姜雨
- 作品数：10 被引量：21H指数：3
- 供职机构：西北农林科技大学动物科技学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西高等教育教学改革研究项目国家肉羊产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术文化科学更多>>
- 略阳乌鸡和镇坪乌鸡的群体结构及遗传多样性分析
- 2024年
- 略阳乌鸡和镇坪乌鸡是陕西省特有乌鸡群体,乌鸡肉营养丰富,深受消费者喜爱,具有巨大的经济价值。然而,至今尚未有研究系统阐明这两群体基因组特征。该研究采集20只略阳乌鸡、20只镇坪乌鸡样本进行全基因组重测序,并结合110只鸡公开数据构建SNP集合。通过群体结构分析发现中国地方鸡的聚类模式有明显的地理趋势,略阳乌鸡和镇坪乌鸡之间的遗传距离最近,表现出南北方家鸡遗传成分的混合。遗传多样性分析显示两乌鸡群体具有较高的观测杂合度、较快的连锁不平衡衰减以及较低的近交系数,遗传多样性较高。该研究加深了对陕西地方乌鸡群体遗传结构和多样性的认识,对略阳乌鸡和镇坪乌鸡种质资源保护具有一定参考意义。
- 刘振宇龚冕王菲徐乃一王哲鹏姜雨
- 关键词：略阳乌鸡
- 家养动物基因组拷贝数变异研究进展及其育种应用展望被引量：4
- 2015年
- 家养动物参考基因组组装的不断完善和群体重测序数据的持续增加促进了基因组中大量变异的发现。基因组上的变异主要包括单核苷酸变异(SNP)和拷贝数变异(CNV)两种类型。相对于数量众多,已经被广泛研究和用作分子育种标记SNP,目前已经被发现和经过实验验证其功能的CNV数量较少,鲜有被直接用作分子标记进行育种的报道。CNV片段长度大、在基因组中普遍存在且比SNP变异覆盖的基因组范围更广,所以可能对农艺性状造成很大影响,其在畜禽基因组研究和育种应用中具有广阔前景。重点讨论了家养动物CNV的研究进展,并对其在家养动物育种中的应用进行了分析展望。
- 程红姜雨
- 关键词：家养动物基因组拷贝数变异育种经济性状
- 全基因组重测序分析揭示东亚家牛的祖先与多重适应性基因渗入
- 引言/目的家牛在东亚农业社会中占有举足轻重的地位,不仅能提供肉、皮、毛等生活物质,而且也是耕作和运输的主要畜力来源。东亚拥有丰富的牛品种资源,仅中国地方黄牛品种就多达53个,境内及周边还分布着爪哇野牛等野牛属的近缘牛种,...
- 陈宁博蔡钰东陈秋明姜雨雷初朝
- 关键词：基因渗入
- 新版本鸡基因组GGswu1的评价与应用
- 2024年
- 鸡基因组的完整性和准确性对于脊椎动物进化研究以及鸟类生物学特性的理解具有重要意义。同时,它在家禽的遗传机制解析和遗传育种改良方面也发挥着至关重要的作用。近期公布了接近完整的鸡基因组GGswu1,但以此基因组为参考的遗传变异研究尚未广泛开展。本研究旨在对GGswu1,以及现行的鸡参考基因组GRCg7b的差异和优势进行评估。基于所收集的60份公开可用的鸡全基因组重测序数据和103份鸡转录组数据,对两个基因组在组装质量、比对率、SNPs检出能力以及基因组装的完整性等方面进行了全面的评估与比较。结果表明,与GRCg7b相比,GGswu1在组装质量上实现了显著提升,基因组装的完整性也得到了一定改善,显示出在遗传变异解析方面的较大潜力。这些发现为更精准地理解这两个基因组组装版本之间的差异和优势提供了帮助,可为未来鸡基因组的功能性研究和家禽遗传资源的深入挖掘提供一定参考。
- 寇文艳王菲姜雨
- 关键词：基因
- 基于深度学习的羊脸检测与识别方法被引量：6
- 2022年
- 家畜个体身份的精准识别对于动物行为研究和现代化选种选配具有重要价值,目前家畜身份的确定主要依据图像或视频中所存在的动物的脸部特征而展开。该文以羊脸识别为目标,提出了基于多种深度学习方法的羊脸检测与识别方案。对羊脸在图片中的位置进行框选和定位,将检测到的来自不同图片的羊脸区分开来,进行个体身份鉴定。采集来自同一群体的形态相近的35只奶山羊的共3121张图片,制作了羊的全身数据集和羊脸数据集。在羊脸框选定位阶段,当随机选取900张羊脸图片做训练,102张羊脸图片做测试时,使用深度学习YOLOv3算法检测到羊脸的正确率可达97%以上;基于可检测到羊脸数据集进行个体识别时,使用深度学习VGGFace模型仅能取得约64%左右识别准确率;而当选取其中616张正面羊脸作为训练集及198张正面羊脸作为测试集时,VGGFace预训练模型的识别准确率可达91%以上。试验结果表明,基于深度学习模型的羊脸检测效果较为理想,而羊脸识别工作则仅在正面羊脸上取得了较高的准确率,其它视角的羊脸识别工作仍有待进一步的研究。
- 魏斌Masum Billah王美丽尚诚于建涛姜雨
- 山羊P2RY12-P2RY13单倍型渗入鉴定及其功能分析
- 2024年
