度为影响其物种组成的最显著因素,如Candidatus Brocadia,Candidatus Kuenenia及Candidatus Scalindua分别适应淡水、寡盐和海水环境;同一地区,其物种组成在不同季节表现出明显差异,夏季的多样性高于冬季的;根据陆源厌氧氨氧化细菌多样性及海洋沉积物中浮霉菌门多样性随深度增加而减小的趋势,推断海洋沉积物中厌氧氨氧化细菌多样性与深度成反比。厌氧氨氧化细菌丰度、厌氧氨氧化活性与温度、NO-2及NO-3浓度之间成正相关;丰度与季节的关系,在不同地区的研究结果存在差异。未来厌氧氨氧化细菌研究工作重点应在其对氧浓度的耐受范围、海洋中厌氧氨氧化细菌多样性随深度的变化规律、导致其物种组成、丰度及厌氧氨氧化活性季节性差异的具体环境因子。
- 富冰冰刘吉文高铭鸿张晓华
- 关键词：厌氧氨氧化细菌物种组成丰度环境适应性
- 海洋奇古菌门认知的拓展:从新类群到新功能被引量：1
- 2022年
- 奇古菌门是全球海洋中的重要微生物类群,在海洋原核浮游生物中的比例可达20%-40%。作为一类化能无机自养微生物,奇古菌门成员可通过氧化氨获得能量,实现不依赖光照的无机碳固定,在碳、氮等元素的地球化学循环中起关键作用。奇古菌门是海洋中氨氧化反应的主要执行者,其化能合成的有机质是海洋特别是深海环境中微生物的重要能量来源。随着研究的逐步深入,有关该类群生理代谢特性的认知不断被拓展,包括奇古菌门异养代谢的揭示、不具氨氧化能力类群在深海中的发现,以及最新报道的奇古菌门在厌氧条件下介导氧气、氧化亚氮和氮气的产生等。这些研究揭示了奇古菌门参与海洋生物地球化学循环和气候变化调节的新机制,为围绕该类群的深入探究和培养提供了新的思路和方向。本文从群落组成、环境适应、生态功能、进化历史和培养现状等方面综述了近年来有关海洋奇古菌门的新发现和新认识,以期增进对该类群的了解。
- 刘吉文刘姣刘吉文任高杨张晓华
- 关键词：环境适应生态功能
- 海沟系统研究的进展与前沿被引量：6
- 2020年
- 海沟是地球物质与能量激烈交换地带,是深浅部地质过程的耦合地带,在地球系统科学研究中占有重要地位.海沟系统是以海沟为核心的多个圈层相互作用的整体,是多学科融合创新的阵地.海沟地貌形态是深部动力系统和浅部地表系统相互作用的重要界面,其动力学演化及机制一直是地球科学系统的基础科学问题之一,它涵盖了地球表层至深部壳-幔间跨圈层、跨相态、跨时空等一系列的耦合过程,是地球系统不同圈层间能量交换和物质输送、循环作用的产物.同时,海沟系统动力学演化不仅对物理海洋、海洋生物、海洋化学及海洋地质等过程起着支撑作用,而且对全球的物质能量输送和沉积物-水-元素循环过程起着重要的调控作用,也是导致成矿-成藏-成灾系统变迁的主要过程之一.因此,海沟系统的调查研究是解决"地表沉积动力过程与深部壳幔动力机制协同耦合作用及其资源-环境的长期效应"等重大前沿科学问题的关键.文章着重综述了近10年来海沟系统研究新进展,特别介绍了全球变化下深渊表层沉积源-渠-汇机制和元素迁移-循环机制、决定生命起源的超临界碳-氮耦合循环机制、促进生命进化的烷烃降解通路的微生物异养代谢新机制等新成果,也论述了海沟系统的热液成矿效应、冷泉水合物成藏效应、大地震成灾效应等方面的研究进展,这些新成就突出体现了生命科学与地球科学交叉的广阔新领域.
- 李三忠索艳慧索艳慧戴黎明朱俊江刘欣颖戴黎明刘吉文张晓华
- 关键词：流固耦合俯冲
- 南太平洋深部沉积物微生物多样性及在有机碳降解中的作用
- 刘吉文李昭张莉乔延路张晓华
- 哈维氏弧菌VIB645毒性相关质粒的结构解析
- 2011年
- 哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是水产养殖动物的常见致病菌。前期研究发现,哈维氏弧菌致病性最强的菌株VIB645含有2个核苷酸序列非常相似的溶血素基因—vhhA和vhhB,分别位于染色体DNA和1个大小约为65.6 kb的质粒上(命名为pVH1)。本研究用碱裂解法提取该菌株的毒性相关质粒pVH1,利用多种限制性内切酶进行酶切,构建随机DNA文库并测序。合计测序97.63 kb,覆盖度为148.3%,鉴定出125个ORF(开放阅读框,>150 bp)。这些预测的ORF,根据其功能主要分为以下几类:(1)毒力相关基因,包括RTX毒素钙离子结合蛋白、转铁蛋白结合蛋白A前体、外膜粘附蛋白;(2)结合转运相关基因,包括TraC、-D-、F-、G-、H-、I-、K-、N-、U-、W、TrbB-、C;(3)转座相关基因;(4)其他功能基因,如甲基转移酶,DNA结合蛋白,DNA复制蛋白DnaC等;(5)未知基因。本研究结果对揭示哈维氏弧菌的致病机理具有重要意义。
- 侯晓阳孙铂光刘吉文孙婧张晓华
- 关键词：哈维氏弧菌
- 马里亚纳海沟细菌组成及活性
- 刘吉文刘宇阳武彦宏田纪伟张晓华
