采集3个居群的野生华石斛根系,从中分离到130株内生细菌,并对细菌进行16S r DNA序列谱系分析,结果表明:华石斛根部内生细菌主要有:芽孢杆菌属(Bacillus)、伯克氏菌属(Burkholderia)、泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)、藤黄杆菌属(Luteibacter)、沙雷氏菌属(Serratia)和西地西菌属(Cedecea)7个属的15个种。其中优势类群为Bacillus,次优势类群为Enterobacter和Burkholderia。优势内生细菌Bacillus spp.在3个不同的居群华石斛根部均有出现,且频率相近。环境因子差异最大、附生宿主组成最相近的霸王岭与吊罗山之间,华石斛根部内生细菌群落物种组成相似性最高。说明附生宿主植物差异是附生植物根部内生细菌物种组成差异的重要驱动因子。