- 基因渗入对动物的驯化以及适应性的提高起到了至关重要的作用。该研究收集了世界范围内共163只现代家山羊、81只古代家山羊以及69只山羊野生近缘种的基因组数据,进行全基因组遗传变异检测、构建Neighbor-joining树、单倍型网络图以及蛋白质结构预测。我们发现家山羊基因组chr1:116312 kb~116397 kb区域内存在来自阿尔卑斯北山羊或伊比利亚北山羊的渗入。这段长达85 kb的渗入单倍型包含2个与乳腺炎相关的蛋白编码基因P2RY12和P2RY13,其中P2RY12基因上来自渗入单倍型的变异Pro317Ser导致了蛋白质末端α-螺旋的增长,该渗入单倍型主要存在于欧洲和非洲的现代家山羊群体中,频率分别为52.1%和32.1%。通过对古代样本进行分析,推测该单倍型的渗入最早发生于3000 a前的欧洲地区,可能由于对泌乳性状的选择而导致其频率升高并扩散至非洲地区。该研究为家山羊基因组中P2RY12-P2RY13单倍型的来源与功能提供了新的见解。
- 刘晓懿蔡钰东郑惠玲姜雨
- 关键词：山羊基因组古代DNA
- 依托高性能计算平台的《生物信息学》项目教学法探索被引量：2
- 2021年
- 生命科学研究进入到大数据时代,以组学大数据研究为核心的生物信息学技术已经发展为畜牧科学研究的重要支撑。生物信息学知识更新快、实践性强,针对大数据背景下生物信息学教学中存在的问题,笔者借助学校高性能计算平台开展了实验教学改革,以项目教学法为主要手段,以高性能计算平台为载体,针对基因组大数据分析的教学特点设计实验教学项目,进行教学实践探索。与传统教学方法相比,依托高性能计算平台的项目教学法紧跟生物信息学研究前沿,激发了学生对基因组大数据分析的学习热情,锻炼了学生编程能力和服务器使用技能,提高了学生独立解决问题的综合能力,符合生物信息学实验课程教学的内在规律,取得了较好的教学效果,值得在实验教学中推广和应用。
- 李冉邵俊杰王喜宏姜雨
- 关键词：高性能计算平台生物信息学项目教学法实验教学
- 联合损失优化下的高相似度奶山羊身份识别被引量：3
- 2022年
- 目的动物个体身份识别一直是智慧畜牧业的主要难题之一,由于动物个体本身与人类在图像识别上需要的数据特征不同以及各个特征作为个体属性之间的关系不明确,对动物个体识别领域的研究较少,针对具有高相似度的奶山羊个体身份识别问题,提出了基于深度学习的高相似度的奶山羊识别方法。方法采集了26只萨能奶山羊的全身图像,利用SSD(single shot MultiBox detection)网络进行数据集预处理,并随机选取1040幅图像作为训练集,260幅图像作为测试集。其次采用Res Net18(residual neural network)预训练模型并进行迁移学习,最后联合三元组损失函数与交叉熵损失函数进行参数调整。研究表明,采用联合损失函数并结合Adam优化器算法时,可获得较好的识别效果。此外,在实验部分针对奶山羊的特征选取问题上,对奶山羊的羊脸区域与奶山羊的全身区域分别采用了三元组损失函数与孪生网络,验证了对奶山羊的识别仅靠羊脸区域的特征时准确率较低;此外,针对网络的训练,本文不仅通过YOLOv3(you only look once)以及孪生网络(siamese network)验证了奶山羊本身属于高相似度的数据集,而且针对奶山羊数据集分别采用三元组损失函数与交叉熵损失函数作为唯一的损失函数,并验证了该方法的有效性。结果奶山羊识别的最高精准度为93.077%,相较于Triplet-Loss损失函数74.615%的准确率以及Cross Entropy-Loss 89.615%准确率有了较大提升。结论本文提出的基于深度学习的高相似度的奶山羊识别方法不仅具有较高的准确率,而且在奶山羊个体身份识别方面具有极大的应用价值,有助于准确识别羊的身份,为相似度高的动物个体身份识别提供了思路。
- 尚诚王美丽宁纪锋宁纪锋李群辉姜雨
- 泛基因组:高质量参考基因组的新标准被引量：6
- 2021年
- 随着三代测序组装的高质量参考基因组的陆续发布,以及大规模重测序和群体遗传学分析的广泛进行,研究人员发现来自单一个体的参考基因组远不能涵盖整个物种的所有遗传序列,大量缺失序列导致群体遗传变异图谱不完整,而构建来自多个个体的泛基因组能很好地解决这一缺陷,其研究内容包括负责基本生物学功能及该物种主要表型特征的核心基因组以及与物种的遗传多样性和个体独特性相关的可变基因组。根据核心和可变基因组所占比例的不同,泛基因组存在开放型和闭合型两种类型。本文主要综述了细菌、真菌和动植物的泛基因组学研究进展,讨论了其在各生物类群中的特征,其中哺乳动物泛基因组是相对闭合的,而目前已知的微生物、被子植物和部分低等动物的泛基因组倾向于开放,通过泛基因组的构建可以完善现有参考基因组并获取整个物种的完整变异信息,将有助于深入研究遗传多样性和表型变异产生的分子机制。
- 边培培张禹姜雨
